作者:李聪娜; 刘峰; 张旭; 任永娟; 汤翰臣; 阙友雄; 苏亚春 期刊:《分子植物育种》 2020年第01期
类甜蛋白(thaumatin-like proteins,TLPs)是一类与作物抵抗真菌病害紧密相关的病程相关蛋白。本研究从课题组前期构建的甘蔗(Saccharum spp.)转录组数据库中筛选获得两个甘蔗类甜蛋白基因(ScTLP2和ScTLP3),利用生物学软件对ScTLP2和ScTLP3基因进行序列特征、结构功能及聚类分析,采用qRT-PCR技术,检测ScTLP2和ScTLP3基因在不同甘蔗组织和黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)胁迫下的表达情况。生物信息学分析显示,ScTLP2基因全长1835...
作者:艳慧; 席杏媛; 宗渊; 刘明慧; 李国明; 魏乐; 刘宝龙 期刊:《分子植物育种》 2020年第01期
本研究的目的是利用PCR方法克隆了大麦中MYC转录因子HvMYC1。研究结果表明:该基因全长1 668 bp,编码氨基酸555个,分子量为61 333.71,等电点为8.47,有两个属于bHLH超级因家族的保守区,该蛋白具有亲水性,二级结构以α-螺旋(40.90%)和无规则卷曲(41.44%)为主要部分,Hv MYC1蛋白质不通过跨膜区,在膜外进行作用。蛋白系统进化分析表明,HvMYC1基因与小麦、矮牵牛、水稻等物种中调控花青素合成MYC转录因子同源。本研究为解析蓝粒大麦中调控...
作者:朱珠; 李娟霞; 陈健; 李捷; 蒋彭举; 田青 期刊:《分子植物育种》 2020年第01期
CONSTANS(CO)基因是高等植物叶片中光周期途径的关键成分,生物钟及光信号控制CO基因的表达。本研究以宁夏枸杞(Lycium barbarum L.)品种之一‘宁杞7号’叶片为实验材料,通过转录组测序结果筛选,利用RT-PCR技术扩增得到‘宁杞7号’的CO基因cDNA全长序列,命名为LbCO。利用生物信息学手段对所获得的序列进行结果及功能预测,结果显示:LbCO基因的cDNA序列全长1224 bp,编码407个氨基酸,分子质量为44.83 k D,理论等电点pI=5.58,不稳定指数...
作者:柯笑楠; 胡海超; 黄霞; 贾玉芳 期刊:《分子植物育种》 2020年第01期
抗坏血酸氧化酶(ascorbic acid oxidase,AAO)是多铜氧化酶家族中的一员,在植物生长发育过程中起重要作用。为深入研究水稻AAO基因家族的功能特征及表达模式,采用生物信息学从Phytozome的水稻数据库鉴定出14个AAO成员,并对其染色体定位、蛋白理化性质及二级结构、基因结构、保守基序、系统发生树和表达模式等方面进行预测分析。结果显示,14个OsAAO不均匀地分布在8条染色体上,多为碱性蛋白;蛋白二级结构以无规则卷曲为主要组成部分;...
作者:王玉兰; 张玉芳; 夏春兰; 闻志彬 期刊:《分子植物育种》 2019年第24期
NADP-苹果酸酶(NADP malic enzyme,NADP-ME)是苹果酸代谢通路中的关键酶,由一个小的基因家族编码,进化关系复杂。因此,本研究以四种光合碳同化途径(C3,C3-C4中间型,C4和CAM植物) 15种植物的48个NADP-ME序列为研究对象,通过生物信息学软件对它们的基因特性及系统进化关系进行分析和预测,以解析该家族的基因特性及揭示C3-C4中间型植物同C3和C4植物之间的进化关系。结果表明,所有氨基酸序列都含有5个保守区域,其中C3植物保守位点发生...
作者:兰青阔; 赵新; 陈锐; 王成; 陈笑芸; 汪小福; 王永; 兰璞 期刊:《分子植物育种》 2020年第01期
贝母属植物是中国中药材的宝库,由于形态上难以区分,在民间应用、临床应用和中药市场中还存在混淆应用、以次充好的现象,急需开发基于新型分子标记位点的精准检测方法。本研究应用多重序列比对、SNP筛选等生物信息学分析手段,对贝母属15种植物28条叶绿体基因组序列进行分析。结果发现,贝母属叶绿体基因组DNA同源性达97.22%,通过分析共发现SNP位点5879个,其中川贝母类鉴别候选位点71个,川贝母鉴别候选位点4个,瓦布贝母鉴别候选位点3...
作者:李孟建; 李国瑞; 黄凤兰; 韩雯毓; 风兰; 陈永胜 期刊:《分子植物育种》 2019年第21期
GASA蛋白是富含半胱氨酸的植物特有的一类小分子蛋白,GASA蛋白家族在赤霉素信号传导过程中具有重要的调控作用。本研究通过克隆RcGASA9基因以及对其进行相关的生物信息学分析;利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)技术扩增该基因的完整阅读框,发现该基因片段长度为342 bp,编码113个氨基酸,分子量12 674.91 kD,等电点为9.45,不稳定指数为66.20。通过功能结构域预测发现RcGASA9蛋白属于GASA超大基因家族。同源性分析...
作者:吴杰新; 刘小珍; 叶琴霞; 张汉尧 期刊:《食品工业科技》 2020年第01期
目的:克隆CAD1基因,对其结构和功能进行预测,为后期研究利用该基因用于重金属镉的解毒作用及其他有毒物质的抗性研究打下基础。方法:使用PCR技术对酿酒酵母BZL06的CAD1基因序列进行全长克隆,再对其进行染色体定位和亲缘关系分析,使用在线分析工具ExPASy、ProtParam等对其编码蛋白质的一级结构、二级结构、三级结构、结构域和蛋白互作进行预测分析。结果:该CAD1基因位于Ⅳ染色体1318046~1319275;全长1230 bp,可编码409个氨基酸,亲缘...
作者:郭思远; 闫琦; 李佳 期刊:《中国现代中药》 2019年第11期
目的:克隆东北雷公藤萜类物质生物合成关键酶基因3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase,HMGR)基因和1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)基因全长,并对其进行生物信息学分析。方法:根据东北雷公藤转录组数据,设计特异性引物,采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术克隆东北雷公藤DXR、HMGR基因编码区的全长序列,...
作者:周喆; 陈志丹; 吴全金; 徐一岚; 孙威江 期刊:《茶叶科学》 2020年第01期
脱镁叶绿素酶(Pheophytinase,PPH)是叶绿素降解过程中的一个关键酶,它能使脱镁叶绿素a转化为脱镁叶绿酸a,脱镁叶绿酸a是叶绿素降解途径中最后一个保持植物绿色的产物,被认为是叶片衰老和黄化的关键步骤。以新梢白化茶树白鸡冠叶片为材料,克隆获得CsPPH基因cDNA的全长序列(登录号:MK359094),并对其进行生物信息学分析。结果表明,CsPPH全长为1298 bp,包含的ORF序列为1241 bp,编码413个氨基酸。序列分析表明,该基因编码的蛋白质为稳定...
作者:李晟; 赵德蕊; 张声祥; 施圆圆; 杨青山; 王晨凯; 单春苗; 吴家文 期刊:《生物学》 2019年第06期
克隆了中药材异叶天南星(Arisaema heterophyllum Blume)叶中凝集素(lectin)基因(Ahltn)的开放阅读框(ORF),并对其编码蛋白AhLTN的性质和结构进行了分析。首先从植物异叶天南星的新鲜叶片中提取总RNA,通过逆转录获取cDNA,经PCR扩增Ahltn后与pMD19-T载体连接构成重组质粒,然后转化到大肠杆菌感受态细胞中培养,经菌液PCR鉴定后再进行测序验证,确定目的基因被成功克隆,进一步运用各种生物信息学软件对AhLTN的理化性质、进化关系和空间...
作者:方智振; 姜翠翠; 周丹蓉; 潘少霖; 叶新福 期刊:《应用与环境生物学报》 2019年第06期
生长素反应因子(Auxin response factors,ARFs)是一类在植物生长发育过程中发挥着重要作用的转录调控因子.为鉴定ARF家族基因、了解成员特征及其在李果实成熟过程中表达模式,基于‘三月李’及其红肉突变体果实成熟过程的转录组数据,采用生物信息学分析方法进行PsARF家族基因鉴定,并对其蛋白质理化特性、亚细胞定位、系统进化树、蛋白质质保守结构域以及表达模式进行分析.共鉴定得到17个PsARF家族成员.生物信息学分析结果表明PsARF...
作者:王媛媛; 余佳敏; 代鲁鲁; 陈辉 期刊:《西北林学院学报》 2020年第01期
香叶基二磷酸合酶/法尼基焦磷酸(G/FPPS)和异戊二烯焦磷酸异构酶(IDI)是单萜和倍半萜生物合成途径分支点的关键酶。通过克隆华山松大小蠹DaG/FPPS和DaIDI基因的全长序列,预测基因和编码蛋白的性质、结构和功能,并对序列特征和不同发育时期(幼虫、蛹、初羽化期成虫和扩散期成虫)以及不同组织(头、前中肠、后中肠、后肠和剩余躯体)DaG/FPPS和DaIDI表达的研究,旨在揭示DaG/FPPS和DaIDI在华山松大小蠹信息化学物质合成中的分子调控机制...
作者:武建业; 郝锡联; 李嘉新; 周宇鑫; 王寅亮 期刊:《东北林业大学学报》 2019年第12期
乙酰胆碱受体一般在生物体内存在两个类型--烟碱型乙酰胆碱受体(Nicotinic acetylcholine receptors,nAChRs)和毒蕈型乙酰胆碱受体(Muscarinic acetylcholine receptors,mAChRs),均为重要的功能型膜蛋白。nAChRs是cys-loop配体门控离子通道超家族的成员,介导昆虫中枢神经系统突触胆碱能的快速运输,是一些新烟碱类等杀虫剂的重要靶点;而mAChRs是离子通道蛋白G蛋白偶联受体的超家族。试验以美国白蛾为研究对象,基因组测序分析获得12...
作者:翟刚; 杜天宁; 张天浩; 李振林; 葛丛丛; 郑庆丰; 郭瑞芬; 巩元芳 期刊:《河北科技师范学院学报》 2019年第04期
为了探究KAP1.1基因(keratin-associated protein 1-1)潜在的生物学功能,利用分子生物学软件对绵羊KAP1.1基因编码蛋白进行了生物信息学分析。结果表明,该基因共编码182个氨基酸,为一可溶性不稳定蛋白。分子量为18788.45 u,等电点为6.03。另预测得知该蛋白含有6个磷酸化位点,无糖基化位点,不含有跨膜区和信号肽,推测其不是一个分泌型蛋白。亚细胞定位绵羊KAP1.1蛋白主要在线粒体和细胞核中发挥生物学功能,二级、三级结构显示,无规...
作者:赵靖悦; 龚林; 雷娜娜; 陈由强; 何文锦 期刊:《福建轻纺》 2019年第12期
文章旨在获得三角褐指藻中隐花色素PtCryP的全长序列并进行生物信息分析,且利用CRISPR/Cas9系统的pKS diaCas-sgRNA质粒,通过质粒酶切、引物退火、连接重组质粒,成功构建了三角褐指的敲除载体,并通过DNA测序确定插入了sgRNA序列。PtCryP基因的开放阅读框全长为1575 bp,编码524个氨基酸,预测的等电点8.30,理论分子量58.98 kD。通过结构域分析,隐花色素蛋白的典型结构域存在于PtCryP蛋白中。本研究首次构建了三角褐指藻PtCryP的CRISP...
作者:刘铁鹰; 李纯; 赵明珠; 王康宇; 孙春; 玉陈静; 王艳芳; 张美萍; 王义 期刊:《基因组学与应用生物学》 2019年第10期
作者:许小琼; 陈晓慧; 申序; 徐小萍; 林玉玲; 赖钟雄 期刊:《热带作物学报》 2019年第10期
MSIL(Muliticopy suppressor of IRA homolog1-Like)基因是WD重复蛋白的一个亚家族,在植物生长发育过程中发挥重要的作用。为了解龙眼MSIL(DlMSIL)基因家族的生物学功能,本研究基于基因组和转录组数据,采用生物信息学分析法对DlMSIL基因成员进行鉴定,并进行蛋白质结构及理化性质分析、系统发育进化树构建、启动子顺式作用元件分析、龙眼体胚阶段和不同组织器官表达情况以及GA3处理下的定量表达分析。结果表明:DlMSIL基因家族含有6...
作者:周媛媛; 张学谅; 王静; 陈欣; 李睿; 尹荣兰; 王超; 黄晨; 尹荣焕 期刊:《沈阳农业大学学报》 2019年第05期
为探究副猪嗜血杆菌同一血清型不同菌株间毒力相关基因的差异以及LpxC基因的遗传特性,本试验设计35种毒力相关基因的特异性引物,对副猪嗜血杆菌血清型4型的两种菌株进行PCR验证,并将两株菌株的LpxC基因连接到T5载体上,转化到大肠杆菌感受态细胞中进行克隆及测序,得到921bp目的片段。在NCBI上进行比对分析,运用DNA star软件对LpxC基因进行核苷酸同源性比对,同时对LpxC基因编码的蛋白质进行生物信息学分析。结果表明:35种毒力相关基...
作者:王亚平; 彭春艳; 朱名安 期刊:《湖北医药学院学报》 2019年第06期
目的:运用生物信息学分析方法挖掘特发性肺动脉高压(idiopathic pulmonary arterial hypertension,IPAH)相关的关键基因并探讨其发病机制。方法:从GEO数据库中下载与IPAH相关的高通量基因表达谱芯片数据,用GEO2R在线分析平台挑选出健康人与IPAH有显著差异表达的基因;通过DAVID 6.8软件对所选择的差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析;并采用STRING、Cytoscape等工具对其进行蛋白质相互作用网的构建及可视化分析。结果...