作者:郭妍婷; 田瑞鑫; 李胜男; 胡新艳; 李祯; 陈俊贞; 赵新艳; 冉多良; 姚刚; 付强; 史慧君 期刊:《黑龙江畜牧兽医》 2019年第24期
为了建立一种基于牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)囊膜蛋白E0基因的实时荧光定量PCR检测方法,试验根据GenBank数据库中BVDV E0基因序列设计特异性引物,扩增BVDV新疆塔城分离株TC株的E0基因并克隆至pBM23载体中并测序鉴定;根据测序结果对E0基因的基本理化性质、B细胞抗原表位、二级结构、三级结构等进行生物信息学分析;以pBM23-E0为标准质粒,10倍梯度稀释后建立实时荧光定量PCR标准曲线。结果表明:BVDV TC株E0...
作者:姜宁朋; 孙健全; 黄庆华; 王可 期刊:《家畜生态学报》 2009年第05期
以TGEV基因组序列为基础,运用Garnier—Robson、Chou—fasman和Karplus—Schulz方法预测猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构。运用Kyte—Doolitte方法对N蛋白的疏水性进行了分析,Jameson-Wolf方法预测了结构蛋白的抗原指数,Emini方法预测了N蛋白的表面可能性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测B细胞抗原表住。结果显示柔性区域主要集中在N-端第11~31、52~65、128~147、155~188、210~227、313~319、331~347区段,α-螺旋...
作者:孙正楠; 毛从剑; 张焕容 期刊:《中国畜牧兽医》 2018年第07期
为明确山羊口疮病毒(ORFV)四川分离株F1L基因分子特征并预测抗原表位,本试验利用生物信息学软件分析四川分离株ORFVF1L基因,并预测其编码蛋白的二、三级结构和B细胞表位。将F1L基因克隆转化后测序,用Mega 7.0软件比对分析该基因与其他地区来源的ORFV F1L基因的变异情况,利用SOPMA服务器预测F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件预测其亲水性、表面可及性、柔韧性及抗原性,以ABCpred方案作为验证并输出B细胞表位,在SWISS-MODEL服务器...
作者:周小东; 曾照芳; 冉华全 期刊:《激光》 2011年第01期
采用生物信息学方法、神经网络算法、量化矩阵法和隐式马尔可夫模型,分析β-苦瓜素蛋白的空间结构。预测其信号肽、B细胞抗原表位,细胞毒性T细胞表位,主要组织相容性复合物分子结合肽,对β-苦瓜素蛋白序列作预测打分,得出β-苦瓜素启始部有一段22个氨基酸构成的信号肽,分布着6个B细胞表位,3个CTL表位,序列71-79的HLA限制性CTL表位结合力最高:3段共有MHC—I类分子结合肽,2段共有MHC-Ⅱ类分子结合肽。可为研究β-苦瓜素调控免...
作者:宗嫚嫚; 梁静泊; 谢金峰; 周川杰; 周广防; 冯秀丽; 陈溥言; 杨梅 期刊:《畜牧与兽医》 2017年第03期
Casitas B-lineage lymphoma(CBL)是一种广泛存在于法氏囊组织的细胞内蛋白。为探究禽源CBL基因结构及特征,本研究以Gen Bank公布的CBL基因序列为参考,设计合成引物,扩增CBL基因N端片段420 bp。同源性分析发现,CBL-N基因未发生明显变异,且CBL蛋白具有高度的保守性。Protean软件分析发现,CBL-N蛋白的二级结构比较复杂,含有较多的α和β结构,而且含有一定比例的无规则卷曲及β转角结构,多个区段有较高比例的抗原指数、表面可及性和亲...
作者:肖治军; 张改平; 乔松林; 赵东; 李学伍; 邓瑞广; 杨艳艳; 邢广旭; 郅玉宝; 杨继飞; 柴书军 期刊:《中国家禽》 2009年第21期
用生物信息学方法比较了GenBank中9株Ⅰ型IBDV与2株Ⅱ型IBDV基因片段A前体多聚蛋白的推导氨基酸(aa)序列,预测并分析了上述两型IBDV毒株前体多聚蛋白的线性B细胞抗原表位。结果表明,两型IBDV毒株的前体多聚蛋白有75个aa残基的差异,其上大多数预测B细胞抗原表位的位置及其指数值均无明显差异;但两型IBDV在第3-10位中的aa残基差异影响了该序列肽的预测指数和结构,以及与Ⅰ型IBDV多抗的反应性。
作者:李渊; 徐黎明; 赵景壮; 刘淼; 任广明; 尹家胜; 纪锋; 卢彤岩 期刊:《淡水渔业》 2017年第04期
2015-2016年对来自黑龙江地区46个养殖场送检的鲤鱼进行锦鲤疱疹病毒(Koi herpes virus,KHV)的分离鉴定,并应用DNAStar等软件对检出的阳性样本的主要囊膜蛋白(Major envelop protein,MEP)基因进行生物信息学分析。结果显示,KHV的检出率约为6.5%,3株阳性样本具有相同的MEP基因序列,称之为KHV-HLJ1516。MEP基因开放阅读框为771 bp,编码256个氨基酸,相对分子质量为28 280.58,等电点为8.40。对KHV-HLJ1516的MEP基因序列同源性分析...
作者:徐莉; 崔大伟; 戴玉柱; 王磊; 杨先知; 谢国良; 郑书发; 孙长贵; 成军; 陈瑜 期刊:《临床检验》 2017年第01期
目的了解浙江省柯萨奇病毒A16(CA16)VP1基因特征及其变迁规律并预测VP1蛋白上B细胞抗原表位。方法在Gen Bank检索并下载35个浙江省CA16流行株及69个已知基因型CA16参考株的VP1基因序列,使用MEGA 6.0软件进行比对分析和构建种系进化树,确定浙江省CA16流行株的基因型,并分析VP1核苷酸和氨基酸同源性及氨基酸变异;运用DNA Star中的Protean模块预测VP1上可能的线性B淋巴细胞抗原表位。结果浙江省CA16病毒基因型为B1基因型(34株)和A...
作者:任倩; 王世富; 李春苗; 吴丹; 李扬; 张乐海 期刊:《国际病毒学》 2016年第06期
目的 对手足口病柯萨奇病毒A10型(CVA10) VP1蛋白进行生物信息学分析.方法 利用生物信息学软件对分离的毒株与CVA10其他基因型进行同源性比对,并构建系统进化树;预测和分析VP1蛋白的理化特性、二级结构和三级结构以及该蛋白的B细胞抗原表位.结果 JN-C10与CVA10 D型基因组同源性最高,核苷酸和氨基酸的同源性分别为91.0%-97.6%和90.4%-98.6%,属于D亚型.JN-C10 VP1基因全长为732个核苷酸,理论相对分子质量为60 580道尔顿,理论等...
为分析猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的遗传变异情况,本研究设计合成1对引物,应用RT-PCR方法扩增S1基因的主要中和表位区序列,并对4株PEDV分离株S1基因中和表位区进行遗传进化和B细胞抗原表位分析。结果显示,4株分离株位于同一进化分支G2上,其中湖南株和河南株与JXGZ2013、GDZQ2012、GDZQ2014株亲缘关系最近,同源性高达98.3%-98.7%;上海株与BJ-2011株、LZW分离株核苷酸同源性高达98.7%左右;福建株与20...
作者:周建华; 丛国正; 高闪电; 常惠芸 期刊:《华北农学报》 2007年第04期
以口蹄疫病毒株OA/58RNA为模板,反转录并扩增目的cDNA,然后与pGEM-T easy载体连接并转化JM109菌株,提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和Eco R I酶切法鉴定。运用同源模建得到OA/58 VP1蛋白3D结构,并结合理化性质、亲水性、可塑性和免疫原性进行分析,预测OA/58 VP1的抗原表位。结果OA/58 VP1存在多个潜在的抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位区域:2~11,15~35,38~50,77~88,90~107,121~125,131~135,140~149,1...
作者:贡树基; 周浩; 陈丽丹; 梁冰锋 期刊:《白求恩医学》 2007年第06期
目的扩增登革病毒2型新几内亚株(NGC)E基因,并进行B细胞抗原表位分析。方法根据登革2型病毒NGC株E基因序列设计引物,采用RT-PCR技术扩增NGC株E基因并克隆至pGEM—T载体,转化大肠杆菌DH5a后测序。按Kyte-Doolitde方案、Jameson-Wolf方案和Emini方案预测B细胞抗原表位。结果通过RT。PCR方法,获得了登革2型病毒NGC株E基因,并对登革2型病毒NGC株E基因进行B细胞抗原表位预测。结论通过RT-PCR方法,获得了登革2型病毒NGC株E基因,...
作者:牛玉清; 任述强; 李树伟; 金波; 尹阔; 赵春霞; 史惠君 期刊:《黑龙江畜牧兽医》 2011年第01期
为了确定新疆南部地方品种绵羊肌生成抑制素(MSTN)成熟蛋白的功能区及二级结构和B细胞抗原表位,根据GenBank中绵羊肌生成抑制素基因序列及其所编码蛋白质的序列,应用GenBank的Blast功能检索其蛋白的功能区,并设计引物克隆新疆南部地方品种绵羊MSTN功能区基因,进行序列测定。然后运用DNAStar软件和www.expasy.org在线服务器等生物信息学方法分析其蛋白的二级结构,并通过Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法、Karplus-Schul...
作者:张海雷; 白换力; 薛慧亮; 李志萍; 苏红艳; 唐志文; 靳朝; 夏志平 期刊:《中国兽医学报》 2014年第01期
将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列(GenBank编号为:AEV77096.1)与GenBank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProteinserver在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、...
作者:车勇良; 陈如敬; 王隆柏; 江斌; 吴学敏; 刘玉涛; 庄向生; 周伦江 期刊:《中国兽医学报》 2013年第09期
对副猪嗜血杆菌神经氨酸酶基因进行PCR扩增、克隆和测序,并进行同源性比较。应用生物信息学方法,对副猪嗜血杆菌神经氨酸酶的二级结构和B细胞抗原表位进行预测。结果显示,副猪嗜血杆菌神经氨酸酶基因全长2 007bp,编码668个氨基酸,同源性分析显示所测5株不同血清型的副猪嗜血杆菌神经氨酸酶基因相似度在98%以上,对应氨基酸相似度在97%以上。二级结构的预测结果显示该酶主要以无规则卷曲、α螺旋和延伸链为主,只有少数的β转角;推测该...
作者:王慧; 罗成波; 贺纛; 孔令萍; 周碧君; 文明; 程振涛; 王开功 期刊:《生物技术通报》 2014年第03期
以绵羊肺炎支原体(Mo)热休克蛋白Hsp70(DnaK蛋白)氨基酸序列为基础,运用DNAStar软件和在线服务器等生物信息学分析工具,在同源性分析的基础上,通过Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法、Karplus-Schulz法及Welling法分别预测其抗原指数、亲水性、柔韧性、表面可极性等参数,综合分析、预测了该蛋白的B细胞抗原表位,并进行了蛋白的二级结构预测和3D结构模拟。结果表明,Mo贵州分离株的Hsp70蛋白与其它可致羊发病支原体的Hs...
作者:刘卫卫; 白欣立; 李震中; 张军峰; 李鑫; 赵子春; 李春岩 期刊:《脑与神经疾病》 2010年第05期
目的预测和分析空肠弯曲菌(CJ)细胞扩张毒素(CDT)cdtA、cdtB、cdtC蛋白的二级结构和B细胞抗原表位,为CJ疫苗研制提供基础资料。方法 PCR扩增cdtA、cdtB、cdtC基因,克隆入pGEM-T载体并测序,对重组质粒测序后进行生物信息学分析。以cdtA、cdtB、cdtC基因推导的氨基酸序列为基础,采用Chou-Fasman法、Ganmier-Robson法和Karplus-Schulz法预测该蛋白二级结构;按Kyte-Doolittle方案、Emini方案和JamesonWolf方案预测其B细胞抗原表位。结...
作者:张立娜 王起 曾祥伟 贾竞波 期刊:《经济动物学报》 2010年第02期
以犬瘟热病毒基因组序列为材料,采用Garnier-Robson、Chou-Farsman和Karplus-Schultz方法预测了其结构蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了结构蛋白的表面可及性,以Jameson-Wolf方法预测了蛋白的抗原指数,综合评价了犬瘟热病毒F蛋白的B细胞抗原表位。结果表明:F蛋白N端含有抗原指数较高的区域,提示可能含有潜在的B细胞优势抗原表位。
作者:代淑燕 程振涛 汪德生 文明 饲碧君 期刊:《贵州大学学报·艺术版》 2008年第04期
为预测和分析鸭肠炎病毒NP蛋白的二级结构和B细胞表位,以DEV-NP基因推导的氨基酸序列为基础。采用Chou-Fasman法、Ganmier-Robson法和Karplus-Schulz法预测该蛋白二级结构;按Kyte—Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测其B细胞抗原表位。结果表明,DEV-NP蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角、无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋与β-折叠区段,且在蛋白肽链中有多个区段可形成B细胞抗原表位,其中第10—15和182—186...
作者:姚晶 顾文亮 夏启玉 胡新文 郭建春 期刊:《基因组学与应用生物学》 2012年第02期
马宾灵(MabinlinⅡ)是中国所特有的植物甜蛋白,在目前已知的7种植物甜蛋白中具有最佳的热稳定性,将其作为新型甜味剂有着广阔的市场前景。本研究以马宾灵的氨基酸序列为基础,采用Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法预测马宾灵的二级结构,采用Karplus-Schulz方法预测马宾灵的蛋白质骨架区柔韧性,采用Kyte-Doolittle方法预测马宾灵的蛋白质疏水性,采用Emini方法预测马宾灵的蛋白质表面可能性,采用Jameson-Wolf方法预测马宾灵的B...