生物信息学杂志 统计源期刊
China Journal of Bioinformatics
杂志简介：《生物信息学》杂志经新闻出版总署批准，自2003年创刊，国内刊号为23-1513/Q，是一本综合性较强的生物期刊。该刊是一份季刊，致力于发表生物领域的高质量原创研究成果、综述及快报。主要栏目：综述、研究论文
杂志简介：《生物信息学》杂志经新闻出版总署批准，自2003年创刊，国内刊号为23-1513/Q，是一本综合性较强的生物期刊。该刊是一份季刊，致力于发表生物领域的高质量原创研究成果、综述及快报。主要栏目：综述、研究论文
作者：朱梦丽 朱乾坤 邹嘉欣 冯沛春 范高韬 王万军 刊期：2013年第04期
本文通过序列分析获得了铁皮石斛甘露糖结合凝聚素（Dendrobium officinale mannose-binding lectin, DOL）成熟肽和甘露糖结合位点（50-58AA，81-89AA，116-124AA）。通过同源建模建立了DOL三维结构模型，DOL呈中空的三棱柱结构，三棱柱的三个侧面主要由B折叠构成，三个侧面各有一个甘露糖结合部位。甘露糖与DOL的分子对接和动力学分析表明，结...
作者：周小红 徐利楠 薛友林 宋有涛 刊期：2013年第04期
分子伴侣蛋白Hsp70氮端核苷酸结合域（NBD, nucleotide-binding domain）的ATP酶活性变化对其行使分子伴侣功能具有重要作用。本文采用分子动力学模拟方法研究酵母分子伴侣Hsp70氮端NBD内残基A17，R23，G32和R167点突变对其ATP酶活性区域构象影响及功能关系。结果表明，突变体A17V，T23H，G32S的ATP结合口袋袋口的loopl（第一个转角，连接p1与p2...
作者：孙洋洋 马玉珍 石晶瑜 刊期：2013年第04期
Boule（boll）基因是DAZ基因家族的一个新成员，含有一个RNA结合域和一个DAZ重复域，是人类精子发生减数分裂过程中主要调控因子。为了研究Boule基因结构及其功能，利用生物信，息学方法对Boule蛋白相关结构、相互作用蛋白及其功能进行分析和预测。结果表明，Boule蛋白存在明显的亲水区、疏水区和卷曲螺旋；不存在信号肽、跨膜结构；主要分布在...
作者：肖碧玉 李先彬 沈良忠 刘文斌 刊期：2013年第04期
差异分析对于揭示生命体的生长、发育和衰老过程及疾病发生具有重大的意义，基于网络的差异分析方法已经成为系统生物学的一个研究热点。网络节点往往通过与局部结构作用实现某种功能，其与局部结构的关系变化，很可能影响其功能。本文利用仿真实验的方法比较了图元向量和点的聚类系数两种局部结构测度的性能，并且利用他们分别设计算法挖掘差异...
作者：管翠萍 石晶 徐惠娟 刊期：2013年第04期
膜蛋白是一类结构独特的蛋白质，是细胞执行各种功能的物质基础。根据其在细胞膜上的不同存在方式，主要分为六种类型。本文利用压缩的氨基酸对原始膜蛋白序列进行信息压缩，再对压缩序列进行氨基酸组成和顺序特征的提取，最后采用支持向量机构建分类模型。通过五叠交叉验证的结果表明，该方法对于六种膜蛋白的分类预测，准确度最高可达98％以上...
作者：段秋红 赵小英 贺热情 郭明 刘德荣 唐冬英 刘选明 刊期：2013年第04期
赤霉素是一类重要的植物激素，它参与调节植物生长发育的各个阶段。真核基因的表达受多种因素的调控，其中启动子在转录水平上的调节作用至关重要，但是目前对拟南芥GA2ox基因家族上游顺式元件的详细分析较少。本研究分析了AtGA2ox基因家族染色体定位、进化关系、蛋白模体以及顺式元件。分析结果表明：AtGA2ox基因家族分为2个亚类；具有相对集中...
作者：赵勇 黄劲松 宋新蕊 陈禹保 童贻刚 刊期：2013年第04期
基于高通量测序的宏基因组学研究是近年来的研究热点之一。宏基因组的生物信息分析正在逐渐完善成熟．各种分析软件和流程的开发与应用，极大地促进了宏基因组研究的发展，特别是在遗传与进化、基因发现、宏基因组和人类疾病的相关研究等方面取得了显著成果。本文旨在结合宏基因组学的研究内容和研究方向，对宏基因组的生物信息分析方法进行综述...
作者：郑敏婧 李晓云 李玲 刊期：2013年第04期
本文对PIUGTs进行同源建模，并分析其与底物结合的构象及活性位点。通过SWISS-MODEL在线对P1UGTs进行模板预测和选择，运用Swiss—PdbViewer软件显示和优化，利用ACDLABS绘制糖基供体小分子（酶结合底物），最后通过AutoDock_ADT进行分子对接，并分析PIUGTs酶与不同底物结合的整体构象及分析活性位点。研究结果表明PIUGT1、PIUGT2及PIUGT3均能得...
作者：王樟凤 柴学文 黄润红 彭武林 饶友生 刊期：2013年第04期
从NCBI数据库（http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov／projects／mapview／map）下载珍珠鸟全部小染色体基因的cDNA序列，最终共有1586个基因的CDS序列纳入统计分析。密码子的偏性分析使用CodonW（1．4．2）完成，初步确定了UUC、UCC、UCG等27个密码子为珍珠鸟小染色体基因表达的“最优”密码子。对应分析表明，影响珍珠鸟小染色体基因密码子使...
作者：许嘉 刊期：2013年第04期
抗冻蛋白是一类具有提高生物抗冻能力的蛋白质。抗冻蛋白能够特异性的与冰晶相结合，进而阻止体液内冰核的形成与生长。因此，对抗冻蛋白的生物信息学研究对生物工程发展。提高作物抗冻性有重要的推动作用。本文采用由400条抗冻蛋白序列和400条非抗冻蛋白序列构成数据集，以伪氨基酸组分为特征，利用支持向量机分类算法预测抗冻蛋白，对训练集预...
作者：陈笑笑 田兴军 刊期：2013年第04期
纤维二糖水解酶I（CBHI）是生物降解纤维素的一种重要的外切酶，它作用于纤维素分子末端，水解β-1，4-糖苷键。纤维二糖水解酶由3个部分组成：具有催化活性的催化结构域，作用为锚定纤维素的纤维素结合域以及连接这两个结构域的一段短肽。已知催化结构域属于糖基水解酶家族7（GH7），纤维素结合域属于糖类结合模块家族1（CBMl）。为进一步探索CB...
作者：陈兆斌 刊期：2013年第04期
这篇文章要讨论的拽线法（DL）是贪婪算法的一种。和Fitch—Margoliash（FM）一样，DL也是基于距离矩阵构建系统发育树，但是和FM算法相比，DL具有低复杂度、较高的容错性和准确度高的优点。当存在误差时，DL算法只是加大了不在同一个父节点下的基因序列的距离，但能够准确的判断序列的亲缘关系，进而得到完美的进化树拓扑结构；相比之下，FM算...
刊期：2013年第04期
在漫天飞舞的雪花中我们挥别了2013年，即将迎来充满希望与期待的2014年。在过去的一年里，《生物信息学》得到了编委们的无私帮助和热情鼓励．得到了作者与读者们的大力支持。值此岁末之际，编辑部全体办刊人向编委、作者、读者和所有支持《生物信息学》成长的社会各界朋友表示最衷心的感谢，并送上编辑部最美好的新年祝愿!
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