生物多样性杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

运用基因组学方法探究生物多样性:大数据时代的“胡克显微镜”

作者：周欣 刊期：2019年第05期

对生物多样性的好奇和欣赏是人类认识自然的重要动力,而以探究和描述生物多样性为主要内容的分类学也是生命科学发展史上最早的分支学科之一。生物多样性为人类发展提供了基础和资源,为生命机理的认知提供了模型,也为维持可持续发展的生态系统提供了重要的服务功能。

环境DNA技术在淡水底栖大型无脊椎动物多样性监测中的应用

作者：李萌; 尉婷婷; 史博洋; 郝希阳; 徐海根; 孙红英 刊期：2019年第05期

环境DNA(eDNA)是指生物有机体在环境中(例如土壤、沉积物或水体)遗留下的DN段。eDNA技术是指从环境中提取DN段进行测序以及数据分析来反映环境中的物种或群落信息。与传统方法相比, eDNA技术具有高灵敏度、省时省力、无损伤等优点。目前, eDNA技术已成为一种新的水生生物监测方法,主要应用于水生生物的多样性研究、濒危和稀有动物的物种状态及外...

基于环境DNA-宏条形码技术的水生生态系统入侵生物的早期监测与预警

作者：李晗溪; 黄雪娜; 李世国; 战爱斌 刊期：2019年第05期

外来生物入侵是继生境破坏后造成生物多样性丧失的第二大威胁因素,已对入侵地的生态安全、经济和社会发展及人类健康等造成严重负面影响,成为21世纪五大全球性环境问题之一。作为水产养殖、航运和水生宠物交易大国,我国水生生态系统的生物入侵问题尤为严重。研究表明,系统地构建并应用早期监测预警技术是防控水生生态系统生物入侵最有效的途径。...

模式动物在共生微生物研究中的作用

作者：肖雅倩; 刘传; 肖亮 刊期：2019年第05期

共生微生物是一类定殖于宿主体表或体内,可执行宿主本身无法完成的功能,并依赖于宿主所提供的生长环境的微生物。众多研究表明,人体肠道共生微生物与免疫、营养、代谢,甚至精神健康等生理功能密切相关,是重要的'微生物器官'。在早期的肠道微生物研究中,模式动物就已经作为研究工具被使用。随着肠道微生物研究的不断深入,模式动物作为不可替代的...

洞察景观环境影响蜜蜂之新视角:肠道微生物

作者：唐敏; 邹怡; 苏秦之; 周欣 刊期：2019年第05期

作为生态服务提供者的传粉蜜蜂与景观生态息息相关,而以农田为主的景观组成显著降低了传粉蜜蜂的多样性。目前调查研究显示,农田的扩张与蜜蜂多样性下降相关,且农药残留对蜜蜂损害严重。景观中的开花植物决定了蜜蜂的食物(营养)组成,其中花粉蛋白含量与蜜蜂的生长发育紧密相关。尽管研究已证实景观环境会显著影响蜜蜂蜂群的发展和个体的生长繁殖...

DNA条形码参考数据集构建和序列分析相关的新兴技术

作者：刘山林 刊期：2019年第05期

近年来DNA条形码技术迅速发展,产生的条形码的数量及其应用范围都呈指数性增长,现已广泛用于物种鉴定、食性分析、生物多样性评估等方面。本文重点总结并讨论了构建条形码参考数据库和序列聚类相关的信息分析的技术和方法,包括:基于高通量测序(high throughput sequencing, HTS)平台以高效并较低的成本获取条形码序列的方法;同时还介绍了从原始...

基于三代测序技术的微生物组学研究进展

作者：许亚昆; 马越; 胡小茜; 王军 刊期：2019年第05期

基于粪便DNA及宏条形码技术的食肉动物快速调查及食性分析

作者：邵昕宁; 宋大昭; 黄巧雯; 李晟; 姚蒙 刊期：2019年第05期

在陆地生态系统中,大型食肉动物对于稳定食物网结构和生态系统功能有重要作用。在世界范围内,由于栖息地丧失和破碎化、猎杀、人类活动干扰以及病原体的传播,大型食肉动物生存正面临严重威胁,多种食肉动物地理分布范围及种群数量大幅度缩减。如何有效保护大型食肉动物物种多样性及种群已经成为世界关注的焦点问题和保护生物学的重要研究方向。川...

用于蜜蜂和熊蜂肠道微生物分类的细菌16S rRNA数据库优化

作者：张雪; 李兴安; 苏秦之; 曹棋钠; 李晨伊; 牛庆生; 郑浩 刊期：2019年第05期

蜜蜂和熊蜂是重要的传粉昆虫,对农业生产及生态平衡的维持具有重要作用。近年来,研究发现蜜蜂及熊蜂肠道内含有大量微生物,其组成简单、特异。正常的肠道微生物群落对蜜蜂的生长、激素调节、致病菌抵抗等具有重要作用。随着高通量测序的发展,研究者们也可快速获得传粉蜂肠道微生物组成,这给生物多样性和物种保护及蜂类健康等的研究带来了便捷。...

基于Nextflow构建的宏条形码自动化分析流程EPPS

作者：李诣远; David; C.Molik; Michael; E.Pfrender 刊期：2019年第05期

基于宏条形码技术的物种快速检测有助于生物多样性的评估、预测和保护。本文介绍了常用宏条形码分析的步骤和参数设定方法。我们利用Nextflow搭建了一款宏条形码分析流程EPPS,可以自动化地运行从原始数据的质量控制到环境多样性的比较。Nextflow软件还拥有流程监控的功能,可视化输出每个进程所消耗的时间与内存。本文还使用测试数据和已发表数据...

中国农业大学植物保护学院周欣课题组

刊期：2019年第05期

蜜蜂授粉可以显著提高农、林、果蔬作物的产量和质量。全球75%的农作物物种需要昆虫授粉,其中107种主要作物中90%以上由蜜蜂完成授粉。近年来传粉蜜蜂出现全球性衰退(蜂群崩溃综合征),而相关研究领域仍存在较大空白,传粉蜂的生态贡献缺乏准确的评估,而传粉蜂的演化历史尚存诸多疑问。

南京师范大学生命科学学院淡水蟹多样性研究课题组

刊期：2019年第05期

中国是全球淡水蟹类物种多样性最高的国家。然而,淡水蟹类等底栖大型无脊椎动物的多样性及其在淡水生态系统中的功能作用与生态服务价值极少受到重视,淡水蟹类的多样性变化及其生存状况鲜有关注和了解。南京师范大学生命科学学院孙红英课题组近20年来连续在全国19个省(直辖市、自治区)开展淡水蟹类多样性调查与标本采集.

中国科学院生态环境研究中心战爱斌研究组

刊期：2019年第05期

频繁的人类活动严重影响生物的地理分布格局,并快速改变生物赖以生存的栖息地环境。在此背景下,中科院生态环境研究中心战爱斌研究组紧紧围绕生物与环境互作这一生态学和进化生物学领域的重要科学问题,利用多学科手段,在群落、群体及个体水平上开展水生生物对环境变化的适应性进化研究。

深圳华大生命科学研究院宏基因组研究中心

刊期：2019年第05期

深圳华大生命科学研究院宏基因组研究中心成立于2010年,目前隶属于深圳华大生命科学研究院精准健康研究所。本中心以深圳市人体共生微生物和健康研究重点实验室和深圳市人体肠道微生态检测与干预工程实验室为基础,依托华大基因的大通量测序平台和大数据分析平台,致力于人体共生微生物对人体健康影响的研究,尤其是与慢性复杂疾病发生发展相关的内...

中国科学院微生物所-马普合作生物信息和计算生物学课题组(王军)

刊期：2019年第05期

中国科学院–德国马普学会合作生物信息和计算生物学课题组成立于2017年,目前隶属于中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室。课题组主要进行微生物组数据的深度挖掘和分析工作,利用统计学和生物信息学结合的方法,在一系列的微生物组数据、宿主基因组数据以及正在源源不断产生的多组学数据中发现生物学规律并研究其意义。