作者:袁茂; 江明锋; 徐亚欧; 林亚秋; 蒋小松; 杨朝武; 余春林; 李志雄 期刊:《畜牧兽医学报》 2019年第12期
旨在从转录组和miRNA角度探讨藏鸡肌肉发育的调控机制,了解藏鸡肌肉发育的特殊性。本研究对120和150日龄藏鸡的肌肉组织进行转录组和small RNA测序,筛选出两个日龄阶段差异表达的基因和miRNA,并利用qRT-PCR技术对测序结果进行验证。结果,共筛选出1691个差异表达基因,其中上调基因330个,下调基因1361个。差异表达miRNA共有22个,其中9个上调,13个下调。随机选择的5个基因和miRNAs的qPCR验证结果表明表达趋势与测序结果一致。GO富集分...
作者:李军; 李白; 李斌; 陆其华 期刊:《分子植物育种》 2020年第01期
为开发槜李EST-SSR标记,本研究利用MISA软件筛选了槜李花转录组测序获得的35584条Unigenes,对其SSR信息进行分析后,利用Primer Premier 3.0软件设计EST-SSR引物,并随机选取40对SSR引物对12个李品种进行EST-SSR引物筛选及多态性分析。结果发现,在槜李花转录组中共搜索到个10791个SSR位点,分布于8433条Unigenes,SSR发生频率为23.70%,平均每3.71 kb含有1个SSR;SSR重复基元中二核苷酸重复出现频率最高,占总SSR数量的52.98%,其次为三核...
作者:杜斌; 刘学贤; 郭湘; 薛骥轩; 范瑞文 期刊:《山西农业科学》 2020年第02期
miR-146a在一些癌症生理学过程如肺癌、肝癌、黑色素瘤中具有重要的调节作用。为了揭示miR-146a在羊驼黑色素细胞中的生物学功能,利用RNA-Seq的高通量测序技术从基因组转录水平解析miR-146a可能的分子作用机制,经Illumina sequencing平台测序并进行生物信息学分析。结果表明,miR-146a转染组和对照组羊驼黑色素细胞的转录表达谱,各样品纯数据均达到6.34 Gb,Q30碱基百分比在87.44%以上;组装后共获得161 666条序列,其中长度在1 kb的序...
作者:谢德金; 叶友杰; 杨德明; 杨柯; 周成城; 陈凌艳; 荣俊冬; 郑郁善 期刊:《药学学报》 2020年第01期
为了挖掘参与巴戟天生长发育及次生代谢产物合成的MYB转录因子,本研究基于巴戟天根茎叶的转录组数据,筛选并鉴定巴戟天的R2R3-MYB转录因子,为以后通过遗传改良的手段调控巴戟天的代谢机制提供理论基础。根据巴戟天根茎叶的转录组数据,利用PFAM和plantTFDB等5个数据库,对预测的巴戟天R2R3-MYB转录因子进行鉴定, GO功能注释和分类、保守结构域分析、进化树比对分析和组织特异性表达差异分析。基于巴戟天的转录组数据共鉴定109个MYB转...
作者:孟淑君; 张雪海; 王琪月; 张稳; 黄力; 丁冬; 汤继华 期刊:《中国农业科学》 2020年第04期
中国科学院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组、中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组与中国科学院广州生物医药与健康研究院/广州再生医学与健康广东省实验室彭广敦课题组合作,构建了小鼠早期胚胎发育过程中全胚层谱系发生的时空转录组图谱。
作者:张红岩; 杨涛; 刘荣; 晋芳; 张力科; 于海天; 胡锦国; 杨峰; 王栋; 何玉华; 宗绪晓 期刊:《作物学报》 2020年第03期
利用基于窄叶羽扇豆转录组开发并筛选出的95对多态性EST-SSR标记,对羽扇豆属的22个种133份资源进行全基因组扫描,初步探究羽扇豆属下种间的进化关系,分析来源于“旧世界”羽扇豆种间的遗传多样性,为羽扇豆优异资源的挖掘和创新利用提供理论依据。结果表明,用95对SSR标记共检测出1318个等位变异,每对标记平均检测出3~37个等位变异,平均为13.87个;多态性信息量(PIC)变化范围0.39~0.91,平均为0.75;基因多样性变化范围0.41~0.92,平均为...
作者:李茜; 李妍; 高艳霞; 孙东晓; 李建国 期刊:《中国兽医学报》 2019年第12期
作者:冷菲; 李巍 期刊:《首都医科大学学报》 2019年第06期
目的对肺癌亚型肺鳞状细胞癌(肺鳞癌)和肺腺癌进行预测并找出分子标记。方法通过研究两种不同癌症亚型中mRNA表达量,选取有差异有统计学意义的mRNA,利用极限梯度增强(extreme gradient boosting,XGBoost)算法构建模型,预测亚型分类,并比较其与逻辑回归分类模型和支持向量机分类模型的预测性能。结果基于XBGoost模型的预测准确率为96.55%,曲线下面积为99.04%,优于逻辑回归分类模型和支持向量机分类模型。同时,找到11个基因作为两种...
作者:曾爽; 刘宣歌; 王鹏飞; 胥鹏; 曾雷; 周磊; 唐琴冬; 陈挚; 李桂峰 期刊:《中国水产科学》 2020年第01期
翘嘴鳜(Sinipercachuatsi)是中国重要的经济水产养殖品种,对翘嘴鳜基因表达模式进行研究有助于筛选优势个体,培育生长特性优良的品种。为了解体重明显差异翘嘴鳜个体的差异基因表达信息,为翘嘴鳜培育提供基因指导,本研究从同一家系中挑选体重明显差异的3月龄翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)个体进行肌肉转录组测序,研究不同体型个体间基因表达模式差异。结果显示,来自同一家系的翘嘴鳜个体在相同养殖条件下仍出现明显体重差异,养殖3个月...
作者:姚俊修; 李善文; 任飞; 李庆华; 刘学良; 吴德军; 燕丽萍 期刊:《中南林业科技大学学报》 2019年第12期
转录组SSR引物的开发为接骨木遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供丰富的遗传标记。以一株成年西洋接骨木的果实为实验材料,提取RNA后,采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得西洋接骨木转录组数据,共得到西洋接骨木转录组的257975条Unigene,检测到64148个SSR位点,分布于51336条Unigene,SSR位点出现频率为24.87%(SSR位点数与总的Unigene数的比值),其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的51.13%。其次是二、三核苷酸...
作者:许佳丹; 王书平; 蒋费涛; 朱雅君; 叶军; 李飞 期刊:《生物安全学报》 2019年第04期
【目的】瓜实蝇是世界性检疫害虫,被列入我国口岸常年监测计划中。本研究以检疫性有害生物瓜实蝇为研究对象,利用不同地理种群瓜实蝇的转录组发现特异性的微卫星(simple sequence repeats,SSR)序列,分析我国口岸监测的瓜实蝇样本的遗传多样性。【方法】利用生物信息学方法,对4个不同地理来源的瓜实蝇转录组进行分析,发现了特异性的SSR序列,并设计特异性引物,选用我国11个省市的49个瓜实蝇监测样本进行测试及验证,使用NTsys和Popgen...
作者:张晴晴; 王正; 刘玉洁; 张雪洪; 黄显清 期刊:《基因组学与应用生物学》 2019年第10期
转录后调控子Crc蛋白(Catabolite repression control protein)在防御假单胞菌(Pseudomonas protegens)H78中发挥着重要的代谢调控作用。运用RNA-seq(RNA sequencing)技术,针对H78野生型和H78Δcrc突变株开展比较转录组学研究,利用COG(Clusters of orthologous groups of proteins)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库对受到Crc调控的基因进行功能分类。转录组结果显示:Crc突变导致218个基因的转录子水平发生两...
作者:周阳; 李本旺; 林强; 付小哲; 李敏; 梁红茹; 刘礼辉; 卢伟华; 李宁求 期刊:《基因组学与应用生物学》 2019年第10期
为阐明云斑尖塘鳢对病毒灭活疫苗的免疫应答机制,本研究采用RNA-sequencing技术结合生物信息学方法分析了传染性脾肾坏死病毒、鳜弹状病毒二联灭活疫苗接种云斑尖塘鳢后脾脏转录谱。分别构建疫苗接种后7 d、14 d脾脏cDNA文库并对其进行高通量测序,共获得85547条Unigenes,其中32386条Unigenes被注释;共筛选得到13593个差异表达基因,其中免疫后7 d上调基因1291个、下调基因2030个,14 d上调基因3732个、下调基因6540个。GO功能注释显...
作者:姚汶励; 姜鹏; 白俊杰; 马冬梅 期刊:《基因组学与应用生物学》 2019年第09期
作者:宋姣敏; 徐小萍; 陈裕坤; 陈桂信; 赖钟雄 期刊:《热带作物学报》 2019年第10期
为研究水仙响应高温胁迫过程中相关基因的表达及响应热应激的分子机制,本研究以漳州水仙花为材料,使用BGISEQ-500测序技术,对高温(30、35℃)处理及正常生长条件(15℃)的水仙叶片进行转录组学的测序分析。使用Trinity软件对15(对照)、30、35℃(高温胁迫)处理24 h的水仙叶片测序数据进行从头组装,利用BLAST软件进行基因比对注释,通过DEGseq和PossionDis检测差异表达基因,并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。结果表明:本次水仙花...
作者:吴贤锋; 李文杨; 刘远; 张莹; 黄勤楼 期刊:《中国畜牧兽医》 2019年第11期
试验旨在从分子遗传学角度探讨戴云山羊夏季维持较高繁殖力的遗传机制,从中发掘有用的遗传变异信息。利用转录组测序方法对福清山羊和戴云山羊夏季发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用基因本体(gene ontology,GO)、蛋白相邻类的聚簇(cluster of orthologous groups of proteins,COG)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库对筛...
作者:张旭; 周毅; 罗永巨; 张婧怡; 肖俊; 郭忠宝; 钟欢; 唐瞻杨 期刊:《西南农业学报》 2019年第11期
【目的】发掘尼罗罗非鱼响应光周期变化的重要功能基因,为研究光周期变化对罗非鱼产生影响的分子机制提供参考。【方法】采用新一代高通量测序RNA-seq技术分析24L∶0D、12L∶12D和0L∶24D 3个光周期条件下尼罗罗非鱼脑组织基因表达变化情况。【结果】转录组测序结果显示:3个组别分别产生55524504、61410946和58855762个Clean reads。12L∶12D光周期与0L∶24D光周期文库比较发现279个差异表达基因,12L∶12D光周期与24L∶0D光周期文...
作者:陈天翔; 徐严; 王文磊; 徐燕; 纪德华; 许凯; 陈昌生; 谢潮添 期刊:《集美大学学报·自然科学版》 2019年第05期
坛紫菜(Pyropia haitanensis)具有极强的耐高盐胁迫能力,但其耐盐机理尚不明确。检测了不同高盐(100、110)胁迫处理不同时间(0,4,8,24 h)时坛紫菜Z-61藻体的最大光化学效率( F v/ F m)和净光合作用,并选取高盐胁迫4 h后的藻体提取RNA,采用第二代高通量测序技术分析正常盐度(对照组,30)与高盐胁迫处理的坛紫菜叶状体转录组数据,探究坛紫菜响应高盐胁迫过程中的光合生理机制。结果发现:盐度100对坛紫菜藻体 F v/ F m无显著影响;而盐...
作者:谢博洋; 曹喜兵; 张雯宇; 范国强 期刊:《河南农业大学学报》 2019年第06期
为深入了解豫杂一号泡桐响应干旱胁迫的分子机制,以豫杂一号泡桐为材料,利用RNA-Seq测序技术对干旱胁迫后的豫杂一号泡桐的基因表达变化进行分析。通过比对分析,共鉴定出21911个差异表达基因,对这些差异基因进行GO功能分类,结果显示差异基因共参与了53个类别,集中在细胞、细胞过程、催化等功能类别。KEGG代谢通路分析结果显示,差异表达基因主要参与了“代谢通路”“次生代谢物生物合成”“光合作用”和“苯丙基生物合成”。其中,水...