近年来禽流感影响范围越来越大，不仅对养殖业造成严重的经济损失，更是危害到人类健康，因此禽流感引起了世界各国人民的关注。笔者通过收集CNKI数据库中收录的有关禽流感的文献，运用共词分析方法，梳理禽流感的研究脉络，绘制网络知识图谱，对该领域的热点进行剖析。结果表明:近十年来禽流感研究的三个热点领域为Ⅰ禽流感基础科学研究、Ⅱ禽流感病原学研究、Ⅲ禽流感防治研究。
关键词:
禽流感;共词分析;热点研究;网络知识图谱;社会网络
随着禽流感的影响范围越来越广，不仅严重危害养禽业，而且对公共卫生构成巨大威胁。为了科学认识和积极防控禽流感，国内外学者进行了大量且富有成效的研究，取得了举世瞩目的成果。关键词是学术论文的一个重要组成部分，虽然往往只是几个词，在论文中所占篇幅比较小，但却是论文的精髓［1］，不仅可以利用关键词检索到文献，还可以通过关键词了解到文献涉及的领域和内容。笔者通过运用共词分析方法，结合bicomb软件、pajek软件对CNKI收录的近十年相关文献进行聚类分析，得出知识图谱，再对图谱进行分析，总结出国内近十年内禽流感的研究热点，现报道如下。
1研究方法
1．1数据的来源研究所用数据来源于CNKI畜牧兽医领域核心期刊收录的禽流感相关文献，时间范围是2005—2013年。检索得到2676篇文献，去除会议记录和重复文献，可用2437篇文献，利用bicomb软件对文献中的关键词进行梳理，得到关键词8143个。
1．2数据的处理再利用bicomb软件中的筛选功能，对上述检索得到的8143个关键词进行筛选，筛出频率大于10的关键词153个，部分高频关键词见表1，这153个关键词基本上代表了近十年来禽流感的研究范围。将处理后2437篇文献中的关键词输入编写好的java程序进行词频共现关系计算，得到7441个不同节点，对这些节点进行去杂，得到144个中心节点，并将中心节点中与其他节点都有联系的节点去除，最终得到139个节点，最后利用pajek软件处理贡献关系得到关系图谱，结果见图1。
2结果与分析
由图1可以直观地看出，在关键节点所构成的空间中，可以区分出区域Ⅰ“禽流感基础科学研究”、区域Ⅱ“禽流感病原学研究”、区域Ⅲ“禽流感防治研究”3个核心区域。
2．1禽流感基础科学研究(区域Ⅰ)从图1中可以清晰地观察得到，本区域的核心是围绕禽流感基础科学问题展开，进行分子流行病学、免疫学等一系列研究。随着禽流感越来越频繁发生，影响范围越来越广和人感染禽流感新发病例不断出现，2005年国家自然基金委员会紧急启动了重大项目“禽流感关键基础科学问题研究(NSFC30599430)”。历经多年研究，项目在禽流感病毒分子流行病学、病毒蛋白结构与功能、感染机制与免疫应答、禽流感病毒感染人的特点与传播途径等方面都取得了原创性的成果［2］。禽流感基础科学研究为禽流感的研究提供了理论基础，很显然其为禽流感研究领域一大热点。不过笔者认为，国内外学者对禽流感基础科学研究已经近乎完成，不再会成为未来的研究热点。
2．2禽流感病原学研究(区域Ⅱ)从图1中可以清晰地观察得到，本区域是围绕禽流感不同亚型的基因型和血清型展开的，研究它们的基因特点和致病性。禽流感病毒含有两种蛋白:血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)。HA负责流感病毒结合宿主细胞，NA蛋白负责病毒复制后出芽的必要条件，而HA有1～16个亚型，NA有1～10个亚型，根据HA和NA抗原性的不同分为多种血清亚型。HA在禽流感病毒感染细胞过程中起到了关键作用，对血凝素基因的相关研究一直是禽流感研究的重点和热点［3］。国内外众多学者致力于研究HA基因结构特点、HA基因编码蛋白质结构与功能、HA裂解位点的研究，并取得了突破性进展，更好地解释了禽流感病毒致病性特点，为禽流感的防治提供理论依据和技术支持。从图1中也可以清晰地看出，能感染不同物种的禽流感亚型(如H9N2)和高致病性禽流感(如H5N1)受到了国内外学者的共同关注，关于它们的研究不仅关系到养禽业的发展，更关系到禽流感感染人的公共卫生问题。关于禽流感基因的研究关系到人们对禽流感的防治，为养禽业发展提供保障，也为防范禽流感危害人类公共卫生提供依据，由此可见禽流感基因的研究依旧会成为一大热点。
2．3禽流感防治研究(区域Ⅲ)从图1中可以清晰地观察得到，禽流感防治研究主要以禽流感疫苗研究为主。本区域是围绕不同形式的禽流感疫苗及其免疫效果评价展开，其中最为主要的是DNA疫苗。随着禽流感对养殖业的危害越来越大并且危及到公共卫生，关于禽流感的防疫工作是必不可少的一部分。禽流感疫苗的研制工作，在禽流感防控工作中起到至关重要的作用，疫苗成为我国战胜禽流感的有效武器［4］。有些亚型的禽流感病毒在疫苗选择压力之下，通过长时间的演化，已出现一些变异的毒株［5－7］，因此对疫苗的要求越来越高。禽流感灭活疫苗安全性高，产业技术成熟，依然是养禽业使用频率比较高的疫苗。而灭活苗的质量不稳定，易导致免疫失败的缺点也十分突出。为了弥补灭活苗的不足，更多的研究人员把目光放到新型疫苗的研究上，尤其是关于DNA疫苗研制，更是受到国内外研究人士的关注。目前，禽流感新型疫苗种类虽然多，但技术不够成熟，疫苗的研制仍在实验室试验阶段，并未全面推广。禽流感的疫苗研制工作关系到人们对禽流感疫情的掌控，随着新型变异毒株的出现，禽养殖业对疫苗的依赖性也会越来越强。综上所述，关于禽流感疫苗研制工作依然会是禽流感研究的一大热点。
3结论
笔者运用共词分析方法对CNKI中收录的有关禽流感的2437篇文献进行处理并绘制知识图谱进行分析，剖析了行业热点及演进态势，得出近十年来禽流感研究的三个热点领域:Ⅰ禽流感基础科学研究;Ⅱ禽流感病原学研究;Ⅲ禽流感防治研究。通过上述分析可以清晰地看出:首先，关于禽流感基础科学的研究随着学科基础知识的越来越全面，在未来不太可能继续作为学科的研究热点吸引学者的目光。其次，针对禽流感病毒基因研究，笔者认为将来的热点依然是高致病性禽流感和能感染其他物种禽流感基因的研究，这两个方面切实关系到养禽业的正常发展和人类公共卫生问题，不得不引起国内外学者的重视。最后，关于禽流感疫苗研究也将继续是禽流感研究的一个不可忽视的热点，疫苗是有效预防禽流感的方法，尤其是目前新兴的DNA疫苗的研发，其相对于传统疫苗的优点明显，更将成为研究的热点。本研究通过分析禽流感领域研究现状学术热点及其发展趋势，为探究禽流感领域的科学规律提供参考。
参考文献:
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【关键词】 轮状病毒腹泻；婴幼儿轮状病毒肠炎流行病学；分子 G血清型
人轮状病毒（HRV）是临床中比较常见的一种病毒，是诱发婴幼儿腹泻的一种重要病毒，而且多在5岁以下的儿童中比较常见。通过数据的调查显示，绝大部分的病毒流行于在发展中的国家[1]。而在我国因人轮状病毒而引起的腹泻有40.0%，因此，这种病毒引起的腹泻所在的比重还是相当大。目前，临床上对于该病的治疗还无较好的药物，其中，人们认为轮状病毒疫苗是控制轮状病毒感染的一个重要举措。通过国内外的相关性研究[2，3，4]表明，不同的地区的病毒株均具有较大的不同，因此，这为临床中研制轮状病毒疫苗也具有较大的差异性。本文对南昌市的轮状病毒G型与其相关的临床特征进行深入的探讨，其目的是为本病的治疗与预防提高有力的参考资料，同时，为该地区研制具有针对性强的轮状病毒疫苗提高一定的参考依据。
1材料与方法
1.1材料
本次研究从我院2007年1月到2009年12月之间进行随机的抽取5岁以下的腹泻患儿286例，同时对于其进行细菌培养和显微镜的检查，并有效的排除细菌性的肠炎患儿。本组男性患儿183例，女性患儿154例，患儿的年龄为3个月到60个月，平均年龄为（15.3±2.3）月。病程时间为2～13天，平均病程时间为（8.9±2.3）天，本组的所有患儿均未进行接种轮状病毒疫苗。
1.2方法
1.2.1DNA制备与检测
本次研究对于粪便RVRNA的提取和检测主要采用Trizol法，同时依据说明书进行操作，并提取粪便悬液中的核酸，然后采取聚丙烯酰胺凝胶电泳法进行有效的检测[5]。本次研究中干燥标本采取pH=7.6的Tris液稀释1 mL/L进行稀释，并取上清液，同时，采取30μl的无菌水进行融解RNA备用。
1.2.2RT-PCR法扩增
将选取的RV的VP7全基因进行扩增，并采取 net-PCR法进行有效的对VP7基因型（G基因型）进行分型处理。第一次扩增：将编码VP7的基因两端保守的序列设计引物（主要包括Beg9和End9）进行RT-PCR扩增，长度为1062bp；第2次扩增：将苷酸序列高变区的设计型特异性引物（主要包括aAT8、aBT1和aCT2以及aDT4与aET3、aFT9等）和负链引物选择3′端保守的共同引物进行有效的扩增，扩增不同的长度来区别不同基因型[6]。本次研究所用的扩增引物如下表1所示：
1.2.3反应条件
本次研究选取的PCR反应池为2μL，取二甲基亚砜和上、下游的引物均2μL，并进行离心处理，离心率为1000 r/min，并取上层清液，然后采取温度为97℃进行变性，时间控制为5min，并立即进行冰浴处理，时间为5 min；向反应中加入5×RT-PCR的缓冲液和2. 5μL 的d NTP，以及5U/L的AMV反转录酶，并采取94℃的温度进行变性处理，时间为5min，最后加入10×PCR的缓冲液和DNA聚合酶以及dNTP，并加水到70μL。再次采取94℃的温度进行加热处理，时间控制为1min，并进行94℃、1min；42℃、2min；72℃、3 min；共30个循环，最后采取72℃的温度进行延伸，时间8min。并将扩增的产物采取10 g・L-1的琼脂糖凝胶电泳进行有效的观察。
2结果
通过本次的研究分析，286份标本共检出132份病毒，阳性率46.1%。通过分型，主要为G1型、G3型，具体的情况如下表2所示：
3讨论
通过资料显示，在我国主要流行轮状病毒为G1-G4型，而且在方肇寅等[7]人的资料显示，G1-G4型所占的比例为：67.1%、21.4%、9.4%、2.1%，其中， G1型是主要的流行菌株。而任莉娜等[8]分析，主要以G1型为主要的菌株。而徐锦等 [9]分析，主要以G3型菌株为主，其次才是G1型。而吴先华等报道[10]，在浙江省衢州市2008-2010年的资料显示，主要以G3型菌株为流行菌株。
通过本次的临床调查显示，在南昌地区主要以G3型菌株和G1型菌株为主，而且所在的比率分别为41.7%和27.3%，而且本次的研究与张丽杰等[11]的研究比较相近。另外，在我国的台湾等地区显示，除了显示有G1、G2以及G3型菌株之外，还显示有 G9型菌株 [12]。而在本次的研究分析， G9型轮状病毒只检测出有1株，而且资料显示G9型不是本地区的流行菌株另外，通过本次的研究分析，有19株病毒株未能够进行分型，其原因可能与本次研究的方法和G血清型等有关，需要临床的大型试验进一步的分析。
因此，在南昌地区的婴幼儿轮状病毒肠炎中，主要以G1型与G3型比较常见，同时，G1型和G3型能够作为该地区进行研制轮状病毒疫苗的重要参考依据。但是有仍部分的菌株未进行分型，需要进一步的临床监测。
参考文献
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关键词 腹泻 婴幼儿 轮状病毒 分子流行病学 基因型
资料和方法
2001年11月～2002年12月共采集酒泉市人民医院儿科门诊和住院部婴幼儿腹泻粪便标本324例，置-70℃保存备用。采用SPSS 11.0软件随机抽样选取204例标本进行检测。
用ELISA法检测RV抗原，采用IDEIATM Rotavirus试剂盒，购自英国DakoCytomation Ltd，按说明书操作。
用RT-PCR法对RV病毒株进行血清株与基因型的鉴定，Taq DNA聚合酶和AMV逆转录酶购自美国Promega Corporation；RNA酶抑制剂(RNasin)购自宝生物工程(大连)有限公司；TRIZOL购自Molecular Research Center Inc．；dNTPs购自sbs赛百盛公司；DNA Maker DL 2,000购自宝生物工程(大连)有限公司。采用PTC-100TM PCR仪(美国MJ RESEARCH公司)进行PCR反应。用TRIZOL提取RV核酸。先逆转录合成病毒cDNA，后巢式PCR对RV标本进行分型，方法见文献[1]。
每批分别用已测序证实的粪便标本作为阳性和阴性对照。
统计学方法：采用SPSS 11.0进行统计，计量资料用均数±标准差表示，两组比较采用非配对t检验，计数资料采用X2检验。
结 果
RV腹泻的年龄分布：本研究共采集酒泉市人民医院就诊婴幼儿腹泻粪便标本324例，电脑随机抽样选取204例标本(年龄11.28±7.76个月)进行检测，ELISA法检测RV阳性112例，阳性率为54.9％。其中住院部患儿34例，门诊78例；男68例(年龄11.46±7.54个月)，女41例(年龄11.49±6.52个月)，经非配对t检验显示两组间年龄差异无显著性意义(P>0.05)，经X2检验显示RV阳性率也与性别无关(P>0.05)。在所检出的112份RV阳性标本中，RV腹泻年龄范围2～24个月，平均11.16±7.21个月；在不同年龄段中以7～18个月年龄段RV阳性率最高，为62.07%～72.73%，但经Pearson Chi-square检验显示不同年龄段间的阳性率差异无显著性意义 (P>0.05)。
RV腹泻的流行季节：从连续13个月收集的204例腹泻患儿每月轮状病毒阳性检出率可见，酒泉地区婴幼儿轮状病毒腹泻全年均有发病，经X2检验显示不同月份的阳性检出率差异具有显著性意义 (P
VP7型别：112例轮状病毒抗原阳性标本中再进行RT-PCR法检测VP7 G1-G4、G9 5个血清型，能用后巢式PCR确定型别的共82例（73.21%）。其中G3型50例（44.64%），G1型16例（14.29%），G2型6例（5.36%）， G9型2例（1.78%），未发现G4型。混合感染者8例（7.14%），分别为：G1+G3 6例，G2+G3 2例。另外有30例(26.79%)未能用现有引物分型。
VP4型别：对VP7分型阳性标本随机抽样选取53份进行VP4分型，检测P[4]、P[6]、P[8]、P[9]、P[10] 5个基因型，能确定VP4基因型别的共38例，占71.7%，其中检出P[8]型24例（45.28%），P[4]型14例（26.42%），未发现P[6]、P[9]、P[10]，另外有15例(28.3%)标本未能用现有引物分出VP4型。
酒泉地区轮状病毒株VP7和VP4基因型别的组合：在53例VP7阳性标本中，在同一例标本中同时鉴定出VP7和VP4基因型别的共38例，其中17例为G3 P[8]（44.74%），G1 P[4]6例（15.79%），G3 P[4]5例（13.16%），G1 P[8]5例（13.16%），G2 P[4]2例（5.26%），G2 P[8]1例（2.63%），G1+3 P[4]1例（2.63%），G1+3 P[8]1例（2.63%）。
讨 论
酒泉地区婴幼儿腹泻轮状病毒的感染规律：本研究结果提示，54.9%的非细菌性腹泻是由轮状病毒引起的，而在轮状病毒的流行季节阳性率则高达80%左右，可见预防轮状病毒感染的重要性。本研究收集到的轮状病毒感染粪样均为2岁以下的婴幼儿，不同年龄段的感染率以7～18个月年龄段最高，为62.07%～72.73%，可能与此时由母亲带来的抗体下降、自身的免疫力尚未完全建立有关。以往认为在季节性明显的地区，轮状病毒感染的高发季节是秋冬季，本研究连续13个月的观察显示，在酒泉地区全年均可发病，但高发季节是10～12月，提示我国河西走廊与国内外报道的季节分布有所不同，轮状病毒感染的高发季节以深秋初冬为主。根据以上研究结果，我们建议轮状病毒疫苗的接种对象应为6～18个月的婴幼儿，接种时间应为每年的8～9月份。
酒泉地区轮状病毒VP7、VP4型别及其组成：本研究结果显示，以G3型为主的流行趋势与国内外其他地区以G1型为主明显不同[1,2]，说明RV感染存在明显的地域差别。酒泉地区在此研究期间型别主要集中在G3型，其次为G1型。由于轮状病毒型别繁多，相互之间的交叉保护作用差，因此在研制疫苗时必须考虑到涵盖相应的型别。
不同方法检测轮状病毒的比较：在进行VP7和VP4基因分型时，有相当一部分ELISA阳性标本，在做RT-PCR扩增时结果为阴性。在扩增VP7或VP4时都有这种现象，考虑部分是因为在处理过程中RNA丢失，或非特异性抑制物处理不完全，或部分标本中病毒dsRNA降解和含量太少，因此RT-PCR不能对部分RV dsRNA进行扩增。如果单纯是为了作出轮状病毒感染的诊断，用ELISA法检测RV病毒抗原即可。ELISA法具有方便、价廉的优点，但由于粪样中成分繁杂，存在其他抗原成分，干扰轮状病毒抗原抗体的结合，所以结果有一定的误差，可能出现假阳性或假阴性。本研究中ELISA法检测的阳性率最高，但和RT-PCR法检测结果不符的例数也较多，证实了这点。RT-PCR具有很高的灵敏性和特异性，Gentsch[3]报道可检测10～1000个病毒颗粒，但技术要求高，设备昂贵，基层医院难以普及。将ELISA和RT-PCR结合起来，可以对所检测的轮状病毒有一个较全面的判定。
分子流行病学特点的意义：近20年在我国长春、大同、郑州、广州、上海、北京等城市不同时期的调查结果显示[2,4]，我国流行的轮状病毒血清型虽有所变化，但一直以G1型为主，占67.1%～83.4%。我省兰州地区从2001～2004年间流行的轮状病毒血清型则以G3型为主（61.44%），其次为G2型。国外文献报道近年来轮状病毒呈现新的分子流行病学特点，G3型轮状病毒感染呈上升趋势，部分地区G3占主导地位。本研究结果及以上资料表明，轮状病毒感染在我国的流行也不是单一模式，这些资料为临床诊治和针对性地研究HRV疫苗提供了重要的参考资料。
参考文献
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1.1一般资料
选取广州医科大学预防医学专业和统计学专业本科生共73名为教学对象。其中预防医学专业46名，统计学专业27名，此前基础课程考试成绩表明2个专业学生学习基础与学习能力一致；男生31名，女生42名。男女各按学号排序后，按性别比每3~4名学生组成1个学习小组（各组均至少有1名男生），共19组。其中，预防专业12组（其中两组为3名），统计学专业7组（其中一组为3名）。
1.2方法
1.2.1文献案例选择
流行病学的实验教学主要是流行病学研究方法的实际应用，大量的科学研究都涉及流行病学研究方法。因此，在文献选择上，应针对实验教学章节选取相应的且设计较为完善的科研文献。科研文献应能充分反映理论教学的内容。在实践教学中，作者针对不同教学内容分别选取了1~2篇文献以进行讨论分析。
1.2.2教学实践过程
主要包括案例准备阶段、课堂讨论及课后学习阶段、教学总结3个环节。
1.2.2.1案例准备阶段
这一阶段教师根据授课的内容和学生学习的目标，选择合适的科研文献并设计课题讨论的问题。在讨论问题的选择上，既要体现课程内容与整个课题设计的宏观联系，也要展现其在课题实施过程中的具体应用，且主观问题与客观问题并存。
1.2.2.2课堂讨论及课后学习阶段
这一阶段是案例教学的具体实施环节。学生按学号每3~4名学生组成1个学习小组，并选取1名组长主持。学生根据理论课的知识，针对教师提出的问题尽可能地做出解答，并进行小组讨论，由小组长记录讨论内容并报告讨论结果。为了提高学生参与讨论、思考并发言的积极性，可将学生讨论时的表现计入平时成绩纳入考核。课题讨论结束后，要求每名学生参照文献内容，自行设计类似的研究课题1项，要求提供研究背景、具体实施方案及预期结果。
1.2.2.3教学总结
总评每名学生均需以作业形式报告问题结果。任课教师首先就案例所涉及的问题进行解答，并对每组讨论的结果进行点评和总结。
1.2.2.4教学备案实例
首先就流行病学实验教学主要章节进行了文献选择并确定讨论问题，如针对“病例对照研究”，作者选取了文献《饮茶与肺癌发病风险的病例-对照研究》；再如“队列研究”作者选取了文献《三聚氰胺污染奶粉对婴幼儿健康较远期影响的队列研究》进行了分析讨论。在问题设计上，以“病例对照研究”为例，针对文献内容，作者提出了以下几个问题供学生解答并讨论：（1）本研究采取的病例-对照研究的具体类型，这种设计有何好处。（2）文中优势比（OR）和95%置信区间（95%CI）值如何得出，写出计算过程，并指明其意义。（3）本研究可能存在哪些偏倚，作者采取何种方法以控制偏倚，你觉得还能采取哪些措施来控制偏倚。（4）请指出本研究的实际意义。（5）自己选题，设计类似的研究课题，简要描述该课题的背景、研究方法、预期结果及意义。其他章节内容采取同样设计。
1.2.3教学效果评估
在实验教学结束后，对参加案例的教学的学生进行问卷调查，就兴趣满意度、文献检索和阅读能力、学习效果3个方面进行调研，并收集反馈意见。“是否提高”指文献案例教学后相对教学前包括流行病学理论课教学的相关指标是否有所提高。
2结果
参与案例教学的学生共73名，发放问卷73份，回收问卷73份，均为有效问卷，应答率及合格率均为100.0%。调查结果显示，82.2%（60/73）的学生表示流行病学教学内容的趣味性增加了；95.9%（70/73）的学生认为对流行病学的关注度增加，且93.2%（68/73）的学生对流行病学的兴趣度有所提高。在满意度的综合评价方面，97.3%（71/73）的学生对案例教学表示满意，其中65.8%（48/73）的学生表示十分满意。在文献检索和阅读方面，73名学生中有70名学生进行了相关检索，平均检索次数为（15.0±3.5）次；71名学生主动阅读了相关文献，平均阅读数为（7.0±1.5）篇。此外，73名学生中分别有65名和66名学生表示文献检索能力以及阅读能力提升。在教学效果方面，95.9%（70/73）的学生认为文献案例教学加深了其对理论知识的掌握和运用；100.0%（73/73）的学生表示知识面获得拓宽；94.5%（69/73）的学生认为其自学能力提高；94.5%（69/73）的学生表示其口头表达能力提高；98.6%（72/73）的学生认为其协作互助能力提高。此外，在对案例教学的意见上，多数学生表示希望教学教师更多参与问题讨论，部分学生提议设定幻灯片展示环节，供小组报告讨论结果。
3讨论
文献案例教学法是以对案例为基本教学材料，通过设置教学问题，让学生通过小组学习的方式自我学习的一种手段，其可以有效激发学生的求知欲，提高学生学习的积极性，使学生自主地通过教材及其他辅助手段学习。大量的教学实践表明案例教学不仅有助于教学效果的提升，亦能提高教师自身的教学素质。科研文献作为案例教学的基本素材，有其天然的优势。（1）完整性。科研文献是一项科研工作的结晶，包括课题的设计、实施、结果以及结论。学生不仅可以根据所学知识重复研究者的结果，也可体会作者在研究设计中选用方法的目的性以及优缺点。（2）故事性。一个研究便是一个故事，容易引起学生的共鸣。如作者在“队列研究”教学时选取的文献《三聚氰胺污染奶粉对婴幼儿健康较远期影响的队列研究》，学生普遍对该内容感兴趣，并就当前一些热门健康问题进行了热烈的讨论。（3）问题性。科研工作是一门复杂的工作，任何研究都不可能面面俱到。因此，文献案例不仅可以探讨作者为避免研究错误如偏倚所采取的措施，也可以由学生自我思考，发散思维，指出文献自身可能存在的问题。（4）真实性。文献案例是真实的科研事件，是科研工作这实际工作的结晶。本科学生对科研充满一定的好奇性，选用文献能让其真实感受到科研工作的设计、实施，而针对文献内容，模拟设计科研课题更是有助于培养其科研思维和科研能力。案例教学相比于传统教学而言，教师和学生的角色发生改变，强调师生互动，看中学生的自我学习及探索能力，重视学生的个人想法，通过师生间、学生间的信息交流达到教学目的。根据问卷调查的结果，作者体会到以文献为材料的案例教学法十分适用于流行病学的实验教学。在教学课程中，学生普遍表示其对流行病学的兴趣度和满意度增加，加深了对流行病学的理论知识在具体实践应用中的认识，切实地体会到流行病学这门学科的应用价值。而在文献检索和阅读学习上面，多数学生都亲身进行过文献的检索和阅读学习，这有助于提高学生从文献资料吸取知识的能力，且可拓展流行病学的知识面，大部分学生也都表示其检索文献、阅读文献的能力获得了提高以及知识面获得了拓展。此外，文献案例教学方式的教学效果较好。大部分学生均认为其各项能力获得提升，包括理论知识的掌握和运用、自我学习能力、口头表达能力和协作互助能力。
4结语
1 发挥学科特色优势是面向临床的主要任务
在目前中医、中西医结合、西医儿科并存的格 局下，医疗市场行业竞争激烈。中国和世界各国中 医儿科的临床工作发展很不平衡，一些单位的中医 儿科迅速发展，也有一些单位的工作在萎缩。凡是 工作开展好的单位，共同的经验都是发挥了中医药 的特色和优势。因此，能否发挥好中医儿科的学科 特色和优势，就成了我们事业成败的关键。
关于中医儿科的特色优势病种，我们在2007 年曾组织了中国城乡不同地区、不同等级医院、不 同职称级别、中医中西医不同专业儿科工作者的抽 样问卷调查。调查结果显示，与西医相比，大多认 为中医儿科（某些情况下的中西医结合）在下列病 种（证）或其某个阶段具有治疗优势。（1)新生儿 疾病:胎怯（早产儿和足月小样儿）、新生儿黄疸、 新生儿硬肿症、新生儿腹泻、新生儿胳部疾患等。 (2)呼吸系统疾病:急性上呼吸道感染、急慢性支收穑日期：2009 —11一 14作者简介：汪受传（1946— )，男,教授，主任医师，博士生导师，医学硕气管炎、毛细支气管炎、病毒性肺炎与其他类型肺 炎、反复呼吸道感染等。（3)消化系统疾病：鹅口 疮、口炎、胃食管返流及反流性食管炎、胃炎、消化 性溃疡、厌食、小儿腹泻等。（4)营养性疾病:消化 不良、营养障碍、营养性贫血等。（)循环系统疾 病:病毒性心肌炎等。（6)泌尿系统疾病：急性肾 小球肾炎、肾病综合征、血尿、泌尿道感染、遗尿症 等。（7)神经肌肉系统疾病:小儿癫痫、脑性瘫痪、惊厥等。（8 )心理行为障碍性疾病：多发性抽搐 症、注意力缺陷多动障碍等。（9)内分泌疾病：性 早熟。（10)免疫、变态反应、结缔组织病:支气管 哮喘、过敏性鼻炎、过敏性紫癜、湿疹、皮肤黏膜淋 巴结综合征，幼年类风湿病等。（11)感染性疾病： 麻疹、风疹、幼儿急疹、水痘、手足口病、流行性腮腺 炎、流行性感冒、传染性单核细胞增多症、流行性乙 型脑炎等病毒性脑炎、百日咳、急性感染性多神经 根炎等。同时，中医特色疗法，如推拿疗法、针灸疗 法、中药外治疗法等，在儿科疾病治疗中有着广泛 的应用和良好的效果。
从以上中医儿科特色优势病种来看，涵盖了儿 科临床常见的多数疾病。中医儿科不仅在许多儿 科慢性病中具有整体调节、扶正祛邪的特色，而且 在急性疾病，特别是感染性疾病治疗中有很大优 势。中医儿科临床优势突出表现在以下几方面。
一是急性病毒感染性疾病。据世界卫生组织 (WHO)的统计资料显示，近年来，在儿科急性感染 性疾病中，细菌感染性疾病呈下降趋势，病毒感染士主要从事小儿肺系疾病的研究„ 性疾病呈上升趋势。我国近年小儿呼吸系统感染 性疾病临床研究资料表明，小儿急性上呼吸道感染 90 %以上为病毒感染，急性支气管炎75 %为病毒 感染，肺炎中约50 %为病毒感染。近几年造成广 泛关注的公共卫生问题，如传染性非典型肺炎、禽 流感、手足口病、甲型流感珥N等，都属于病毒感 染性疾病。已经有许多的临床研究资料证实，中医 药治疗多种病毒感染性疾病较西药治疗更加有效、 安全。例如:我们承担的“十五”国家科技攻关课 题“小儿肺炎中医证治规律研究”经过四中心、360 例、随机、盲法、对照临床研究，清肺口服液试验组 痊愈显效率89. 62%，利巴韦林对照组痊愈显效率 73. 92 %,试验组疗效显著优于对照组（P< Q 0001)。我们承担的另一项“十五”国家科技攻关 课题“中医药治疗病毒性肺炎疗效评价方法研究” 结果，清开灵注射液联合儿童清肺口服液的中药治 疗方案，与利巴韦林注射液联合复方愈创木酚磺酸 钾口服液的西药治疗方案相比，不仅中药组的终点 (10 d嫉病疗效评价优于西药组，而且多数评价指 标赅嗽、痰壅、发热、恶寒、紫绀、面色、口渴、食欲 食量、舌象、脉率）中药组的起效时间早于西药组。
二是脾系疾病。脾系疾病是儿科临床发病率 仅次于肺系疾病的常见疾病。脾系疾病包括消化 道疾病和营养性疾病。中医药治疗消化道疾病如 泄泻、积滞、厌食、功能性腹痛等，在调整消化道功 能方面有着不可替代的优势。因矿物元素、维生素 等营养物质缺乏所致疾病，如锌缺乏症、营养性缺 铁性贫血、维生素D缺乏性佝偻病、疳证等，不仅 不少中药中含有一定量的矿物元素和维生素等营 养成分，增加了摄入量，更重要的是中药的调脾助 运等作用，促进了机体对各种营养物质的吸收和利 用，降低了不良反应。一批行之有效的中医临床诊 疗操作技术在不断扩大应用，如推拿治疗小儿泄 泻、便秘、腹痛，董氏指压手法治疗婴儿吐乳症技术 等，这些简便有效诊疗技术的临床推广，扩大了中 医特色疗法在中国城市社区、新型农村合作医疗及 世界各国的普遍应用。
其他如中医药调补先后天治疗新生儿疾病，调 整阴阳治疗小儿心理行为障碍性疾病，中西医结合 治疗小儿肾脏病，发时治标、平时治本观点在慢性 复发性疾病中的应用等，都是发扬儿科中医药治疗 优势的例证。
中医儿科优势病种及特色疗法的临床应用，满 足了现代社会对于儿童预防保健的需求，适应了现 代临床疾病谱的变化，顺应了现代人对于医疗安全 性的重视，减少了抗生素、激素等化学药物的滥用， 在各国医疗保健事业中发挥了越来越大的作用。
2 加速学科学术发展是面向未来的主要任务
在历史跨入21世纪之时，我们总结过去，展望 未来，还应当清醒地看到虽然中医儿科学的现 展速度已经超过了历史上任何一个时期，但是，与 西医儿科学和其他自然科学学科的发展速度相比， 则显得相对滞后。我们必须加快学科学术发展速 度，这才是面向未来、能够获得本学科可持续发展 的正确选择。
任何一门学科的学术发展都需要依靠科学研 究，中医儿科学的未来发展也必须依靠本学科科学 研究的开展。中医儿科学科研的领域需要不断扩 大、科研水平需要不断提高，才能推动学科的快速 发展。
建立规范是学科学术发展的基础。所谓规范， 库恩《科学革命结构〉>说：“她包括了一门学科的研 究方法、总体框架以及最基本的概念、理论和定 律。”由于历史的原因，中医儿科学在规范化、标准 化方面所做的工作还很不够。中医儿科学科需要 建立的规范，必须是能符合本学科学术特点和规范 化要求的各种规范。例如:切合中医药学本义的中 医儿科学名词术语规范，有中医药特色的诊断辨证 标准，能反映中医药优势又能得到学术界公认的疗 效评价标准，符合循证医学原则的临床研究规范， 利于中成药开发又符合新药研究原则的制剂工艺 和质量标准等。这些规范的产生，要通过科学研究 来实现。在临床研究和数理统计分析基础上形成 规范，是最佳的研究方法。但是，临床研究成本高、 耗时费力。近年来，在儿科规范化工作中已普遍采 用了文献研究、专家问卷调查等研究方法，特别是 基于德尔菲法的专家问卷调查统计分析的方法，能 集中本学科权威专家的意见，是一种在国际上被广 泛采用的研究方法，在《儿科常见病中医诊疗指 南》的研究中已经取得良好的效果，今后将会在中 医儿科学规范化、标准化工作中有越来越广泛的应 用。作为世界中医药学会联合会的重要任务之一， 要求“制定并与中医药有关的国际行业标 准，，’我们儿科专业委员会今后在这方面将承担起与儿科有关的任务。
中医儿科学基础研究范围广泛。整体观点是 中医学优势之一，要将儿童的孕育成长、保健预防、 病因病机等，放到各个国家、各个民族不同的天时、 地理、环境的大自然整体和脏腑经络、气血津液的 内环境整体中加以认识。对中医儿科基本理论中 的若干问题不要再过多地进行理论论争，要重视通 过科研来认识其科学内涵，辨析正误，吸收其合理 的部分用于指导临床。辨证学研究的重点是辨证 客观化，即如何将通过现代检测方法获得的疾病微 观信息纳入中医儿科学辨证体系以及如何将各种 诊查方法所采集到的“证象”定性定量，从而形成 客观的证候诊断标准。治疗学研究的重点，一是儿 科常用治法的疗效机理研究，二是儿科药物剂型改 革及多种疗法研究，三是有毒中药的毒理及减毒方 法研究 ,四是各种治法的优化组合及其适应病证研 究。要研究出更多疗效可靠、应用方便，适应当今 和未来社会需要的儿科疗法和药剂。
临床研究的范围目前仍将侧重那些中医药有 优势、儿科临床常见的病种。例如流行性感冒、病 毒性肺炎、手足口病等病毒性疾病，哮喘、过敏性紫 癜、肾病综合征等免疫性疾病，腹泻、营养素缺乏 症、肥胖症等脾胃病，多发性抽动症、癫痫、脑性瘫 痪等神经精神疾病，高热、惊风、血症等急症，低出 生体质量儿、新生儿黄疸、新生儿硬肿症等新生儿 疾病等。同时，在有条件的单位，要面向世界需求， 开展中医药治疗儿科现代重点疾病的研究，如儿童 艾滋病、各种新型流感等，争取在其中一些疾病取 得突破。临床研究的重点在提高中医药临床疗效。 要遵循现代流行病学、循证医学和临床科研方法， 进行多中心协作攻关，力争探索出一些新的证治规 律，研制出一批疗效更好、副作用小而使用更为方 便快捷的新药，研究提出中医药治疗的有效、安全、 经济的优化治疗方案并加以推广。临床研究的内 容将深化，如从笼统的一方治一病发展为辨证立 方、异病同治;对难治性疾病或其中某一证型、某一 严重合并症等研制有针对性的方药;研究有效方药 的剂型改革;研究有效方药的主要有效成分、有效 单体并形成体现辨证论治特色的“创新中药”等。
实验研究将会更多地直接引入现代科学技术 方法，为提升中医儿科诊疗水平服务。要装备先进 的仪器设备，逐步研制出儿科常见病的病证结合动 物模型，应用各种先进的研究方法，尤其是细胞、分 子、基因、蛋白的研究方法，从宏观到微观的各个层 次，揭示儿科有效中药及其他疗法的作用机理，为 创新疗法、创新理论的建立奠定基础。
总之，中医儿科学科学研究的重点在临床，目 的在于围绕临床疗效的提高，目标是学科创新性理 论的产生，为中医儿科学事业发展，并最终实现学 科现代化积累条件。
中医儿科学发展的关键在于人才。20世纪下 半叶，中医儿科多层次、多形式人才培养的格局已 经形成。今后，要根据学科发展需要，改进教学方 法，更新教学内容，改善知识结构，提高动手能力， 培养更多的中医儿科专业人才。首先是为数众多 的临床人才拓展中医儿科服务范围，直接为各国儿 童的健康事业服务。同时，必须通过研究生教育和 继续教育，造就一批具有宽广深厚的中医理论基 础、掌握相关现代科学知识和前沿技术、科研能力 强的智能结构型人才，通过他们的创造性思维和捕 捉学科学术发展热点问题的能力，经过规范、先进、 严谨的科学研究，创造出高水平的科研成果，承担 起推进中医儿科学科发展的重任。
在学科人才比较集中的单位和地区，要组织起 一批实力强大的研究团队，团结合作，才能发挥集 体的智慧和力量，在不同的研究领域取得突破。研 究方向的确定，应以儿科临床常见疾病、中医药有 优势的疾病、学科基础较好为原则，逐渐形成在中 医儿科学科专业划分基础上的肺系疾病研究、脾系 疾病研究、心肝疾病研究、肾系疾病研究、传染病研 究、新生儿疾病研究等研究团队，扩大一批重点学 科、重点专科、重点研究室、重点实验室等，不断提 高研究水平，产生有创新意义的研究成果。
[关键词] 标准化建设；临床流行病学；教学效果；研究生教育
[中图分类号] G642 [文献标识码] C [文章编号] 1673-7210（2014）02（c）-0131-03
Preliminary discussion of three-year teaching effect of epidemiology of phD graduates in a military college under the standard mode of education
SAI Xiaoyong1，2 TIAN Ou2 ZHANG Shitao3
1.Institute of Geriatrics， General Hospital of PLA， Beijing 100853， China； 2.Standard Office， General Hospital of PLA， Beijing 100853， China； 3.Medical Department， General Hospital of PLA， Beijing 100853， China
[Abstract] Objective To investigate the teaching effects of etiology of Clinical Epidemiology in grade 2008， 2009， 2010 graduates in General Hospital of PLA （"our hospital" for short） under the background of standardized construction in hospital， in order to provide basis for the construction of future standard teaching system. Methods Before and after the class， the same questionnaire included 10 items were investigated among grade 2008， 2009， 2010 graduates in our hospital. The correct rate was analyzed. Results There were 10 questions include in the questionnaire. Before the class， the correct rates of "relative risk" was lowest in grade 2008， and raised in grade 2009 and 2010； the correct rates of "odds ratio" was lowest in grade 2009， and raised in grade 2010； there were statistically significant differences in the two questions among different grades （P < 0.05）. After the class， the correct rates of "case control study" were descended in three years； the correct rates of "relative risk" were highest in grade 2009 and lowest in grade 2010； the correct rates of "confounding" were ascended in three years； the correct rates of "odds ratio"， "cohort study" were highest in grade 2008 and lowest in grade 2009； the differences were all statistically significant （P < 0.05）. After the class， the total scores in grade 2008 and 2009 were ascended than before the class （P < 0.05）. Compared with grade 2008， scores of grade 2010 significantly reduced before the class （P < 0.05）. After the class， scores were descended year by year in the three grades （P < 0.05）. Conclusion "Confounding"， "relative risk"， "odds ratio" and "causation of disease" are difficult areas in teaching. The teaching innovation needs improvement focus on different teaching difficulty and key content.
[Key words] Standard system； Clinical epidemiology； Teaching effect； Graduate education
总医院（以下简称“我院”）自实施标准化建设以来，各项工作均朝向标准化、规范化和制度化有序进行。为进一步推进标准化教学改革，为教学改革提供历史参考依据，有效构建新型的标准化研究生教学模式，本研究对我院2008、2009、2010级博士生临床流行病学连续3年的病因学大课的授课效果进行了回顾性分析。临床流行病学是预防医学的主干课程，掌握其理论知识和方法是医学生从事科研活动的基本功[1]。它是一门方法学，逻辑性强[2]，因而选择流行病学的病因学大课进行分析。
1 对象与方法
1.1 对象
选择我院2008、2009、2010级连续3年全体修临床流行病学学分的博士研究生为调查对象，共发放调查问卷431份，其中，2008级博士生141人，完成126人，2009级博士生140人，完成135人，2010级博士生150人，完成125人。问卷完整有效者共386份，总有效率为89.6%。
1.2 方法
授课前后采用统一的答卷对调查对象进行调查。内容包括姓名、专业、学号及10道判断题，错误判0分，正确判1分，记录总分。双人核查，对比查错。
10个问题分别为：问题1：病例对照研究属于描述性研究。问题2：RR值又叫暴露比值比，是关联强度指标之一。问题3：病例对照研究属回顾性研究，按暴露与否分为两组。问题4：混杂因素与研究因素和疾病都有关联。问题5：配比因素越多，研究越容易进行。问题6：只要OR值>1，就可认为暴露因素与疾病有关联强度。问题7：病例对照研究回忆偏倚不能避免。问题8：队列研究可确定病因。问题9：队列研究论证强度在流行病学研究设计中最高。问题10：队列研究论按暴露与否分为两组，可计算暴露人年数。
1.3 统计学方法
采用Epi data 3.0进行数据建库，双人核查。采用SPSS 13.0统计学软件进行数据分析，计量资料数据用均数±标准差（x±s）表示，多组间比较采用单因素方差分析，组间两两比较采用LSD-t检验；两组间比较采用t检验；计数资料用率表示，组间比较采用χ2检验，以P < 0.05为差异有统计学意义。
2 结果
2.1 单项分
上课前：问题2正确率以2008级最低（15.1%），2009、2010级较前上升；问题6题3个年级正确率以2009级最低（53.3%），2010级最高（74.4%）；差异有统计学意义（P < 0.05）；其他题目课前正确率基本持平，差异无统计学意义（P > 0.05）。上课后：问题1正确率3个年级分布呈下降趋势（98.4%、91.9%、81.6%）；问题2正确率3个年级中2009级最高（74.8%），2010级最低（40.8%）；问题4题正确率3个年级呈上升趋势（60.3%、77.8%、79.2%），问题6、9正确率3个年级以2008年最高（92.9%、84.1%）、2009年最低（57.0%、57.8%），差异有统计学意义（P < 0.05）。见表1。
2.2 总分
2008、2009级授课前后总分比较，差异有统计学意义（P < 0.05），授课后正确率上升。2010级授课前后总分比较，差异无统计学意义（P > 0.05）。3个年级授课前总分比较，差异有统计学意义（P < 0.05），2010级总分略低。3个年级授课后总分比较，差异有统计学意义（P < 0.05），且呈逐年下降趋势。见表2。
表2 2008～2010级博士研究生病因学研究
授课前后判断题总分比较（分，x±s）
注：与2008级比较，P < 0.05；与2009级比较，*P < 0.05
3 讨论
如何进行教学改革一直以来是医学研究生教育的核心问题，我院自2011年实施标准化建院以来，逐步加强医院研究生教育工作。但如何进行标准化教学改革缺乏依据，国内还没有发现相关研究证据，尚属空白领域。作为临床科研方法学的一门核心课程，临床流行病学在医学研究生科研工作中的地位和作用不断提升，但出现了总课时数少、高质量授课教员少、课程安排欠合理、广大学员想听的课听不到的现象，因而本研究组针对该课程过去3年的授课效果进行了回顾性调查和分析。
调查发现，授课前后，学员问题2、6正确率差异均有统计学意义。在上课前，第2题3个年级正确率均在30%以下，且2008级学员正确率最低（15.1%）；上课后，3个年级正确率均有所上升，但2008级上升至65.9%。第2题主要考查的是“暴露”这一基本概念，可能说明2008级大部分学员在上课前对这个概念缺乏认识，带着疑问去听讲，所以课堂上对此关注程度较高，听课效果较好[3-4]。问题6，2008级学员授课后正确率上升，2009级学员持平，2010级授课后正确率有所下降。第6题错误主要由于考查对象对“OR值”的含义不清，同样也是考查“暴露”这一基本概念。说明这是病因授课的难点。
上课后，问题1考查的是“病例对照研究”的特点。2008级和2009级学员的正确率较高，而2010级学员正确率仅为81.6%，说明其对病因学的基本概念没有掌握。问题4，3个年级正确率在60.3%～79.2%之间，2008级学员此题在授课前后正确率无明显差异，其考查的是“混杂”的概念，说明在授课后2008级学员其基本概念的定义仍不够明确。问题9考查的是“队列研究”这个概念，2009级和2010级近一半学员回答错误，仍是对病因学的基本研究方法没有掌握。
在以往的教学[5]中仅要求学生从已收集整理好的资料中计算各暴露水平的RR、OR值，并简单回答这些指标的含义和意义，然而看来并没有取得良好的教学效果。在今后的授课中，通过重点讲授，应使学生了解其基本概念，并要求学生讨论它们之间的异同点，通过讨论问题，学生能把所学知识与教学内容融为一体，既巩固了所学知识，又突出了教学重点[6]。
标准化教学改革中，应将尝试加入更多实践性内容[7]。学生在教师的指导下，按照相关研究的原理和方法如病例对照研究和队列研究等，利用课堂或课后时间去查阅文献资料，自行设计一个相关的研究方案和技术路线，然后教师实验课堂上进行点评。这样不仅使学生掌握了研究原理、目的、方法和设计要求，还需要学生有较强的自主学习和独立思考能力，在不断对所要结果的选择、否定、选择中设计好自己的研究方案。同时，根据授课效果对教学内容做以调整，增加科研设计与统计分析常见错误的案例分析，提高学生学以致用的能力，达到研究生课程教学的基本目的[8]。
总体上，2008级和2009级学员上课后的问题回答正确率均较上课前明显提高。但2010级上课前后问题回答正确率提高不明显，可能与授课教师强调重点内容不同有关。上课前2010级总分数略低于2008级和2009级，上课后其总分数明显低于其他年级。学员课堂注意力不够集中、课堂气氛不够活跃和课前预习课后复习准备不够充分等原因可能影响了该年级博士生的授课效果。在今后的标准化教学改革过程中，适时课堂提问及随堂小测验有可能是提高学员互动的有效方法。
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微生物基因组测序的开端
对细菌的基因组测序首先要追溯到美国2001年发生9・11袭击之前遭受的邮件寄送炭疽杆菌的生物恐怖袭击。2001年，美国政府进行了一项前所未有的努力，召集研究人员对炭疽杆菌进行全基因组测序，因为一系列邮件寄送的炭疽杆菌已导致了5人死亡，也在美国全境造成了恐慌。
当时，研究人员和美国安全部门认为，要防范生物武器的攻击，就有必要了解作为生物武器的微生物的毒理作用，也因此有必要知道用来作为恐怖攻击武器的炭疽杆菌的全基因组序列。结果，研究人员的测序表明，炭疽杆菌的基因组有520万个碱基对。由美国联邦调查局(FBI)招募的对炭疽杆菌进行基因组测序的专家之一、美国北亚利桑那大学的微生物遗传学家保罗・凯姆认为，解决生物恐怖攻击并不需要花费太多的钱，因为“我们确实比上帝有钱来解决这个问题”。当时，对炭疽杆菌基因组的测序只花费了50万美元。现在只需要不到500美元就能对炭疽杆菌的全基因组进行测序。
现在，基因测序机的测序速度变得更快，体积也更小，也更便宜，已经可以从大的研究中心进入寻常的诊所和小实验室。随着技术手段的改进，凯姆和基因组流行病学家认为，通过对细菌样本的常规测序，科学家可以更快地确定新的病菌流行的源头，也可以知道一种细菌是否耐受抗生素，同时能够调查公共政策或使用特定的药物能够怎样改变微生物进化的过程。
成功的尝试
利用基因组测序在今天防治流行病，尤其是突发性流行病，已经有了成功的尝试。
2010年1月，英国威康信托桑格研究所的研究人员证明，通过对耐甲氧苯青霉素金黄色葡萄球菌(MRSA)基因组的测序和比较，研究人员能够追踪到这种危险病原菌的全球蔓延，并证明这种细菌在20世纪60年代在欧洲出现过，同时也发现这种细菌首先是在泰国的一所医院传播的。
不过，对某些微生物的基因组测序却可以提供一些实时的信息，以帮助临床医生有效地治疗某种流行病或防范生物恐怖袭击。这方面最成功的实例是2011年5月德国出现由肠出血性大肠杆菌(EHEC)引发的溶血性尿毒综合征，这一事件被称为“德国毒黄瓜”事件。德国明斯特大学的达格・哈姆森研究小组请求中国深圳华大基因研究院对德国的肠出血性大肠杆菌进行基因组测序，希望中德两国研究人员联手破解病原体的来源和毒力，从而找到有效的治疗和预防措施。
仅用三天时间，华大基因研究院就在网站上公布了基因组分析结果。该菌株属于血清型0104：H4，与2002年从中非艾滋病患者腹泻标本中分离的肠出血性大肠杆菌EAEC 0104：H4 55989菌株的同源性超过93％。
另外，德国的0104：H4菌株还与2001年在欧洲分离的菌株01-09591有相似性。通过基因序列比较，2011年德国的0104：H4菌株与2001年欧洲菌株01-09591和2002年中非菌株02-55989三株菌株具有7个完全相同的核心基因。因此，2001年的欧洲分离株很有可能是这次爆发菌株的直接祖先。
另一方面，破解了肠出血性大肠杆菌的基因组还需要检测它对哪些药物敏感，才能找到有效的治疗方法。抗生素抗性试验结果表明，经过10年的进化，德国2011年的菌株对至少8种抗生素可能产生耐药性。0104：H4型菌株属于耐药菌，但和超级细菌有很大不同，后者对目前几乎所有的抗生素耐药，但0104：H4型菌株只是携带了较多的、能抵抗不同抗生素的耐药基因。这些情况有效地帮助临床医生筛选治疗药物。
当然，筛选药物和寻找适当的治疗方法并非只是从基因组测序获得信息，临床治疗相似疾病的其他信息也对战胜溶血性尿毒综合征起到了作用。0104：H4型菌株所引发的是一种血栓性微血管病，目前还没有很好的治疗方法，使用抗生素反而会使病菌产生更大的毒性。因此，临床上通常使用洗血疗法清除病人血液中的毒素，但是这一疗法的效果因人而异，而且需要大量血浆。
0104：H4型菌株所引起的疾病正是溶血性尿毒综合征。虽然德国医生控制了溶血性尿毒综合征，但是，从德国和欧洲的临床治疗看，目前还没有特别有针对性的药物来治疗肠出血性大肠杆菌感染的患者，所以研究人员下一步的工作就是尽早研制出直接治疗这种疾病的药物。
另一方面，治疗这种疾病的前提是诊断，通过基因组测序，德国和中国研究人员也开展了针对该大肠杆菌的诊断试剂盒的研发。
探索更好更实用的方法
2011年8月，25名科学家聚会于比利时首都布鲁塞尔，进行了两天的交流，以探讨如何尽最大的努力进行微生物的基因组测序，以及这种测序将会为人类带来多大的益处。这次会议由丹麦技术大学基因组流行病学中心(CGE)的约根・施伦特主持。与会者认为，世界需要一个全球系统以分享和探明微生物的基因组信息。这个系统大约需要5～10年的时间就可以运行，但是也存在一些巨大的障碍。
首先是，需要建立一个过去历史上所有致病微生物的基因组库，以进行对比，但是这是一个非常艰巨和庞大的工作。如果有历史资料和数据库，对于战胜疾病和应对生物恐怖袭击就会起到非常大的帮助。
例如，英国桑格研究所最近建成和完成了一部分细菌基因组资料库，其中包括历史上造成人类肺炎的300种克雷伯氏菌肺炎细菌菌株的资料。这一基因组资料库对帮助人们战胜克雷伯氏菌肺炎发挥了重要作用。
就在德国发生溶血性尿毒综合征之后几周，荷兰鹿特丹一所医院爆发了克雷伯氏菌肺炎。荷兰国家公共卫生研究所的流行病学家哈约・格伦德曼分离了两个细菌样本送到德国明斯特大学的达格・哈姆森实验室进行测序，不到两天时间就出现了结果。哈姆森实验室正是对荷兰的克雷伯氏菌肺炎测序后，再把它与桑格研究所建立的300种克雷伯氏菌肺炎细菌菌株的资料进行对比，发现荷兰这次引发克雷伯氏菌肺炎的细菌菌株是Oxa48，而且几乎对所有抗生素耐药。这让人们非常恐慌。不过好在这种细菌还对一种较老的在今天已很少使用的抗生素――粘菌素敏感，但是，这种药有较大的副作用，对肾有较大的毒性。这个结果有效地指导了荷兰各地的医院对住院的病人进行病原菌检测，从而帮助医生筛查病人，并确诊和使用有效药物。
丹麦技术大学基因组流行病学中心(CGE)主任弗兰克・奥勒斯楚普认为，这是迄今他所知道的微生物基因组测序技术的实时应用，而且具有立竿见影的医学效益。
另一方面，建立全球微生物基因组库和进行微生物的基因组测序还有技术标准的统一与兼容问题。例如，目前海地正在流行霍乱，研究人员搜集了海地病人身上的霍乱弧菌送到美国的几家实验室进行基因组测序，结果证明，传染源来自尼泊尔的联合国维和部队士兵。但是，美国北亚利桑那大学的凯姆也对24种尼泊尔霍乱菌株进行了基因组测序，结果却不能与美国哈佛大学研究组对海地霍乱菌株进行的测序相对比，因为他们使用的是不同的测序机，这也造成了原始资料的不匹配。因此，全球必须尽快建立一致的标准。如果标准不一样，对病原体的比较结果就可能不同，也就不能找到真正的病因和有效的治疗方法。
微生物基因组测序在防治流行病中的最大优点是快速，因此，需要研发更快的测序技术。在德国发生溶血性尿毒综合征后对病原菌测序时，中国研究人员采用了第三代测序仪Ion Torrent，其特点是产生数据速度快。第二代测试仪获得数据大概需要一周左右，但第三代只需要几个小时。正因为如此，华大基因研究院比同样进行基因组测序的德国明斯特大学医院卫生研究所还早半天就测出了0104：H4型菌株的基因组。
不过，基因组流行病学要取得实际效果还必须让临床医护人员参与进来。如果没有临床医护人员的参与，就不可能获得病原体的样本，也不可能对病原体进行基因组测序。例如，尽管研究人员对海地霍乱的菌株进行了基因组测序，但是，提取流行菌株却相当耗时，对尼泊尔士兵携带的霍乱弧菌的采样花费了几个月的时间。这也意味着对临床医护人员培训生物技术相当重要。因此，丹麦技术大学基因组流行病学中心主任奥勒斯楚普等人认为，应当建立一种系统，以便让临床医生能很容易地报告病原菌，包括病原菌的毒力因子、可选用的抗生素和其他相似的分离病原体的方法。这些技术操作应当作为一种指南，即“生物信息学傻瓜书”，提供给临床医护人员。
20世纪40年代末和50年代初，有效的抗结核药物如链霉素、对氨柳酸、氨硫脲、异烟肼等相继问世，开创了结核病治疗的化疗时代。在70年代前，对病人的管理主要采取住院治疗，当时的疗程大多是12～24个月，多数病人无力长期住院治疗，因此疗程后期以及相当一部分因各种原因不能住院治疗的病人不得不在门诊接受治疗，在这种情况下病人对医嘱的依从性较差。基于这种情况，为了提高病人的依从性及便于管理,迫切需要缩短疗程。60年代，利福霉素类药物的问世，及基于对吡嗪酰胺、乙胺丁醇的作用的认识，许多研究者开始进行不同抗结核药物组合以及不同的治疗疗程试验，John Corfton爵士、Wallace Fox博士和其他一些研究者的实验,促使短程化疗的出现，也就是现今世界卫生组织推行的6～8个月的治疗计划，这种有效方案使结核病治疗缩短了一半时间。
21世纪，科学技术的发展为结核病控制带来新的前景，结核病控制将继续受分子生物学发展之惠，在结核病的分子发病机理、分子生物学诊断、易感个体的基因治疗、新型抗结核药物和疫苗的研制、耐药的分子机制等诸多方面都将得益于分子生物学之发展。在进一步加强对已有的科学方法和技术进行推广普及的同时，将充分发挥多学科的综合作用，着重开展应用性研究和有关的基础、临床研究，面对在人类历史上肆虐数千年的结核病，需要公共卫生，临床医学、生物医学、卫生经济学和社会医学等领域的合作和相互促进。在人类消除结核病的漫漫历程中，科技的发展将为下一世纪的结核病控制带来巨大效益。
结核病控制项目实施研究
成果简介：该成果采用显微镜痰涂片检查为主要确诊方法，凡有咳嗽咳痰三周以上及咯血等可疑肺结核症状胸透有异常阴影者，留取即时痰、夜间痰、清晨痰三个标本作痰涂片检查，结合X光胸片定诊。根据各种抗结核药物的药理作用和化疗的生物学机制等化疗基本理论，突破了传统的长程化疗和每日用药的方式，创造性地制订两阶段全程间歇短程化疗方案，并根据药代动力学测定和临床实践验证，所用药物全日量一次服用要比每天分2-3次服用显示更好的高峰血浓度和疗效的新观点。
所处阶段：成熟应用阶段。
意义：该项研究结果，证明项目的技术方法科学、有效，对结核病控制可持续发展有着重要的指导意义和推广应用价值。
耐多药结核病治疗研究
成果简介：该成果是用含第三代氟喹诺酮――司帕沙星（SPLX，SP）联合其他3种以上患者未用过或敏感药物；并以含氧氟沙星（OFLX，O）方案作对照，观察两组的临床疗效、症状改善、痰菌阴转及肺部病灶吸收、空洞闭合等情况。
探讨该方案合理性及其疗程、适宜剂量、不良反应，和在控制MDR-TB的应用前景。该方案治疗MDR-TB疗效好，痰菌阴转率高，药物剂量小，疗程短，不良反应少，远期复发率低，患者依从性强，有利耐多药结核病的防治。
所处阶段：成熟应用阶段。
意义：该成果已取得了一定的社会效益。
小儿结核病基础与临床系列研究
成果简介：该成果通过对小儿结核病的临床特点的研究，总结出小儿结核病可有五种表现形式，特别是提出的小儿结核杆菌L型特点，减少误诊误治率。检测小儿血和CSFLAM抗体，特别是脑脊液LAM检测，对小儿结核性脑膜炎的诊断有较高的敏感性和特异性，配合头颅CT、CST动态观察，解决了小儿结核性脑膜炎早期诊断问题。发现卡介苗接种配用腺苷可提高巨噬细胞抗结核杆菌效能，为小儿结核病的防治提供新思路。
所处阶段：成熟应用阶段。
结核病治疗性疫苗实验研究
产品简介：该产品应用于人群及动物结核病的预防、诊断和治疗；该项目拟建立小鼠结核杆菌感染模型，构建编码结核杆菌分泌性蛋白Ag85B等抗原的DNA疫苗；通过观察正常动物、感染动物体内产生针对结核菌抗原的特异性细胞免疫及病理改变、器官荷菌量等指标，确定该疫苗的保护作用和治疗作用。
所处阶段：中期阶段。
抗结核病新药异福酰胺胶囊
产品简介：该制剂具有较强的抗结核作用，可克服单一抗结核药物易产生耐药性的缺点，代替单方制剂联合用药，方便患者服用。同时，该药胶囊以原粉直接填充，可长期保持晶型不变，保证良好的生物利用度，确保疗效。
所处阶段：成熟应用阶段。
结核病控制项目社会经济学评价
成果简介：该成果进行卫生经济学评价，比较初、复治病人成本效益比，应用伤残生命调整年（DALY）方法，疾病经济负担分析，边际投入分析。管理学评价发现病人发现率是影响结核病疫情控制的主要因素。世行项目综合效应优于其他项目。世行项目的诊断延误低于其他地区。
所处阶段：成熟应用阶段。
中药抗痨散在结核病治疗中应用研究
成果简介：该课题旨在观察抗痨散治疗肺结核的临床疗效，并探讨其作用机制。自拟抗痨散以补益脾肺，扶正杀虫。在同一条件下，用抗痨散配合化疗(实验组)与安慰剂配合化疗(对照组)分别治疗肺结核60例，观察并比较二组的临床疗效。实验研究表明，抗痨散可显著提高激素免疫抑制小鼠的SRBC-DTH值，明显减轻CTX所致小鼠脾器官充血水肿，降低Spleen index，抑菌实验表明有一定的直接抑制结核菌作用。
所处阶段：中期阶段。
意义：该成果说明抗痨散配合化疗治疗肺结核具有显著临床效果，其作用机制与提高机体免疫功能、对抗化疗药物的组织损害、改善微循环和直接抑菌作用有关。
结核分枝杆菌分子流行病学研究
成果简介：该研究从采用IS6110 RFLP的方法构建结核分枝杆菌标准DNA指纹图谱，Gel Compar 4.1软件聚类分析这些指纹图谱；到采用间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）和分枝杆菌散在重复单位（MIRU）分型的方法分析结核分枝杆菌的遗传学特性，共完成近1000株结核分枝杆菌的基因分型工作。另外还分析了一个结核分枝杆菌家族-北京家族（Beijing family），也称北京基因型（Beijing Genotype），发现该基因型菌株在我国目前的流行程度平均为53.5%（236/441），各区流行程度不同。同时提出了基因分型的策略。
所处阶段：中期阶段。
结核病分子诊断新技术研究
技术简介：该技术针对在分枝杆菌分子菌种鉴定方法、结核抗体联合检测、结核菌分子药敏试验方法、分枝杆菌菌株库和基因库的建立等方面进行研究。在国内外首先采用PCR-RFLP方法快速分析embB 306位密码子特定位点的突变；采用PCR-RFLP方法分析rpsL 43位密码子特定位点的突变；采用PCR-RFLP和巢氏PCR-RFLP技术直接检测结核病临床标本中SM和EMB耐药性；发现了7种未见报道的新的突变位点。
所处阶段：成熟应用阶段。
意义：该成果具有明显的社会效益。
HIV/AIDS患者合并结核病预防和临床研究
成果简介：该课题为国内外首次对HIV/AIDS合并结核病患者进行系统的、较综合性的预防及临床治疗研究；为国内外首次对HIV/AIDS患者进行异烟肼预防结核治疗，并取得可喜结果。较早提出当CD4
所处阶段：中期阶段。
意义：该成果达到国内领先水平。
利福喷丁对结核病预防治疗研究
成果简介：研究选择利福喷丁并混用其他抗结核药物，对其疗效及不良反应进行了观察，了解结核病高危人群接受含利福喷丁方案的预防性治疗情况，进而筛选最好的结核病高危人群预防性治疗方案。国际防痨联合会报道单独使用异烟肼6～12个月方案预防性治疗结核病的坚持用药率为30%～70%。由于利福喷丁的长效作用，可以减少服药次数、缩短服药时间，提高患者的依从性。
经研究发现含利福喷丁方案可接受率为83.9%，药物不良反应发生率7.2%，活动性肺结核2年累积发病率为2.97‰，较未服药组发病率明显为低，可使结核菌素强阳性患者减少发病85.93%。其中单服利福喷丁是最优的结核病高危人群预防性治疗方案。
所处阶段：中期阶段。
肺结核患者原始耐药监测报告
成果简介：该研究为了解长春市肺结核患者的原始耐药情况，以便对该地区结核病控制工作的评价和今后制定合理的化疗方案提供参考依据，该次采用随机抽样耐药物监测报告方法，包括总原始耐药率、耐1、耐2、耐3、耐4药物总耐药的监测，同时与临近省市（沈阳），疫情较重省市（河南）及全国结核病抽样流调报告结果相比较，且进行长春市肺结核患者原始耐药疫情分析。
所处阶段：中期阶段。
意义：该项监测为长春市或长春地区乃至吉林省防治治病科的防治对策，指导临床用药提供理论依据。该项在结核病学科属应用性研究，学术价值高，对结核流行病学及临床等方面有重要意义。
结核分枝杆菌与非结核分枝杆菌快速分子鉴定研究
成果简介：该课题旨在建立一种快速、敏感、准确的分枝杆菌属菌种新型鉴定方案，用于结核病病原学诊断与鉴别诊断，指导结核病防治。建立了分枝杆菌快速（仅为3天）、简便、准确的分子鉴定方案；首次报道痰标本简化法处理后直接以探针杂交化学发光检测，解决了探针杂交检测临床标本敏感性低的难题；首次报道用PCR－RFLP技术对常规方法种间难区分的结核分枝杆菌、鸟一胞内分枝杆菌、偶然一龟分枝杆菌等3个复合群在基因型上鉴定至种水平，并提出了各菌种有其独特基因型的新见解；首次获得脓肿分枝杆菌标准株和临床分离组IGS序列；从术后暴发感染中分离的两株脓肿分枝杆菌被选为国家标准株。
所处阶段：中期阶段。
意义：该成果填补了国内无脓肿分枝杆菌代表株的空白。
新发涂阳肺结核化疗方案及开展DCTS研究
成果简介：该课题组对济南市四个县结防机构登记的337例新发涂阳肺结核病人给予6个月不住院间歇化疗，并实施全程监督管理。通过病人强化期、疗种结束量痰菌阴转率、药物副反应率，病人随访2年痰菌复发率，分析化疗方案治疗效果。进行DOTS实施性分析研究，总结DOTS取得成效，找出了存在化疗方案效果。
所处阶段：中期阶段。
意义：该研究为济南制定结核病控制规划、政策提供科学依据，为济南今后更好地推行DOTS打下坚实基础。
快速检测结核分枝杆菌rPoB基因突变研究
成果简介：该课题组采用聚合酶链反应一单链构象多态性分析技术检测痰标本中结核分枝杆菌rpoB基因突变，以结核分枝杆菌H37RV为对照菌株，50例耐RFP（单耐和多耐）结核分枝杆菌临床分离株，12例RFP敏感菌株，35例耐RFP肺结核患者痰标本结果为：50例耐RFP菌株中有45例PCR-SSCP条带与结核分枝杆菌H37RV条带有明显差别，与药敏试验结果对比PCR-SSCP检测敏感性为90%，特异性为100%，12例敏感菌株H37RV条带一致，35份肺结核病人痰标本，21份痰PCR为80%。
所处阶段：初期阶段。
传染性肺结核流行趋势研究
成果简介：该项目调查全市肺结核患病率、涂阳肺结核患病率、传染性肺结核患病率、痰涂阳患病率、痰涂阳培阳患病率；不同人群及不同地区的结核病流行特征；结核菌素试验；流行趋势研究疫情控制方法。结果显示，我市患病率172.21/10万，涂阳患病率41.89/10万，估算有6165人肺结核病人和1999例涂阳肺结核病人，15个流调点中只有4个点没有病人，即全市99%以上村或相近1500人的城市居民点皆有活动性肺结核病人，80%以上农村有传染病人。各县（市）区患病率和涂阳患病率差别很大。
所处阶段：中期阶段。
结核患者全程督导化疗微机管理研究
产品简介：该课题旨在研究对结核病人全程督导化疗实行微机管理在结核病临床和防治工作中的价值。它的技术关键在于所开发的微机管理软件，运用微机独特的存储、统计数据，进行大样本资料处理的功能，重点研究开发具有特定程序的结核病人全程督导化疗管理微机软件，将所设计的结核病人全程督导化疗的管理更加规范、合理、简便、高小，利于DOTS策略的实施，最终达到提高治疗率、减少复治病例、减少传染源、减少结核病发病率的目的。达
所处阶段：成熟应用阶段。
意义：该产品达到国内先进水平。
儿童结核性脑膜炎CT影像临床研究
成果简介：该项研究儿童结核性脑膜炎中期CT影像特点以渗出性病变为主，而晚期以脑积水为主。主要病变为渗出性病变、阻塞性脑积水、结核球，其次是脑萎缩，脑血管炎及脑梗塞，硬膜下积液及钙化。该组中年龄小的中重度脑积水患儿随着病程进展逐渐加重预后较差。说明结脑所致脑积水的程度与病程成正比，与年龄相反。该组死亡8例，均死于脑积水并发脑疝。CT平扫有时较难确认脑实质内早期结核性粟粒或结核瘤。
所处阶段：成熟应用阶段。
意义：该组11例儿童结脑中晚期和慢性期CT见基底，结核瘤内及病变累及的脑膜处出现斑点状、串珠状及线条状钙化，此征象是辅助诊断结脑较好佐证。
结核分枝杆菌T细胞表位疫苗研究
