DNA序列分类作为生物信息领域的一项基础任务,其目的是根据结构或功能的相似性来预测DNA序列所属的类别。本文在基于LDA(潜在狄利克雷分配)主题模型提出一种DNA序列主题特征表示方法,将基因序列转换为一组多个主题呈现度的概率向量。基于这种新的特征表示方法,构造了一种k-NN分类器对DNA序列进行分类。实验结果表明,新型特征表示方法提高了表示模型的学习效率,并且较为充分的反映DNA序列间的结构信息,从而有效提高了序列的分类精度...
一项新研究提出,世界上家猫的祖先是一种近东野猫F.s. lybica,它是在新月沃土从至少5个母系中被家化的。一个国际研究小组分析了家猫与野猫亚种的进化关系,亚种包括欧洲野猫、近东野猫、中亚野猫、南非野猫以及中国沙漠猫。在许多方面,野猫和家猫之间杂交的程度之高几乎使两者不可区分。Cados Dfiscoll和同事用采自979只猫的遗传材料分析了基因组中几种“标记”附近DNA序列的变异,
5月16日上午10时30分,卫生部副部长王陇德、中科院副院长陈竺、上海市副市长严隽琪等启动数据库,此举标志着国家人类基因组南方研究中心等单位,通过上海市研发公共服务平台下属生命科学与生物技术数据中心。向全世界公布了由我国自主测序的日本血吸虫基因组工作框架图,共计300多万条DNA序列(reads),供全球开展血吸虫病及其他寄生虫病相关研究的机构和科学家共享。
在以往的研究中,针对短测序片段进行的比较基因组分析,多数都需要有事先组装好的DNA序列作为参照,这在一定程度上制约了这类数据在生物信息学研究方面的发展。近日,中国科学院西双版纳热带植物园生态进化组教授Cannon带领其组员发明了一种新的研究方法,即不用事先组装.通过分析检测数据中是否存在达到某种“复杂度”的基因片段和出现频次,来探讨一定数量目标基因组中的序列差异。
一国际研究小组于近日发表了黑三叶杨(Populus trichocarpa,the Black Cottonwood,poplar)完整的DNA序列图谱,这是人类得到的第一个树木基因图谱.此项研究由美国能源部(DOE)、加拿大基因组学研究中心(Genome Canada)和瑞士于默奥植物科学中心(Umea Plant Science Centre)共同参与.黑三叶杨是北美洲最具生态学和商业价值的树木种类之一,它的测序工作是在DOE的联合基因组研究所(JGI)的测序基因组学实验室内(DOE Joint Genome Institu...
作者:秦智伟; 汪马玲; 吴国成 期刊:《曲靖师范学院学报》 2018年第03期
分数阶Logistic混沌映射具有模型简单、动力学行为复杂,且易计算机编程的优点.基于分数阶Logistic混沌映射,结合DNA编码,提出了一种分数阶图像加密算法.利用分数阶Logistic混沌产生密钥链和DNA编码序列,再对彩色图像的三个像素层进行像素置乱,改变像素位置,将加密结果像素层组成一张灰度图.结果分析表明,分数阶图像加密不仅改变了原有图像的大小,还改变了图像的类型.通过对该算法从密钥敏感性分析、统计分析和相关性分析,分数阶图...
作者:安相静; 周小安; 张静; 沈冲冲 期刊:《智能计算机与应用》 2019年第06期
随着基因组计划的开展,DNA序列相似性分析成了现代生物学研究不可缺的一部分。本研究以H5N1、H1N1和H2N2等7种病毒的DNA序列作为研究对象,使用整数法将DNA序列编码成时间序列信息,计算时间序列之间的互模式熵(Mutual Mode Entropy,MME)。分析不同DNA序列的MME对序列相似性的表达准确性。实验表明通过整数表示方法的DNA序列的M M E能够定性地解释7种DNA序列之间的相似性关系。
作者:林易凡; 杨忠顺 期刊:《中学生物教学》 2019年第23期
表观遗传是一种不涉及DNA序列变化而改变生物表型的机制,并且这种改变可以遗传给子代。表观遗传的调控机制包括多种方式,图1主要介绍其中的3种:DNA甲基化、组蛋白修饰(图1中显示乙酰化和甲基化修饰)和非编码RNA介导的调控。
作者:何必子; 王丹华 期刊:《中华新生儿科》 2013年第05期
生命早期在分子和细胞水平发生的事件可导致婴儿终身表型改变,其分子机制是染色质的表观遗传修饰,它改变了基因的表达和随后的表型。表观遗传改变是指在没有细胞核DNA序列改变的情况下,基因功能可逆、可遗传性改变。基因组含有两种遗传信息:一种是DNA序列所提供的遗传信息;另一种是表观遗传信息,比如DNA甲基化、组蛋白共价修饰、非编码RNA及基因组印记等。研究较多的表观遗传调节包括:胞嘧啶DNA甲基化、组蛋白修饰、基因组印记、...
《晏子春秋》有曰:“橘生淮南则为橘,生于淮北则为枳,叶徒相似。所以然者何?水土异也。”子曰:“与善人居,如入芝兰之室,久而不闻其香,则与之化矣;与恶人居,如入鲍鱼之肆,久而不闻其臭,亦与之化矣。”《荀子·劝学》有曰:“蓬生麻中,不扶自直,白沙在涅,与之俱黑。”由此可知,中国古代的先哲们充分注意到了环境对于一个人的成长起着非常重要的作用。那么,现代科学又有哪些证据支持这一论点?父母的生活方式或者外...
作者:范月蕾; 王慧媛; 于建荣 期刊:《科技中国》 2018年第06期
基因编辑技术并不是一项新技术,这种通过在基因组水平上对DNA序列进行改造来改变遗传性状的操作技术在生命科学领域已经发展了很多年。2012年,CRISPR/Cas9(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-as-sociated 9)技术的出现。
在DNA序列中,有部分序列是为建立生物细胞所保持的,但这部分序列需要由蛋白质来获取.这种与DNA结合的蛋白质称为“DNA结合蛋白质”,它是必不可少的操作细胞.它们具有复制DNA,转基因的开启和关闭,把基因输送到蛋白质生产的模板上等功能.因此科学家们需要了解蛋白质是如何与DNA结合的,也就是说,蛋白质是如何寻找到与DNA相结合的正确的序列部位的.
据美国BIOCOMPARE科技新闻网(2006/3/16)报道,美国弗吉尼生物信息学研究所(VBI)和弗吉尼亚理工学院园艺系的研究人员发明出了一种新方法。利用农杆菌有效地将特定的DNA序列。转移到野生草莓基因组中。这种方法是利用农杆菌的环形DNA分子(T—DNA)将外源DNA导入植物体中。
日本尖端生命科学研究所研究人员通过向细菌天然DNA(脱氧核糖核酸)序列的不同位置,插入相同的人造DNA序列.开发出了用细菌长期保存数据的技术。活细菌在科学家的调理下.有望成为比CD光盘和计算机硬盘更经久耐用的存储介质。
作者:陈大明; 刘晓; 熊燕 期刊:《生物产业技术》 2010年第05期
合成生物学(synthetic biology)是现代生物学中出现的新兴研究领域,其基本方法是,利用不同生物组件(biobricks)组合成基因线路(genetic circuit),让其依循可预期的方式表现出特定功能。可以说,合成生物学结合了分子生物学及工程学的原理,设计和建造标准化及可交换性DNA序列以构成生物组件。
作者: 期刊:《生物产业技术》 2007年第02X期
荷兰皇家帝斯曼集团2007年2月在上海宣布,该公司在著名的科学杂志《自然·生物技术》2007年2月号上,发表了一篇学术论文,首次公布黑曲霉基因组DNA序列。帝斯曼发起的这一研究项目由29个国际性研究团体参与,最终论文由69名专家学者合作完成。
作者:马明月; 曾垂省; 解增言; 王喻; 舒坤贤 期刊:《生物化工》 2018年第02期
随着科学技术的进步、交叉学科的迅猛发展,社会对生物信息专业学生的知识、能力和素质提出了更高的要求。为了顺应生物信息学学科的快速发展,必须深化教学改革,加强实践性教学环节,加强对学生动手能力的培养。本文针对生物信息学大实验,从教学内容、教学手段和教学方法等方面进行了改革探索,以期全面提高教学质量,努力培养高素质的专业人才。
作者:黄玉伟; 罗洪恩 期刊:《科学技术创新》 2004年第04期
自二十世纪七十年代以来,人们就已经知道了真核生物基因组中微卫星的存在,然而直到1982年Hamada等人在酵母至脊椎动物中均发现poly(dT-dG)n核心序列的多拷贝之后,人们对微卫星数量之多、分布之广才有了深入了解。近年来,随着PCR技术及凝胶检测方法的不断发展与更新,微卫星标记越来越受到研究者的青睐,并发展成为继RFIP之后的第二代分子标记。
作者:邵秀茹; 梁红; 关晓军; 刘晶; 黄湛; 王巧玲; 赵娜; 贡铁军; 李蕊; 展昭民; 张伯龙; 马军 期刊:《中华血液学》 2011年第11期
近年来表观遗传学的改变越来越受到国内外专家重视,DNA序列中非编码基因表达遗传学的变化具有潜在的可逆性。人们以此作为治疗的靶点,针对DNA去甲基化、组蛋白去乙酰化、RNA默认等采取了相应的药物治疗手段,5-脱氧阿扎胞苷(地西他滨,商品名达珂)是骨髓增生异常综合征(MDS)DNA甲基化的有效抑制剂。我们对15例MDS中危Ⅰ、Ⅱ型和高危患者采用地西他滨治疗的临床疗效和不良反应进行了观察,现报告如下。