生物信息学杂志 统计源期刊

菌心进化论:一种对于动物进化的新理解

作者：张成岗; 巩文静; 李志慧; 高大文; 高艳 刊期：2018年第04期

达尔文进化论强调了“物竞天择,适者生存”的理念与逻辑,对动物起源与进化提供了重要解释;然而,为什么会有动物、以及为什么会进化出人类等问题,却仍无答案。在我们实验室近年来从事肥胖及相关慢病研究中发现“饥饿源于菌群”并发展出可通过控制肠道菌群向人体传递的饥饿感的生物技术之后,提出科学假说认为,和人类同样具有消化道结构的动物,很有...

HBV感染者肝细胞样本的关键基因和信号

作者：李林芝; 谢君; 朱乃硕 刊期：2018年第04期

受脱落酸调节的拟南芥F-box基因的差异表达分析

作者：张云璇; 屈丽娜; 李新梅; 刘德荣; 赵小英 刊期：2018年第04期

脱落酸(Abscisic acid,ABA)是一种重要的植物激素,在种子休眠的建立、种子萌发、根发育和非生物胁迫反应过程中发挥作用。F-box蛋白是E3泛素连接酶SCF复合体的组成部分,通过特异识别和调节底物蛋白水平而调控植物生长发育过程。通过分析GEO基因芯片,筛选到38个受ABA调节的拟南芥候选F-box基因。选择其中6个F-box基因,进行实时荧光定量PCR分析。...

DCLK1的空间结构和理化性质分析

作者：刘畅; 刘安 刊期：2018年第04期

DCLK1(Doublecortin-like kinase 1)是胃肠道肿瘤干细胞的分子标志物,也是一个潜在的基因治疗分子靶点,但其致癌机制和预后价值仍未被完全阐明。为了全面认识DCLK1,本文利用生物信息学手段,对DCLK1蛋白的理化性质、组织表达、亚细胞定位、信号肽、跨膜结构域、空间结构、蛋白质相互作用网络及序列同源性进行分析。结果表明人DCLK1基因编码729个...

Windows下16S rRNA基因扩增子测序数据分析的简易流程

作者：方梅梅; 王禹煊; 王明月; 郑和龙; 张璐; 向沙沙; 张国庆; 李余动 刊期：2018年第04期

微生物组数据分析需要掌握Linux系统操作,这对缺乏计算机知识的生物研究人员是一个很大的障碍。为此我们设计了一套在Windows的Linux子系统(WSL)下分析16S rRNA基因扩增子高通量测序数据的简易流程。本流程整合常用的开源软件VSEARCH与QIIME等,能对16S rRNA测序数据进行质量控制、OTU聚类、多样性分析及结果可视化呈现。以唾液微生物组分析为例,...

通过构建竞争性内源RNA网络识别潜在的椎间盘疾病相关circRNA

作者：陈佳新; 宋超; 张玥欣; 尹佳琦; 李姗珊; 李春权; 张建 刊期：2018年第04期

环状RNA(circRNA)可以通过竞争性结合微小RNA(miRNA),从而降低miRNA对其他靶标RNAs的抑制作用,进而间接调控其表达水平。这种竞争性关系代表了一种全新的基因调控机制,在癌症生理和发展中起重要作用。我们运用生物信息学的方法,对基因表达谱、circRNA探针谱重注释处理,并且结合MiRanda算法预测的miRNA靶点信息构建了竞争性内源RNA(ceRNA)网络,发...

基于HP模型的大麻素受体CB2折叠研究

作者：梁凡; 董宇; 李正夫; 李姣姣; 纪兆辉 刊期：2018年第04期

Cannabinoid receptor Type 2(简称CB2)是大麻素受体的一种亚型,因为其无中枢神经副作用,不会产生成瘾性及耐受性,显示出了非常好的开发前景和潜在的应用价值。其作为免疫调节剂、神经保护剂和抗癌药等将具有巨大市场价值。目前,CB2蛋白的空间结构还未被测定出来,对于CB2的折叠问题研究也开展的较少,为了研究大麻素受体亚型蛋白CB2的折叠问题以...

hsa-miR-192-3p的靶基因预测及功能分析

作者：刘超群; 张新生; 张越 刊期：2018年第04期

基于纳米孔通道检测microRNAs对乳腺癌辅助诊断的研究

作者：李贝贝; 李梦臻; 张芃芃; 管希云 刊期：2018年第04期

乳腺癌的发生、发展与miRNA31、miRNA195、miRNA892b等的异常表达明显相关。因此,miRNA31、miRNA195、miRNA892b可作为乳腺癌的生物标志物及治疗预后指标。本文研究了一种对乳腺癌早期检测的新方法:设计探针(probe)并使用α溶血素(αHL)纳米孔道单分子检测方法检测乳腺癌miRNAs。DNA探针与miRNA的中间序列完全匹配,特异性识别目标miRNA。miRNA·p...