作者:董世武; 王天骄; 刘华淼; 王磊; 唐丽昕; 邢秀梅 期刊:《畜牧兽医学报》 2019年第12期
旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体的血液基因组DNA进行测序,并利用本实验室前期110只梅花鹿、197只马鹿和1只F1代杂交鹿的测序数据,以梅花鹿全基因组为参考序列进行比对分析。结果,226个个体共产生Clean data 322.683 Gb,平均每个样...
作者:康静婷; 梁前进 期刊:《生物学通报》 2012年第03期
单核苷酸多态性(SNP)是基因组中发生频率最高的变异种类。目前数据库内的SNP数量已经超过了9000000个,人体的许多表型差异,以及对药物或疾病的易感性等,都可能与SNP有关。研究SNP可促进人们对基因组结构、基因的进化历史及疾病发生根源的了解。SNP是种群遗传分析、疾病发生机理和药物研发等领域的重要研究对象。目前,针对SNP研究所建立的数据库和高效、精确、方便操作的工具,对于展现SNP在引领遗传分析、疾病诊治等领域发展...
2008年12月18日,学校隆重召开家蚕基因组研究重大进展汇报会,向世界公布了团队最近取得的家蚕基因组精细图谱绘制、30种蚕类的基因组重测序和SNP鉴定、成功开发出我国首个转基因新型有色茧品种等一批重大成果。成果公布后,受到了国内外同行专家和国际昆虫学界的高度认可和评价,新闻媒体对成果进行了广泛和深入的报道。
作者:张毅威; 桂林生; 郭文莉; 胡言; 余横伟; 杨武才; 昝林森; 赵春平 期刊:《中国牛业科学》 2019年第04期
为探讨SH2B1基因在黄牛中的组织表达规律和遗传多态性,采集3头2周岁秦川母牛的6种组织,构建SH2B1基因的组织表达谱;此外,以4个中国地方黄牛品种为研究对象,包括秦川牛、郏县红牛、巴山牛和南阳牛,结合DNA测序技术检测SH2B1基因的多态位点,并将其与秦川牛生长发育的指标进行了关联分析。qPCR结果表明,SH2B1基因在秦川牛组织中呈泛表达状态,并在背最长肌组织中表达最高。DNA测序分析在SH2B1基因的第4内含子和3′UTR共发现了2个单核苷...
作者:张芷毓; 欧德琼; 邬明丽; 樊英智; 高源; 李世鹏; 赖振雨; 雷初朝; 党瑞华 期刊:《中国牛业科学》 2018年第04期
牛TRAF6基因位于15号染色体上,含有七个外显子,共编码902个氨基酸,是生长发育相关的候选基因。本研究旨在分析陕西地区秦川牛TRAF6基因多态及其与体尺性状之间的关系。本研究针对秦川牛TRAF6基因外显子及部分非编码序列设计引物,利用DNA池做为模板扩增测序,在第六内含子17 628bp处发现1个SNP。通过运用PCRRELP方法对该位点多态进行分析,结果发现存在2种基因型,分为TT和TC。TT的基因型频率为0.9574,TC的基因型频率0.0426;等位基因T...
作者:荣誉; 姚一博; 党瑞华; 陈宏; 雷初朝 期刊:《中国牛业科学》 2019年第02期
[目的]验证TYRP1基因的错义突变(g.1300C>T)与中国黄牛毛色性状是否存在相关性。[方法]采用PCR测序及生物信息学的方法,对991头中国黄牛、48头安格斯牛、104头婆罗门牛的TYRP1基因进行多态性分析。[结果]通过对中国黄牛的等位基因频率和基因型频率的分析,发现此变异与中国黄牛棕色毛色性状不相关。[结论]TYRP1基因的错义突变(g.1300C>T)与中国黄牛棕色表型不相关。该位点可能在一些品种中受到了选择,中国黄牛的棕色表型可能受其他...
作者:于婷; 袁超凤; 周影; 马维军 期刊:《黑龙江大学自然科学学报》 2020年第06期
从海量的单核苷酸多态性(SNPs)中,挑选出与疾病或某些临床、环境因素有关的位点,仍是全基因组关联研究中的一个重要课题。针对表型-SNP数据构成的二维列联表结构,提出了一个Logistic SVD模型。该模型可以同时考虑所有的SNP。另外,通过刻画SNP基因型在不同疾病表型水平下的分布差异,基于该模型构建了一个SNP检测准则。模拟研究显示,所提出的检测准则比现有的检测方法更加有效。
作者:郝志明; 耿妙苗; 温树敏; 闫桂军; 王睿辉; 刘桂茹 期刊:《作物学报》 2020年第02期
麦红吸浆虫(Sitodiplosis mosellana Géhin)严重影响小麦产量和品质,选育和使用抗虫品种是降低虫害损失最安全有效的途径,利用抗虫性连锁或功能标记对提高小麦抗虫分子育种效率具有重要意义。在前期从转录组数据中挖掘到抗虫性主效QTL(QSm.hbau-4A)6个相关差异基因的基础上,依据这些基因序列中存在的InDel和SNP,分别开发了2个EST标记和6个KASP标记,并在抗虫性不同的一套重组近交系(RIL)和一套小麦品种中进行了标记的有效性验证。所...
作者:黄金思; 奚晓桐; 丁晓磊; 叶建仁 期刊:《南京林业大学学报·自然科学版》 2019年第06期
【目的】运用SNP标记研究中国广东省松材线虫虫株SNP位点多样性,从分子角度探讨广东省不同地区松材线虫种群的亲缘关系,为松材线虫病的疫源追溯提供基础。【方法】收集来自于广东省各地区松材线虫虫株共30株,提取DNA并进行基因组重测序;利用生物信息学软件分析广东省松材线虫的SNPs位点信息及基因型类型,依据以上信息进行种群聚类分析。【结果】对30株松材线虫虫株SNPs数据进行统计分析,发现GD01、GD09、GD12、GD20、GD22、GD24、G...
作者:张继; 吴雪; 邱淦远; 刘鹏程; 杨茂林; 刘若余 期刊: 2019年第10期
为研究UCP2基因与猪肉品质性状之间的关系,本研究测定10~12月龄144头江口萝卜猪11项肉品质指标,并提取基因组DNA构建DNA池扩增UCP2基因全部外显子序列,测序后筛选SNPs位点,单个样本DNA扩增后测序验证并分型,分析不同基因型个体肉品质差异。检测不同基因型个体背最长肌中UCP2基因表达量,研究UCP2基因表达量与肉品质的相关性。结果表明:共发现3个SNPs位点,分别为UCP2-T5728G、UCP2-T5774G、UCP2-C5878T;群体遗传参数分析发现等位基因...
作者:杨华婷; 李辉; 李兴才; 赵忠海; 师新彩 期刊: 2019年第12期
为研究MEF2C基因启动子区SNPs对屠宰性状的影响,本实验运用直接测序法筛选兴义鸭MEF2C基因启动子区的SNP位点,并分析其与屠宰性状的相关性。结果表明:在兴义鸭MEF2C基因启动子上存在8个SNPs位点,分别为T-190A、A-232G、A-285G、A-617T、G-1420A、A-1437C、T-1504G、A-1524G;生物信息学分析发现T-190A、A-232G、G-1420A突变位点周围HOXA4、GCN4、Pit-1a、IRF-1等重要转录因子结合位点消失,继而生成Oct-1、ICSBP 2个新的转录因子结合...
作者:孔进姣; 石丽媛; 王鹏 期刊:《中国人兽共患病学报》 2019年第11期
鼠疫是一种人兽共患的烈性传染病,历史上曾给人类带来了巨大灾难,但是随着全基因测序的完成,我们对鼠疫有了更全面的了解,这为我们探寻引起其发生发展的因素提供了平台。本文通过对SNP分析的特征、应用条件及其在耶尔森氏鼠疫菌方面的研究进展进行综述,为今后鼠疫的暴发流行的追踪溯源研究提供相关信息,也为鼠疫的监测及防控提供理论依据。
作者:张珊珊; 康洪梅; 杨文忠 期刊:《植物研究》 2019年第06期
作者:齐宁利; 程志华; 龚霄; 杨涛华; 静玮; 周伟; 李积华 期刊:《食品与发酵工业》 2019年第22期
该文比较1-甲基环丙烯(1-methylcyclopropene,1-MCP)和硝普钠(sodium nitroprusside,SNP)对冷藏番荔枝贮藏品质的影响。以大目番荔枝为试材,研究1-MCP和SNP两种处理对采后番荔枝呼吸速率、硬度、失重率、木质素及相关酶活的影响。结果表明,与对照相比,1-MCP和SNP处理均显著降低了果实的呼吸强度,维持较高的果实硬度、可溶性蛋白及糖含量,减少质量损失,降低多酚和类黄酮含量,抑制苯丙氨酸解氨酶(phenylalanine ammonia-lyase,PAL)和...
作者:李珊珊; 易腾飞; 徐渴; 张树华; 赵勇; 杨学举 期刊:《分子植物育种》 2019年第20期
为明确河北省小麦品种的遗传多样性,以143份小麦品种为材料,利用小麦90K基因芯片分型数据,分析其亲缘关系与遗传多样性。结果表明:质量控制后具有多态性的SNP (24 758个)占基因分型后SNP(81 587个)的30.34%,多态性SNP标记在染色体组分布不均,其中B基因组最多,D基因组最少,平均遗传距离为0.17 cM。群体结构分析将143份小麦材料分为3个亚群,且3个亚群间基因交流密切。143份小麦品种两两间的遗传相似系数变幅为0.437 6~0.996 8,平均值...
作者:王莎莎; 刘宗正; 张宝珣; 刘虎传; 郝小静; 李培培; 黄晓; 原小雅; 常国斌 期刊: 2019年第12期
抗原处理相关转运体基因(TAP)位于主要组织相容性复合体区域,而由TAP1和TAP2组成的二聚体能够将抗原肽从细胞质转运入内质网腔,因此,其在免疫反应过程中发挥重要的呈递作用。[目的]检测26个鸡种TAP2基因全长的序列信息,分析TAP2基因单核苷酸多态性,并进一步研究TAP2不同SNPs位点对其蛋白结构的影响及其在不同鸡种中的遗传变异特点。[方法]采用目标捕获序列测序方法,检测26个鸡种的260个体的TAP2基因全长,利用DNAMAN软件对26个鸡品...
作者:闵翼; 许雄伟 期刊:《中国医学创新》 2019年第31期
作者:黄景; 潘肖兰; 许濛; 刘文广; 张华; 何毛贤 期刊:《热带海洋学报》 2019年第06期
马氏珠母贝是重要的海水养殖贝类,为了探究繁育亲本及其子代的遗传结构和关系,本研究运用多元性形态学和SNP标记对马氏珠母贝母本深圳群体、父本海南群体和其杂交子代F1的外部形态和分子遗传结构进行分析。结果发现,3个群体的综合判别率为72%,F1和母本群体的形态差异最小,父本群体与母本、F1的形态差异较大。采用HRM法(high resolution melting)应用4个SNP位点对这3个群体进行分型,3个群体的平均观测杂合度Ho和期望杂合度He分别为0...
作者:李贝贝; 张恒; 姜建福; 张颖; 樊秀彩; 房经贵; 刘崇怀 期刊:《园艺学报》 2019年第11期
利用简化基因组测序技术(SLAF-seq)对304份葡萄种质进行测序,最终获得466618个SLAF标签,其中多态性SLAF标签392374个。通过序列分析,获得481192个有效单核苷酸(SNP)多态标记,并基于这些SNP分析和构建了304个葡萄种质的群体结构和系统发生树。结果表明,SLAF-seq技术能高效、低廉地开发出大量可用于群体遗传分析的SNP标记。通过构建进化树分析发现,欧亚种、欧美杂种及野生种葡萄彼此分开,其中姊妹系品种及具有亲子代关系的品种各自聚...
"SNP"教学模式是一种在新式教育环境下,随着教育者与教育接受者的需求而衍生的一种教学方法。本文将针对当前高中生物课堂上应用"SNP"教学模式的具体策略展开分析,并且结合当前高中生物科学史的教学内容进行全面的探索与研究。为详细教学策略,提高学生学习效率,笔者将结合《生物膜的流动镶嵌模型》这一课题进行论证,希望能给广大教师提供一些帮助。