生物信息学杂志 统计源期刊

一株野生细菌的16Sr DNA序列分析与系统发育树的构建

作者：张会敏; 冯友军 刊期：2005年第01期

以野生细菌F0303的总DNA为模板,采用细菌16SrDNA的通用引物,通过PCR的方法扩增到一条约1.5Kb的16SrDN段.连接到pGEM-T-easy克隆载体上,并用化学法转化E.coli DH5α。用EcoR I对5个随机皎取的转化子进行的酶切分析表明这5个转化子皆为阳性.DNA测序表明该PCR扩增到的16SrDN段长为1475核苷酸.与GenBank上已提效的16SrDNA进行的比对(BLAST)表明野生细...

水稻线粒体丝氨酸羟甲基转移酶基因的电子克隆

作者：刘庆坡; 冯英; 董辉 刊期：2005年第01期

采用基于EST的电子克隆方法得到了一段长1611bp的cDNA序列,以此为信息探针搜索HTGs数据库,找到一个与之高度匹配的基因组DNA序列--OSJNBa0057G07克隆.用FGENESH分析该克隆中的联配区域得到一个包含14个外显子和13个内含子的基因.该基因位于水稻第3染色体物理图谱的136.0～137.6cM区域.推导的ORF编码498个氨基酸,经BLASTP搜索SWISS-PROT数据库和...

欢迎订阅《生物信息学》

刊期：2005年第01期

敏捷气热菌起始密码子侧翼序列与密码子偏好及基因长度相关性研究

作者：张光亚; 刘桂兰; 方柏山 刊期：2005年第01期

好氧超嗜热古菌敏捷气热菌(Aeropyrum pernix)mRNA中起始密码子AUG侧翼序列的保守性以及它与密码子使用偏好及基因长度之间具有相关性.AUG侧翼序列的保守性由M1(1)值表示,AUG侧翼序列对翻译起始的有效性由AUGCAI值表示.研究表明:高表达和低表达基因的-20位到+13位中某些位点的保守性存在差异,其中高表达基因的-4位和-3位可能与其高表达的特性有...

SARS冠状病毒全基因组序列的变异分析

作者：刘树春; 赵雨杰; 张学 刊期：2005年第01期

利用生物信息学软件分析不同地区来源的SARS-CoV全基因组序列的变异特征、碱基易变性及地区进化特点,结果表明:SARS-CoV全基因组序列中,存在477个变异位点,变异率为0.474%.SARS-CoV碱基变异存在时间和地区特征.腺嘌呤和胸腺嘧啶相对于胞嘧啶和鸟嘌呤来说,更易发生变异.SARS-CoV全基因组序列的5'端相对保守,而3'端变异较活跃.动物来源的毒株与人...

质粒绘图软件PCircle的编制及Flash作为生物软件编制工具的可行性分析

作者：李勇; 朱延明; 李杰; 柏锡 刊期：2005年第01期

以Flash作为软件编程工具,根据Flash在生物软件编制方面具有的优点,利用其优秀的图形图像处理能力与动作脚本语言(Action Script)相结合所具有的优势,编制了质粒绘图软件Pcirole.该软件克服了以往的质粒绘图软件在绘制图谱过程中不能随意修改操作的缺点,在绘制过程中,可在任意时候对生成的部件进行修改甚至删除.该软件已被生物软件网收录,供免费...

生物信息学数据库调查分析及其利用研究

作者：胡德华; 张洁; 方平 刊期：2005年第01期

从生物信息学数据库利用的角度调查分析生物信息学数据库的现状,为我国科研人员利用网上生物信息学数据库以及生物信息中心的开发提供科学依据和参考价值.研究采用网上调查的方法,对法国生物信息中心Infobiogen建立维护的生物信息学数据库目录DBcat中收录的511个数据库进行调查统计,分析其类型分布、国家分布、更新频率和获取方式;在此基础上,进...

支持向量机在PPⅡ二级结构预测中的应用

作者：陆克中; 须文波 刊期：2005年第01期

PPⅡ二级结构是一种稀有的蛋白质结构类型.目前使用机器学习方法预测此二级结构的工作还比较少见.引入一种新的方法--支持向量机(SVM)来预测PPⅡ二级结构,并与神经网络方法进行了比较,结果表明,SVM方法在预测PPⅡ结构上表现良好,预测精度达到76.52%.

《生物信息学》欢迎刊登广告

刊期：2005年第01期

生物芯片技术研究进展

作者：常胜合; 舒海燕; 李滨; 英加; 李振声 刊期：2005年第01期

生物芯片主要包括基因芯片、蛋白质芯片、组织芯片等.利用生物芯片技术可以从整个基因组的水平上对基因进行快速分析、筛选.本文主要概述了生物芯片技术的最新研究进展及在各个领域内的应用,并对生物芯片技术面临的挑战以及未来的发展方向作了讨论.

分子模拟方法及其在分子生物学中的应用

作者：欧阳芳平; 徐慧; 郭爱敏; 李燕峰 刊期：2005年第01期

常用的分子模拟方法有:量子力学法、分子力学方法、蒙特卡洛法和分子动力学法.四种方法各有优势,共同成为分子模拟的组成部分.综述了分子模拟法在分子生物学中的应用,最后介绍了分子模拟的发展方向,并预测了其未来的发展趋势.

生物信息学对计算机科学发展的机遇与挑战

作者：何红波; 谭晓超; 李斌; 李义兵 刊期：2005年第01期

生物信息学是一个发展很快的新兴学科,是计算机应用的最重要的领域之一,同时生物信息学的发展又给计算机学科提出了许多新的课题,从而促进计算机学科自身的发展.从数据库技术、海量存储技术、数据挖掘、计算几何、DNA计算、网格计算、机器学习、人工心智、web service等方面,就生物信息学对计算机科学发展的促进作用进行了论述.

生物分子计算机

作者：陈连水; 袁凤辉; 邓昶 刊期：2005年第01期

生物分子计算机是一种用生物分子元件组装成的具有并行数据处理、三维存储器和神经网络等特征的智能化计算机.它不但运行速度快、能处理复杂性的非线性问题、具有一定的逻辑推理等认知能力,而且具备生物分子形成的细胞样的自行修复或自体复制能力.也许从分子计算机到蛋白质计算机、DNA计算机再到生物分子计算机是一种研究和制造生物分子计算机的...

《生物信息学》投稿指南

刊期：2005年第01期