作者:李敏瑶; 温晓雯; 黄海阳; 靳晓利; 郑学宝 期刊:《中药新药与临床药理》 2020年第02期
目的基于网络药理学探讨黄芩汤治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative colitis,UC)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选黄芩汤的潜在活性成分(OB≥30%,DL≥0.18),采用Swiss数据库预测其作用靶点;与Disgenet数据库获得的UC疾病靶点相映射,得到黄芩汤治疗UC的潜在靶点。利用Cytoscape软件构建"黄芩汤-活性化合物-潜在作用靶点"网络和蛋白质相互作用网络,并使用David数据库对黄芩汤的作用靶点进行GO生物功能分析和KEGG通路富集分析。结果...
作者:李晓凤; 曹旭炭; 刘津; 石宇奇; 张茜; 张少强; 朱林平; 杜武勋 期刊:《广州中医药大学学报》 2020年第02期
探讨中药药效物质基础和作用机制研究的思路。中医药学以整体调整人体的病理状态为目的,药物的效应来自调动机体的"生生之气"(机体自身调节人体气化、维持脏腑平衡的功能),药物的作用只是激发机体的潜能,辅助或加强自稳调节能力;中医学的最大特点与优势是把调动患者自我痊愈能力放在首位,而用药则是辅助手段。离开机体病-证辨证的药效物质基础及作用机制的研究,只是药物化学成分的研究。现代网络药理学可能成为中药药效物质基础和...
作者:陈平男; 杨欣; 卢筱潇; 张宁; 崔瑾 期刊:《中国民族民间医药》 2020年第02期
目的:筛选类风湿性关节炎的关键靶点及大血藤的干预研究。方法:基于CTD(Comparative Toxicogenomics Database)筛选类风湿性关节炎靶点,通过KABOX和DAVID对RA靶点进行通路富集分析。借助STRING结合Cytoscape对RA(Rheumatoid Arthritis)通路中关键靶点进行相互作用分析。基于分子对接(SYBYL 2.1.1)研究大血藤活性成分与关键靶点的作用特征。结果:类风湿性关节炎靶标175个,DAVID和KOBAX通路中包括RA通路,RA通路包括16个靶点(TNF、IL-...
作者:李佳霖; 吴嘉瑞; 贾珊珊; 刘殊羽; 刘鑫馗; 倪梦蔚; 刘莹莹; 王郝嘉 期刊:《中国医院用药评价与分析》 2020年第01期
目的:基于网络药理学方法,初步探讨益母草注射液止血调经的作用机制。方法:依托中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、STITCH数据库等,检索益母草注射液中水苏碱、胆碱和葫芦巴碱3种活性成分的作用靶点;通过药物治疗靶点数据库(therapeutic target database,TTD)和遗传药理学与药物基因组学数据库(pharmacogenetics and pharmacogenomics kn...
作者:韦颖; 王建; 任思陈; 杨玉雪; 王丹; 文建霞; 谢倩; 魏士长; 赵艳玲 期刊:《中国医院用药评价与分析》 2020年第01期
目的:基于网络药理学方法,初步探讨吴茱萸抗胃癌潜在的有效成分及作用机制。方法:通过建立吴茱萸药物靶点数据集、胃癌靶点数据集,构建吴茱萸对胃癌的"成分-靶点-疾病"交互网络,并通过可视化分析、网络中各节点的拓扑参数分析,对各作用靶点进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,预测吴茱萸抗胃癌的作用机制。结果:筛选出3个吴茱萸主要活性成...
作者:贾颖; 王佳敏; 杨大伟; 高思 期刊:《中医外治》 2019年第06期
目的:探讨秦柏洗液的作用机制。方法:从TCMSP、TTD等多个中药成分数据库、蛋白数据库、疾病数据库中获取秦柏洗液的化学成分、作用靶点,进而构建化合物-靶点网络、靶点-疾病网络、蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI),并对靶点蛋白进行基因本体中生物学过程(GO-BP,geneontology-biology process)分析、基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes andgenomes,KEGG)通路分析,从而来探讨该药物的作用机理。结果:从靶点及...
作者:俞婷; 刘新娟; 刘力; 高崎 期刊:《中成药》 2020年第02期
目的通过构建荆银颗粒活性成分⁃关键靶点网络、蛋白⁃蛋白相互作用网络,研究荆银颗粒抗病毒的作用机制。方法应用TCMSP、BATMAN⁃TCM数据库筛选荆银颗粒9味药的活性成分和潜在靶点,应用Drugbank、DisGeNET数据库获取流感病毒作用靶点。采用Cytoscape 3.6.0软件构建“活性成分⁃关键靶点”网络和蛋白相互作用网络,并进行生物功能和通路分析。结果荆银颗粒9味药160个活性成分,涉及73个抗病毒关键靶点,可能通过JAK⁃STAT级联反应等过...
作者:程亚伟; 林道斌; 倪雅丽; 丁一; 邱晓堂 期刊:《世界中西医结合》 2020年第02期
目的运用网络药理学研究方法对滋脾通络方治疗糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)主要活性成分及核心靶点进行分析。方法采用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、DRAR-CPI分子对接平台和Unipro数据库筛选出滋脾通络方组成药物的有效活性成分及作用靶点基因,通过Gene Cards数据库收集DN疾病基因,然后对药物作用基因及疾病相关基因进行韦恩分析,确...
作者:梁子毅; 陈心敏; 林梓凌; 李木生; 郑利钦; 郑永泽 期刊:《中医药导报》 2019年第23期
目的:利用网络药理学的方法探索“桃仁-红花”治疗股骨颈骨折(Femoral neck fracture)的可能作用机制。方法:通过TCMSP数据库、文献检索获取“桃仁-红花”的活性成分,利用DRAR-CPI服务器、GeneCards和OMIM数据库筛选其活性成分影响骨代谢的潜在作用靶点。用Cytoscape软件构建“桃仁-红花”的活性成分-作用靶点网络。通过String数据库和Cytoscape软件的Generate style from statistics工具,获得蛋白质相互作用网络。采用Systems Doc...
作者:杨涛; 崔人匀; 刘寰宇; 郝力争; 陈健; 安炯俊; 李忠 期刊:《世界中医药》 2020年第02期
病毒肺炎(NCP)具有极强的流行性和传染性,临床主要表现为发热、干咳、乏力,重症者可有呼吸困难,严重者则快速进展为呼吸窘迫综合征、脓毒症休克等,甚至死亡。我们综合相关报道和一线临床资料,结合中医温病理论,认为本病属中医"瘟疫"范畴,病机特点在于寒热错杂,本虚标实。其致病因素包括"寒""热""湿",主要病位在"肺"和"肝",涉及脾肾。其传变速度快,临床多出现肝肾亏虚,肺热脾寒、木火刑金,呈寒热错杂之象。依据本病的病机特点,我们...
作者:文成当智; 张云森; 仁真旺甲; 才让南加; 贡保东知; 切尼项毛; 才让吉; 刚焕晨雷; 张艺 期刊:《中国药房》 2020年第02期
作者:胡俊辉; 姚银辉; 王莹; 赵静怡; 姜艳平 期刊:《中国现代中药》 2019年第11期
目的:基于网络药理学研究红根草化学成分的分子机制,为其药用植物资源的开发利用提供依据。方法:以中药综合数据库为平台,挖掘红根草化学成分、潜在作用靶点和疾病,通过UniProtKB(UniProt数据库)对潜在作用靶点基因名提取后,再用STRING、KOBAS、Cytoscape软件进行蛋白质-蛋白质相互作用,用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析和功能富集分析。结果:红根草4种化学成分包括原儿茶酸、4-羟基红根草邻醌、二氢丹参酮I和丹参酮I,201...
作者:郑一夫; 孔令雷; 贾皓; 张宝月; 王喆; 许律捷; 刘艾林; 杜冠华 期刊:《药学学报》 2020年第02期
消栓通络方临床上主治脑血栓引起的精神呆滞、言语迟涩等症状,疗效显著,但其作用机制尚不明确。本文通过搜集消栓通络方中的化学成分和治疗脑卒中相关靶点,获得1251个化学成分和10个脑卒中相关靶点,采用朴素贝叶斯和递归分割等机器学习算法,基于分子指纹和分子描述符,结合分子对接方法,构建了脑卒中10个相关靶点的18个化合物-靶点相互作用预测模型。应用这些模型预测了消栓通络方的活性化学成分及其作用靶点,发现了153个潜在活性化...
目的基于网络药理学研究栝楼桂枝汤治疗脑卒中后下肢痉挛的作用机制。方法利用TCMSP数据库、SwissTarget Prediction数据平台筛选栝楼桂枝汤活性成分靶点,并借助Gephi软件构建活性成分-靶点网络,运用Genecard、DisGeNET、TTD疾病数据库筛选作用于脑卒中、下肢痉挛靶基因,应用STRING平台构建靶蛋白相互作用网络,利用ClueGO软件对靶基因进行GO功能分析,通过DAVID v6.8平台对关键靶点KEGG通路进行分析。结果栝楼桂枝汤中黄酮类、有机...
作者:洪佳娜; 李冰冰; 陈桢琳; 赵麟; 肖雪; 关永霞; 张贵民 期刊:《广东药科大学学报》 2020年第01期
目的采用网络药理学技术预测人参茎叶总皂苷治疗2型糖尿病(T2DM)的潜在作用靶点及机制。方法通过文献检索结合TCMSP数据库收集人参茎叶中的皂苷类成分,利用SwissTargetPrediction网站发现各成分的主要作用靶点,通过Genecards数据库筛选与T2DM相关的基因,构建成分-治疗T2DM靶点网络。通过String数据库得到治疗靶点间相互作用关系,构建疾病靶点互作网络。通过网络特征分析人参茎叶总皂苷治疗T2DM的关键作用靶点。利用DAVID在线分析网...
作者:张少军; 陈龑; 高洪娣; 应光耀; 闵丽 期刊:《中国中医急症》 2020年第02期
目的采用网络药理学的方法,探究从"肝"论治溃疡性结肠炎(UC)的作用机制。方法从中医E百数据库检索UC相关方剂,选择UC治疗的常用从"肝"论治代表药物。利用DisGeNET数据库进行UC的疾病靶标预测;利用中药生物信息数据库分析工具(BATMAN-TCM)对药物进行活性成分与预测疾病靶标分子对接印证,建立"药效成分-靶标蛋白"对应关系;利用Cytoscape软件构建"药物成分-疾病靶标"网络模型;利用韦恩图(Venny2.1)进一步分析代表药物干预UC的靶点异同...
作者:张杰; 赖润民; 鞠建庆; 陈卓; 徐浩 期刊:《中国医药导报》 2020年第01期
目的基于网络药理学方法探讨芪参益气滴丸治疗射血分数保留心力衰竭(HFpEF)的潜在活性成分和作用机制。方法采用BATMAN-TCM平台收集黄芪、丹参、三七、降香的活性成分和作用靶点信息,GeneCards和PALM-IST平台收集HFpEF疾病靶点基因,搜索日期为2019年3月4日;采用Cytoscape 3.2.1构建"药物-活性成分-靶点"网络并利用network analyzer插件进行拓扑结构分析,采用STRING数据库进行基因互作分析,采用Metascape数据库进行基因本体论(GO)分...
作者:王卓; 石忠峰; 王凤云; 李卫东; 韩亮 期刊:《中国组织工程研究》 2020年第11期
背景:寒湿痹颗粒已被临床中用于治疗强直性脊柱炎,但其药理作用机制不明确。目的:基于网络药理学的方法,对寒湿痹颗粒的主要化学成分进行筛选,并收集其化合物对应的靶点,并构建化合物-靶点网络,对其治疗强直性脊柱炎的药理作用机制进行系统阐述。方法:寒湿痹颗粒化合物及与药物靶点的收集主要基于TCMSP数据库及文献报道,强直性脊柱炎疾病靶点来源于DRUGBANK、GeneCards、Home-OMIM-NCBI、PALM-IST数据库。所获得药物基因和疾病基因...
作者:孙适远; 牟立婷; 宗希明; 张舒婷; 任恒鑫 期刊: 2020年第02期
目的对中药广藿香的活性化合物进行网络药理学研究,探索其抗炎作用的分子作用机制。方法通过TcmSP、TCM Database@Taiwan和PharmMapper等数据库筛选广藿香活性成分及其作用靶点,筛选结果与Therapeutic Target Database和DrugBank数据库中得到的炎症靶点相比较,总结筛选出广藿香活性成分抗炎作用的潜在靶点。采用Divide软件对靶点进行基因注释,利用Cytoscape软件构建广藿香抗炎多成分-多靶点-多通路作用网络并分析。结果网络分析表...