4表观遗传学重点内容之二——染色体重塑 基因的活化和转录需要一系列重要的染色质变化,如染色质去凝集、核小体变成疏松的开放式结构等,使转录因子等调节冈子更易接近和结合核小体DNA。与基因表达调节所伴随的这类染色质结构改变现象就叫做染色质重塑(ehromatin remodeling),需要特异的困子结合在启动子和增强子等顺式作用元件上,并和RNA聚合酶之间建立起有效的联系。染色质重塑的机理涉及特殊的蛋白复合体。
作者:秦琳琳; 张曦; 姜骋; 李莉 期刊:《植物研究》 2019年第06期
前期研究发现白桦锌指蛋白BpZFP4基因响应多种非生物逆境胁迫。为了深入研究其调控机制,本研究利用染色体步移技术克隆了该基因上游1360 bp的启动子区域,序列分析结果表明该区域含有多个逆境响应顺式作用元件、激素响应元件、光响应以及病原菌和损伤响应元件等。在此基础上,构建了BpZFP4启动子5′-端一系列缺失片段融合GUS报告基因的表达载体。通过对系列缺失突变体在正常条件以及渗透胁迫、盐胁迫和脱落酸(ABA)处理条件下的GUS基...
作者:王雁楠; 杨育峰; 杨国红; 张莉; 陈献功; 徐心志; 刘庆昌; 翟红; 何绍贞 期刊:《分子植物育种》 2019年第20期
植物可溶性淀粉合成酶(soluble starch synthase, SS)在植物支链淀粉的合成中起着关键作用,其主要负责支链的延伸。前期我们从甘薯中克隆到IbSSI基因并对其进行了表达分析及功能验证,发现该基因在甘薯中的表达受到外源蔗糖的诱导以及昼夜节律的调控。本研究在此基础上利用染色体步移法克隆到IbSSI基因1 811 bp的启动子序列。PlantCARE在线分析表明IbSSI启动子序列富含TATA-box和CAAT-box两个基本元件,还含有与昼夜节律、光照、蔗糖...
AMT是介导植物铵态氮高亲和吸收的跨膜蛋白,已报道编码AMT蛋白的大部分基因的表达依赖外界氮水平和环境的调控,但调控的机制目前尚不清楚。水稻的OsAMT1;2基因在氮缺乏条件下强烈诱导表达,因此,本研究从水稻基因组DNA中PCR克隆OsAMT1;2基因上游1940bp的启动子序列,采用软件和试验分析OsAMT1;2启动子存在的顺式调控元件与外界氮调控的相关性。软件预测结果表明,启动子区域内除含有TATA—box和CAAT-box外,同时含有多种非生...
作者:秦丽霞; 李静; 张换样; 李盛; 竹梦婕; 焦改丽; 吴慎杰 期刊:《作物学报》 2018年第02期
糖基转移酶(glycosytransferase,GT)是催化活化的供体糖基转移到特异受体生成糖苷键的酶类,在应答多种生物和非生物胁迫中起重要作用。本研究利用PCR技术从陆地棉品种Coker 312基因组中分离克隆了GhGalT1基因的启动子,序列长度为539 bp,命名为pGhGalT1。启动子分析软件PlantCARE分析表明pGhGalT1含有CAAT-box、TATA-box核心元件,以及响应干旱、热、脱水、防御与胁迫应答的顺式作用元件MBS、HSE、MYCCONSE、TC-rich repeats和CGTCA-...
作者:张露; 翟清华; 杨淑慎 期刊:《农业生物技术学报》 2018年第03期
小麦(Triticum aestivum)胞质甘油醛3-磷酸脱氢酶(cytosolic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, GAPC) TaGAPC5基因在干旱等非生物胁迫下显著表达。序列分析表明,TaGAPC5基因启动子区包含3个W-box顺式作用元件。本实验利用PCR定点突变技术对TaGAPC5基因启动子区-640处W-box单独突变、-640、-700两处W-box突变和-640、-700、-997处W-box均突变,将这3种突变的启动子分别与植物表达载体pC0390-GUS融合表达,利用农杆菌...
作者:庄瑞蓉; 储文婷; 赵闪闪; 陈坤; 谢文萍; 陈玉婷; 查李; 张冲; 陈伟; 庄伟建 期刊:《农业生物技术学报》 2018年第07期
含有核苷酸结合位点(nucleotide-binding site,NBS)和富亮氨酸重复(1eucine-rich repeat,LRR)结构域的NBS-LRR类抗性基因在植物抗病防御反应中起着重要作用,启动子是调控基因表达的重要顺式元件。为研究花生(Arachis hypogaea)青枯病候选基因3(bacterial wilt candidate resistance gene 3 of Arachis hypogaea,AhBW3)表达调控机制,本研究前期克隆获得了1个青枯病抗性相关的NBS-LRR类基因,发现含有TIR结构域的全长序...
作者:王少峡; 王振英; 彭永康 期刊:《植物生理学报》 2004年第01期
介绍了DREB(dehydration responsive element binding)转录因子及其在植物抗逆作用中的研究进展。DREB转录因子由逆环境胁迫诱导产生后,可激活其他多达12个依赖DRE顺式作用元件的抗逆功能基因,引起脯氨酸及蔗糖含量提高,从而增强植株对多种逆境(旱、冻及盐)的抵抗性。
增强子(enhancer)是使基因转录速率显著提高的一类顺式作用元件.各种增强子相互间在结构上同源性较少,但具有一些短的和简并的共有序列.增强子具有以下特性:(1)增强子能(通过启动子)提高同一条DNA链上靶基因转录的速率;(2)增强子对同源或异源基因同样有效;(3)增强子的位置可在基因5′上游、基因内或其3′下游序列中;(4)增强子在DNA双链中没有5′与3′固定的方向性;(5)增强子可远离转录起始点,通常在1~4 kb(个别情况下可远离转录起...
作者:崔彬彬; 王海祥; 朱维红; 李云 期刊:《保定学院学报》 2005年第04期
研究者只是单独对增强子或增强子样的特性及其机制进行过研究,并未见将二者结合起来,故对增强子与增强子样调控基因表达的特性及其机制的研究进展和存在问题进行讨论.
作者:邱文冰; 许丽艳; 丘碧波; 黄丽娜; 吴梦峰; 李恩民 期刊:《生物信息学》 2005年第02期
NGAL(neutrophil gelatinase-associated lipocalin)是lipocalin家族的一个新成员,可能是人类的一种新癌基因,但其在肿瘤中的表达调控机制尚不清楚.应用生物信息学手段对NGAL(X99133,包括外显子和内含子)进行分析发现,此区域内含有许多潜在的顺式作用元件,其中主要为增强子元件.对此设计了以下实验:应用PCR技术从食管癌细胞SHEEC基因组DNA中扩增不同长度的NGAL基因片段,将其连接到PGEMT-eacy载体中进行扩增,并测序.NCBI/BLAST分析...
作者:陶永新; 段静怡; 李依宁; 李自燕; 宋寒冰; 张褀锶; 黄嘉华; 高玲玲; 谢宝贵 期刊:《食用菌学报》 2018年第04期
为了从分子水平探究提高金针菇赖氨酸含量的环境因子(温度、光照、湿度、CO2)及其作用机理,本研究首先在金针菇(Flammulina filiformis)单核体L11基因组中鉴定L-赖氨酸合成通路基因,并预测其启动子区顺式元件。根据预测结果,采用红、绿、蓝、红绿蓝复合4种光处理金针菇子实体,并分别用HPLC和定量PCR测定赖氨酸含量变化及其合成通路基因的响应表达。结果表明:金针菇赖氨酸由氨基己二酸(α-Aminoadipate,AAA)途径合成,通路中8步催化酶...
作者:任丽; 董京祥; 杨洋; 黄海娇; 李慧玉 期刊:《南京林业大学学报·自然科学版》 2019年第01期
【目的】研究Bp TCP7启动子的表达模式,为深入分析Bp TCP7基因功能提供一定参考。【方法】克隆了Bp TCP7基因上游1 791 bp启动子序列,通过PLACE和Plant CARE网址对顺式作用元件进行分析,然后转入拟南芥,并分析Bp TCP7启动子的组织表达特性及盐、旱胁迫应答反应。【结果】Bp TCP7启动子序列中含有与细胞周期、开花、叶片发育、激素及胁迫响应等相关的顺式作用元件。该启动子在拟南芥中的表达模式呈现为营养生长阶段和生殖生长阶段均...
用DNA-蛋白质体外结合实验和凝胶迁移率变动分析技术筛选黄孢原毛平革菌(Phaneroohaete chrysosporium)木质素过氧化物酶基因lipA、lipC、lipF的5′-端调控区内能与该菌在木质素降解条件下形成的蛋白特异结合的顺式作用元件.结果表明,来自lipC、lipF基因的5′-端片段LG2P3(396 bp)和LG6S1-2(738bp)能特异结合培养于Kirk低氮培养基中的菌丝体蛋白;而来自于lipF基因的5′-端的LG6S2(226 bp)DN段能特异结合培养于天然冷杉木片中的菌丝...
7月15日,Genome Biology期刊在线发表中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所张一婧研究组与南京农业大学张文利研究组等合作完成的研究论文。该工作生成并绘制普通小麦精细的表观组图谱,以此为基础针对性开发整合计算流程对全基因组顺式调控元件进行了系统的挖掘与鉴定,并初步探索了其作用机制,为小麦基因调控机制解析研究提供了重要资源。
作者:张建国; 王惠民; 国华; 郝天智; 杨文军 期刊:《实用医学》 2005年第12期
目的:设计合成靶向NF-kB的哑铃形“圈套”ODNs,并检测其对NF-kB转录活性和肾小球系膜细胞细胞因子(TNF-α和IL-6)表达的抑制效应。方法:以NF-kB顺式作用元件kB序列为模板,设计包含两个拷贝的kB序列,长度为58个碱基的环状ODNS,合成后部分序列做FAM标记,行转集效率鉴定实验。采用电泳迁移率改变实验(EMSA)体外检测哑铃形圈套ODNs对NF-kB转录活性的抑制效应。提取大鼠肾小球系膜细胞,随机分为正常对照组、LPS刺激组、哑铃形圈...
作者:邵宇鹏; 杨明明; 包格格; 孙英楠; 杨强; 李文滨; 王志坤 期刊:《中国油料作物学报》 2019年第04期
为了探究大豆种子油脂合成与储存基因GmWRI1a的调节,分析其启动子功能,从大豆品种东农50基因组中扩增获得GmWRI1a基因转录起始位点上游1669bp的启动子序列,转化拟南芥。GUS染色确定了启动子的有效性,继而根据顺式作用元件的分布,分别扩增得到4个启动子5'端缺失片段1138bp,1087bp,690bp和437bp。4个启动子缺失片段分别转化拟南芥后,通过GUS组织染色结果发现,这些启动子片段能够驱动下游GUS基因表达。GUS酶活表明,启动子存在乙烯、茉...
作者:于丽娟; 张玉东; KANG; M; S; DANIEL; P; Jeffers; 陈秀华; 徐春霞 期刊:《中国农业科技导报》 2018年第01期
磷转运体在磷吸收和转运过程中具有重要功能,目前对玉米磷转运体研究相对较少。从全基因组范围内鉴定玉米磷转运体并分析其特性,包括:染色体分布、系统进化发育、基因与蛋白结构、保守序列构成、相关顺式作用元件和表达模式。通过分析,发现40个玉米磷转运体,这40个玉米磷转运体分布于除第9染色体外的其他9条染色体,可以细分成4个类群,ClustersⅠ、Ⅳ基因结构和蛋白结构相对保守。进一步分析发现这40个玉米磷转运体中的14个保守序...
作者:李文静; 孙艳香 期刊:《植物研究》 2018年第06期
水稻谷蛋白仅在水稻种子胚乳中表达,其启动子是分离胚乳特异性表达启动子的理想材料。本研究克隆了GluC基因启动子pGluC,生物信息学分析表明pGluC内部含有胚乳特异性表达所需要的Skn-1 motif和ACGT-box元件。将pGluC启动子和7个5′端缺失启动子片段构建到pGPTV-GUS载体上,转化水稻愈伤组织,进行组织化学染色和GUS酶活分析。结果表明:全长及截短的-1 911、-1 611、-1 311 bp启动子均能驱动GUS基因在水稻种子胚乳中高效稳定表达。-99...
作者:薛巨坤; 王博; 王莲萍; 杨春雨; 国会艳; 郝爱平 期刊:《分子植物育种》 2019年第05期
转录因子通过与下游基因启动子上的顺式作用元件的互作调控目标基因的表达,引起一系列的应答反应,从而增强植物的抗逆能力。在我们前期的研究中,通过酵母单杂交技术发现白桦的BplMYB46转录因子能够与一个核心序列为'TGTCGC'的顺式作用元件结合。在本研究中,'TGTCGC'顺式作用元件的每个碱基分别被突变后构建到表达载体pHIS2中,然后利用酵母单杂交技术与BplMYB46转录因子进行互作分析,结果显示,当'TGTCGC'的核心序列的第二个碱基为G/...