摘要：目的了解浙江省柯萨奇病毒A16（CA16）VP1基因特征及其变迁规律并预测VP1蛋白上B细胞抗原表位。方法在Gen Bank检索并下载35个浙江省CA16流行株及69个已知基因型CA16参考株的VP1基因序列,使用MEGA 6.0软件进行比对分析和构建种系进化树,确定浙江省CA16流行株的基因型,并分析VP1核苷酸和氨基酸同源性及氨基酸变异;运用DNA Star中的Protean模块预测VP1上可能的线性B淋巴细胞抗原表位。结果浙江省CA16病毒基因型为B1基因型（34株）和A基因型（1株）。B1型中以B1b亚型（24株）占绝对优势,其次为B1a亚型（10株）。浙江省CA16流行株VP1核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5%-100%和89.5%-100%;VP1区氨基酸序列高度保守,但也存在部分变异。VP1中可能的B细胞抗原表位（氨基酸肽段）有13个,分别为10-20、30-38、57-62、73-79、98-106、118-123、159-168、173-177、184-189、240-246、265-273、274-284和289-295。结论浙江省CA16流行株存在A、B1 2个基因型,B1b和B1a为主要基因型,其VP1区氨基酸变异程度较低,VP1中13个预测的B细胞抗原表位可为CA16疫苗的研制提供科学依据。

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