作者:郑辉; 邓楷煜; 陈安琪; 付绍兵; 周德; 王威威; 倪典墨; 任瑶瑶; 周嘉裕; 廖海 期刊:《药学学报》 2019年第12期
基于ITS2与psbA-trnH条形码序列,对川贝母及其近缘种开展分子生物学鉴定与亲缘关系研究。本文在采用《中国药典》规定的PCR-RFLP鉴定方法对川贝母及其近缘种的鉴定基础上,扩增所有样品的ITS2及psbA-trnH条形码序列,对其遗传距离进行分析,构建进化树,评价ITS2及psbA-trnH条形码的鉴定效果,探讨样品的亲缘关系。结果显示,PCR-RFLP方法仅能将样品分为非酶切组(包括平贝母、浙贝母及伊犁贝母)与酶切组(包括浓蜜贝母、中华贝母、康定贝...
作者:杨珺; 樊丛照; 李晓瑾; 郭云香 期刊:《生物资源》 2017年第01期
从分子学角度探明维吾尔药材红豆杉的植物基原,为维吾尔药材标准化与维吾尔药产业化提供科学依据。采用试剂盒法提取红豆杉属植物及药材基因组DNA,PCR扩增ITS2片段,双向测序,应用Mega6.0软件分析序列,计算种内及种间遗传距离,构建NJ鉴别树。红豆杉属植物ITS2序列长度为229~231bp,GC含量为59.13%~60.26%;西藏红豆杉与红豆杉及南方红豆杉种内种间K2P距离为0,与东北红豆杉、命叶红豆杉及曼地亚红豆杉种问K2P距离分别...
作者:韦乐华; 王思怡; 敖智广; 豆荣昆; 向飞丹州; 茆灿泉 期刊:《华西药学》 2019年第05期
目的对紫芸解毒止痛酊(ZYD)中的关键药材红花进行DNA条形码和HPLC化学质量控制,并探究羟基红花黄色素A(HSYA)在促骨髓间充质干细胞(BMSCs)细胞增殖中的作用。方法采用ITS2 DNA条形码技术鉴定中药材红花并分析其与近缘物种的序列差异;HPLC法测定5个批次的ZYD中HSYA的含量;CCK-8法测定BMSCs的细胞相对增殖率。结果 ZYD中红花的ITS2序列与NCBI数据库结果一致,系统进化树构建后发现其与近缘物种各自聚类成分支;5个批次的HSYA含量分别为...
作者:姜宇珺; 张北雪; 马善鹏; 孙建之; 才谦 期刊:《中国实验方剂学》 2019年第23期
目的:应用内部转录间隔区2(ITS2)序列鉴定东北产栽培和野生苍术及其近缘种药材,明确其种间遗传关系远近,并对东北产朝鲜苍术的栽培起源进行初步探索。方法:提取不同栽培区包括北苍术、朝鲜苍术在内的五种苍术属40份样本以及朝鲜苍术7份野生种质样本的基因组DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增ITS2序列并进行双向测序,所得所有序列用MEGA5. 0软件进行比对分析(clustal W),去除两端5. 8S和28S序列,获得完整的ITS2序列,构建系统聚类树(N...
作者:马丽杰; 吴云; 谷巍; 田荣; 周晨; 王帆 期刊:《中草药》 2019年第23期
目的应用ITS2条形码鉴定东北透骨草及其混伪品,为东北透骨草药材鉴定提供新方法。方法提取35份东北透骨草及其混伪品的基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,测序结果提交至GenBank;从GenBank下载13种东北透骨草及其混伪品ITS2序列42条;对提交与下载的77条序列,应用MEGA7.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离,构建Neighber-jioning(NJ)系统进化树,并预测ITS2二级结构。结果东北透骨草3种基原的种内最大K2P遗传距离均...
作者:成树森; 王武静; 陈超志; 段元静; 任玲; 王秋红; 李书渊 期刊:《广东药科大学学报》 2017年第06期
目的选取ITS2序列对广陈皮基原植物及药材进行鉴定,为DNA条形码技术应用于广陈皮药材的鉴定研究提供理论依据。方法提取样品DNA,利用PCR技术对样品进行核基因ITS2片段扩增并双向测序。所得序列经Codon Code Aligner拼接后,用MEGA6.0软件进行数据分析;计算种内、种间Kimura-2-Parameter(K2P)遗传距离并采用邻接法构建NJ系统树。结果广陈皮种内最大K2P遗传距离远小于种间最小K2P遗传距离;由构建的系统聚类树可以看出,广陈皮基原植...
作者:李晓娟; 杨毅梅 期刊:《大理大学学报》 2008年第04期
目的:介绍核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列的结构特征和在寄生虫学研究应用中的最新研究进展。方法:检索有关文献进行综合分析。结果:rDNA ITS1和ITS2序列为寄生虫的鉴定提供了非常有价值的遗传标记。结论:核糖体DNA上的ITS域序列的进化速度较其它区域快,具有高变异性,可以从中获得大量的遗传信息,已成为在种和亚种水平上对寄生虫进行分类鉴定的有效手段。
作者:罗丹丹; 方海兰; 李杨; 段宝忠 期刊:《大理大学学报》 2018年第02期
目的:对市售防风药材进行调查,为药品检验和市场监督提供参考。方法:采用DNA条形码技术,通过序列比对、变异位点分析、遗传距离计算和邻接树构建,对市售防风药材进行鉴定。结果:当前市售防风药材来源混杂,包括防风、竹叶防风、杏叶防风、华山前胡、白花前胡等5种。结论:DNA条形码技术可用于市场防风药材的鉴定,是市场调查和监管的有力手段。
作者:郑梦迪; 张彦; 张寒; 汪兴军; 申旭霁; 刘欢欢 期刊:《时珍国医国药》 2019年第06期
目的 利用DNA条形码技术对活血丹属药用植物进行分子鉴定。方法 提取植物总DNA,对活血丹植物样本的ITS2序列进行PCR扩增和测序。从GenBank中下载了活血丹及其他同属植物的ITS2序列。所有序列经Codon Code Aligner软件拼接,Seqman软件比对分析,并采用MEGA 7计算相关数据,基于K2P模型构建NJ聚类树。结果 在NJ聚类树上活血丹属4个品种分别聚为独立分支,表现出单系性。活血丹属与同科异属品种(外类群)聚为不同的支。结论 ITS2序列作为D...
作者:欧辉鸿; 李斯璐; 陈奇聪; 林好; 刘泓; 刘镛 期刊:《时珍国医国药》 2016年第12期
目的 利用ITS2序列对紫苏子及其混伪品进行快速、有效地鉴定,以确保药品质量和临床用药安全。方法 以紫苏子及其常见混伪品为研究对象,从GenBank中下载紫苏子及其混伪品的ITS2序列,利用软件MEGA6.06对ITS2序列的长度、GC含量等分析比对,基于K2P模型计算遗传距离,应用Schultz等建立的ITS2数据库及其网站预测其ITS2二级结构,通过中药材DNA条形码鉴定系统和构建邻接树(NJ树)法对紫苏子及其混伪品进行鉴定。结果 紫苏子及其混伪品ITS...
作者:王福; 闫珂巍; 潘欢欢; 陈鸿平; 陈林; 刘友平 期刊:《时珍国医国药》 2015年第08期
目的利用DNA条形码二级结构鉴定方法,快速、准确的鉴别花椒及其混伪品。方法采用改良的DNA试剂盒提取花椒及其混伪品基因组DNA,对ITS2序列扩增和测序。用Neighbor-joining(NJ)系统聚类结果与ITS2序列二级结构相比对的方法进行鉴别分析。结果花椒、竹叶花椒与野花椒分别有2种类型ITS2二级结构,青椒有1种类型ITS2二级结构;中药花椒二基源物种与竹叶花椒、野花椒的二级结构不同,可明显区分。结论 ITS2序列二级结构作为DNA条形码辅助...
作者:邬兰; 刘义梅; 熊永兴; 陈士林; 陈科力 期刊:《时珍国医国药》 2013年第12期
目的 对中药材车前草及其混伪品进行ITS2条形码鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效.方法 对车前草样品进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,经过序列拼接,构建其系统进化树并分析各物种间ITS2序列二级结构的差异.结果 由所构建的系统聚类树可以看出,ITS2序列可以将车前草的两个来源车前Plantago asiatica L.或平车前Plantago depressa Willd.互相区分开,并与伪品青天葵Nervilia fordii (Hanee) Schltr.及其同属其它近缘种区分开;IT...
作者:史楠冰; 赵文; 刘卫东; 魏杰; 安浩; 季世琛 期刊:《生物学》 2018年第06期
利用PCR反应扩增出西藏拟溞Daphniopsis tibetana核糖体18S和转录间隔区II(ITS2)片段,经克隆测序后获得其序列,在此基础上研究西藏拟溞分类进化地位。西藏拟溞18SrDNA序列长2296bp,A、T(U)、G、C含量分别为21.2%、24.4%、29.8%和24.6%;ITS2序列长度平均为1229bp,A、T(U)、G、C含量平均为28.3%、23.5%、25.5%及22.7%。采用最大似然法(ML)构建的18SrDNA系统进化树显示,西藏拟溞D.tibetana和方角拟溞D.quadrangula亲缘关系最近,在进化...
作者:刘涛; 漆一鸣 期刊:《寄生虫与医学昆虫学报》 2012年第03期
本文首次测定和分析缓慢细蚤Leptopsylla segnis(Schonherr,1811)和距细蚤Leptopsylla lauta (Rothschild,1913)的rDNA—ITS2序列,为蚤的分类和系统发育研究提供有意义的基础资料。通过聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)扩增缓慢细蚤L.segnis和距细蚤L.lauta各3个个体的rDNA.ITS2序列,并对扩增产物进行PCR直接测序和分析。结果显示,缓慢细蚤和距细蚤的rDNA.ITS2序列的长度均为309bp;缓慢细蚤序列的CG...
作者:张艳艳; 刘继荣; 薄新文; 王开胜; 王光雷 期刊:《寄生虫与医学昆虫学报》 2012年第04期
对采自新疆准噶尔盆地的亚洲璃眼蜱指名亚种、亚东璃眼蜱、残缘璃眼蜱和盾糙璃眼蜱进行总DNA提取,PCR扩增和测序,并从GenBank中下载的6种硬蜱ITS2序列,应用软件分析ITS2片段长度、变异位点、G+C含量和进化关系。结果显示,亚洲璃眼蜱指名亚种和亚东璃眼蜱的ITS2序列长度均为1458bp,全序列存在3个变异位点(A、G转换)和2个碱基缺失\插入,同源性达99%,残缘璃眼蜱和盾糙璃眼蜱的ITS2全长均为1561bp,存在12个变异位点,同源...
作者:伍桐; 诸德源; 王一然; 马雅军 期刊:《寄生虫与医学昆虫学报》 2014年第01期
为评价核糖体DNA第2内转录间隔区( rDNA-ITS2)序列作为中国按蚊属塞蚊亚属蚊种鉴别的分子特征。笔者整理和分析了数据库中注册的所有中国记录的塞蚊亚属蚊种的rDNA-ITS2序列,并应用MEGA软件计算其在种内和种间的差异性( p距离)。截止2013年7月, GenBank中已注册ITS2序列共442条,隶属塞蚊亚属蚊27种。计算结果显示, ITS2序列在大多数种内的变异性小于1%;而注册的浅色按蚊、乌头按蚊和溪流按蚊的序列种内差异较大,无法确...
作者:王崇财; 陈敏; 杨美琼; 潘林奇; 云小云; 黄恩炯 期刊:《寄生虫与医学昆虫学报》 2018年第02期
以海南、 福建等省常见库蠓为研究对象,构建基于ITS的吸血库蠓成虫分子鉴定体系.共24种库蠓的72条序列用于比较分析、 遗传距离和系统发育分析显示:24种库蠓的种间遗传距离为0.05~0.39,平均遗传距离0.25;种内遗传距离为0~0.13,平均遗传距离0.07.种间遗传距离为种内遗传距离的3.57倍,表明ITS基因具有较大的种间甚至种内变异性,是理想的靶标基因,可作为库蠓种类鉴定的分子标记.
作者:张晓瑞; 张福生; 廖登群; 孙鹏; 祁建军; 李先恩 期刊:《山西医科大学学报》 2018年第07期
目的研究不同产地重楼遗传序列的特征及其相关性分析。方法利用ITS2条形码对4个产地的17份重楼样本进行分子鉴别分析,PCR产物测序得到ITS2序列,进行结果比对、遗传变异位点、系统聚类进化树等分析。结果在所有重楼样本中,云南重楼长度范围是457-665bp,七叶一枝花序列长度范围是457-663bp;区分云南重楼和七叶一枝花的序列位点共计8处,七叶一枝花样本之间遗传距离是0-0.004,云南重楼样本之间的遗传距离是0-0.054;聚类进化结果中F1、F...
作者:武宝生; 司李真; 孔晓瑜; 时伟; 龚理; 杨敏; 刘静 期刊:《中国水产科学》 2018年第06期
ITS2 (Internal transcribed spacer 2)是位于核糖体 5.8S 和 28S 基因之间的非编码序列.为了探讨该片段的多样性特征以及进化模式, 本研究选取了鲈形目(Perciformes) 5 科 11 种鱼类为研究对象, 共获得了 444 条 ITS2 克隆序列, 其长度范围为 332~515 bp. 比较种内不同序列的长度发现, 金带细鲹(Selaroides leptolepis)在种内存在 24 bp 的差异, 剑鱼(Xiphias gladius)在种内存在 32 bp 的差异, 这 2 种鱼类的差异较为明...
作者:宋慧芳; 刘海双; 杨义明; 范书田; 李昌禹; 艾军 期刊:《植物学报》 2017年第06期
对山葡萄(Vitis amurensis)种质资源样品的ITS、ITS2、psb A-trn H、rbc L和mat K序列进行PCR扩增及测序,优化PCR反应的退火温度,比较各序列的扩增效率、测序成功率、品种间和品种内的差异及barcoding gap图,使用BLAST和NJ树法比较不同序列的鉴定能力,最终从5条DN段中筛选出可用于山葡萄种质资源鉴定的DNA条形码通用序列。结果表明,在采集的11份33个山葡萄样品中,psb A-trn H和ITS2序列的扩增与测序成功率较高,其品种间、品种内...