作者:贾伟; 敖平; 王晓艳 期刊:《科学》 2012年第06期
系统生物学是以实验、系统论和计算方法整合研究为特征,研究生物系统组成成分及其相互关系的学科.而系统生物医学是系统生物学在医学应用研究领域的分支.它以临床医学问题为导向、临床样本为研究对象.采用组学生物技术、生物信息学建模和分子生物学技术等集成化、系统化与高通量化等研究策略。其技术手段涵盖基因组学、表观基因组、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等不同层次的全局性研究方法,并辅以影像学、分子生物学、生物...
作者:王冰; 修志龙; 唐焕文 期刊:《中国生物工程》 2005年第06期
后基因组时代研究的一个重要内容就是在系统生物学的基础上对多种分子和基因相互作用网络进行分析,理解生物系统是如何从单个构造模块的基础上组织起来的.近几年,复杂网络理论得到了迅速发展,其理论方法在生物网络的研究中得到了广泛应用.一些学者运用该理论方法研究了大量有关代谢网络的结构组成以及网络中子集团的层次组成关系,并获得了一些有意义的结果.这些结果对生物功能的预测具有一定的指导作用.对近几年来有关这方面的进展...
作者:张绍军; 王芳; 李霞 期刊:《课程教育研究》 2012年第26期
人类基因组计划的实施为分子进化研究提供了新的机遇和挑战。本文综述了分子进化研究的经典课题包括系统发生树的构建、分子适应性和中性学说检验以及进化基因组学。此外,关于生物信息学研究中新兴的分子进化研究包括蛋白质网络的进化、基因调控的进化以及代谢网络的进化等方面进行阐述,并提出了展望。
作者:陈丹丹; 毛培宏; 蔡长龙 期刊:《基因组学与应用生物学》 2017年第10期
为进一步深入理解低能离子注入对DOB的生理代谢产生的生物学意义,本研究基于DOB全基因组De novo测序数据,应用生物信息学方法对离子束重组菌DOB981及其原始菌株进行基因组结构和功能注释,构建基因尺度的代谢网络,并用Cytoscape对其进行可视化分析。研究表明,离子束重组菌株DOB981的基因组大小比原始菌株减少了223 268 bp,ORF减少了204个,功能基因减少了136个,生化反应的数量减少了10个,而生物反应的反应底物比原始菌株增加了3个;离...
作者:吴晓红; 薛卫; 张梁; 石贵阳 期刊:《食品与生物技术学报》 2017年第09期
基于KEGG在线数据库以及6个蛋白质区间预测数据库,对基因组规模代谢网络模型进行了自动化修正。作者提出了蛋白质区间预测结果的权重打分机制,同时利用图像处理算法确定可信度高的特异性反应。上述修正的研究均在Spathaspora passalidarum NRRL Y-27907基因组规模代谢网络精炼过程中得到运用实施,对于提高模型构建效率意义重大。
作者:王美迟; 王贤纯 期刊:《高师理科学刊》 2019年第01期
生物化学中各种物质的代谢通路纵横交错,构成复杂的代谢网络,是生物化学教学的重点和难点内容.以物质代谢网络中的葡萄糖有氧分解途径为代谢的主干道,分析其组成和功能要点及与其它支路代谢途径的联系,以达到理清物质代谢网络的复杂关系,在课堂教学中突出重点和分散难点的目的.
作者:张成燕; 郜培; 史仲平; 毛忠贵 期刊:《食品与发酵工业》 2005年第04期
建立并简化了谷氨酸棒杆菌S9114生产谷氨酸的产酸期的中心碳代谢网络.利用已经在线测量的菌体的比CO2生成速率(CER)和比氧消耗速率(OUR)在线预测谷氨酸的生成速率.并将速率进行积分,得到的值与离线测量值进行比较,得到谷氨酸的最终浓度比离线测量的值高17%.
作者:何锋; 马红武; 赵学明; 元英进; 曾安平 期刊:《化工学报》 2004年第10期
如何分析基因测序和高通量分析方法所获得的海量数据和信息,及由此而得到的复杂生物网络,是生物信息学研究者所面临的重要任务.本文综述了基于基因组的大规模代谢网络重建和分析的进展,论述了利用生物信息学方法分析代谢网络结构的主要方法和结果;比较了现阶段两种最常用的代谢途径分析方法,即基元模式和极端途径的差异;列举了这两种方法在代谢网络结构和功能分析、工程菌设计等多方面的重要应用;指出了现阶段在途径分析领域存在的...
作者:蒋海强; 李运伦 期刊: 2013年第05期
目的:以代谢标记物关联构建高血压病肝阳上亢证的代谢网络,从整体角度揭示高血压病的生物学本质。方法:根据临床高血压病肝阳上亢证的诊断标准,选择典型病例,以健康志愿者和高血压病阴阳两虚证为对照,采用代谢组学方法发现生物标记物,利用KEGG数据库发现标记物的代谢途径,关联代谢途径,形成代谢网络,根据代谢节点分析网络的关键靶点。结果:与健康志愿者比较,高血压肝阳上亢证病患者机体代谢网络发生显著变化,去甲肾上...
作者:王玉芳; 金桐舟 期刊:《荆楚理工学院学报》 2017年第04期
文章介绍了基元模式的基本概念及其理论分析方法,并对核黄素代谢进行了分析。研究结果表明,基元模式分析可用于识别代谢网络中的功能模块,具备较好的生物学意义。
作者:刘江涛; 周文卫; 申铁 期刊:《贵州师范大学学报·社会科学版》 2017年第01期
细胞内的代谢网络包含成千上万个化学反应,每个化学反应都有一个特定的酶催化。在整个生物系统中,存在着成千上万个的酶,这些酶支配着生物的新陈代谢、营养和能量转换等催化过程,与生命过程密切相关。为此在国内外生物信息学数据库的基础上,利用java的jsoup的软件包获取到网页中代谢网络中酶的数据,构建酶的本地化信息数据库。方便研究人员查询物种的代谢网络中酶的基础信息,重构代谢网络。
作者:沈圆圆; 陶雪婷; 张雅欣; 郭蓓 期刊:《生物技术进展》 2017年第02期
琥珀酸是一种重要的C4平台化合物,常作为合成通用化学品的起始原料,在化工、食品、医药、农药等领域有广泛的应用前景。与传统的化学合成法相比,微生物发酵生产琥珀酸的原料可再生,具有良好的环境优势,逐渐成为世界各国关注的热点。对近年来通过调控代谢途径提高大肠杆菌琥珀酸产率的研究进展进行了综述,分析了琥珀酸代谢网络及代谢途径中的关键酶基因进行的表达调控、NADH/NAD+的氧化还原态比例对琥珀酸发酵的影响等,并提出了利...
作者:李双; 颜鹏; 曾晨; 张宏建; 毛忠贵; 唐蕾 期刊:《微生物学通报》 2016年第12期
【目的】从代谢流量分配的角度,探讨Genome shuffling导致链霉菌ε-聚赖氨酸合成量提升的原因。【方法】从葡萄糖耐受型的亲本菌株Streptomyces sp.AS32和ε-聚赖氨酸耐受型的亲本菌株Streptomyces albulus F15出发,进行三轮Genome shuffling,筛选得到ε-聚赖氨酸产量提高的链霉菌株Streptomyces sp.AF3-44,采用通量分析方法构建链霉菌ε-聚赖氨酸合成代谢网络,并对上述3株菌的代谢通量进行比较。【结果】AF3-44的ε-聚赖氨酸摇瓶产量为...
作者:汪慧; 丁德武; 孙啸; 谢建明 期刊:《生物信息学》 2016年第03期
高通量测序技术的快速发展催生了涵盖各层次细胞生命活动的组学数据,如转录组学数据、蛋白质组学数据和互作组学数据等。同时,全基因组代谢网络模型在不断完善和增多。整合组学数据,对生物细胞的代谢网络进行更深入的模拟分析成为目前微生物系统生物学研究的热点。目前整合转录组学数据进行全基因组代谢网络分析的方法主要以流量平衡分析(FBA)为基础,通过辨识不同条件下基因表达的变化,进而优化目标函数以得到相应的流量分布或代...
作者:郝伟丽; 刘景芝; 赵宝华 期刊:《生物技术通报》 2007年第05期
代谢工程是利用分子生物学原理系统分析细胞代谢网络,并通过DNA重组技术和应用分析生物学相关的遗传学手段对细胞进行有精确目标的基因操作,改变微生物原有的代谢或调节系统,实现目的产物代谢活性的提高。代谢工程综合了生物化学、化学工程、数学分析等多学科内容,是当前国内外学者研究热点之一。论述了微生物代谢工程的理论基础及其应用进展和前景。
作者:于娓娉; 曹伟峰; 牛瑞阳; 贾士儒 期刊:《酿酒科技》 2006年第10期
将代谢工程理论应用于啤酒的发酵过程,通过构建啤酒发酵过程中酵母的代谢网络模型,对啤酒发酵过程进行代谢通量分析。研究不同压力下啤酒酵母代谢能力的变化,并对其进行了代谢通量分析,结果表明,高压可对酵母在啤酒发酵过程中的代谢产生一定的抑制作用。
作者:赵静; 陶林; 俞鸿; 骆建华; 曹志伟; 李亦学 期刊:《科学通报》 2007年第01期
研究全基因组代谢网络的结构拓扑对于了解结构与功能间的联系是必不可少的.而可视化有助于获取网络组织结构的直观信息.从网络拓扑的角度考察了75个物种的全基因组代谢网络.提出了一个展开蝴蝶结模型,实现了对代谢网络的蝴蝶结结构的清晰的可视化.展开蝴蝶结所揭示的代谢网络的结构特征,有助于我们设计高效的且更能反应代谢网络自身特点的网络算法.同时,这个粗粒化的网络模型还可实现对网络中脆弱连接的可视化,因此对于疾...
作者:高弘; 黄英明; 刘铭; 张剑; 华玉涛; 曹竹安 期刊:《化工学报》 2006年第09期
肉毒碱乙酰转移酶在脂肪酸β-氧化过程中起着重要作用.利用同源重组技术,构建了热带假丝酵母CAT基因单拷贝缺失菌CZ-15和双拷贝缺失菌CKC-11后,发现CZ-15的β-氧化过程受到抑制,与原始菌F10-1相比,十三碳二元酸的产量和烷烃转化率都得到了明显提高,菌体生长情况与F10-1基本一致;CKC-11则无法代谢烷烃,菌体生长也受到了较大的影响.采用代谢动力学模型对发酵数据进行了计算与分析,实验结果与模型相符.根据实验和模型计算结果完善了热...
作者:郑媛嘉; 许燕玲; 温丽敏; 郭文峰 期刊:《中药新药与临床药理》 2016年第04期
随着全基因组测序技术迅速发展和基因注释工作的完成,从基因注释出发建立的"基因组规模代谢网络(Genome-Scale Metabolic Network,GSMN)"因其跨学科地综合了生化和生物信息等技术,具备稳定性及其可运算性,成为当前研究广泛而深入的项目。而代谢网络的整体性和网络可联系性,恰好与中医辨证观和整体观相通,这为用生物信息语言解读中医中药、剖析中医本质内涵提供可能。本文概述GSMN的研究进展,并对其在中医药方面可能的应用进行...
作者:李樊; 刘义; 孙伟峰; 何钢 期刊:《生物技术通报》 2010年第09期
综述了当前利用微生物治理重金属污染的几种途径,重点突出了利用植物内生菌途径以及尝试应用生物代谢网络手段的间接途径,同时也涉及了利用微生物基因构建转基因植物途径、植物微生物联合修复途径,以期为从事微生物环境治理、微生物冶金的科研工作者提供思路。