摘要：为了保护和利用蓝塘猪种质资源,采用Illumina CAUPorince 50K SNP芯片对139头蓝塘猪进行遗传群体结构分析。结果显示,SNP芯片基因型分型的平均检出率高达98.24%,表明该芯片适合应用于中国地方猪。蓝塘猪的平均遗传距离值为0.3326±0.0339,主成分分析和G矩阵结果表明部分种猪之间亲缘关系较近。139头蓝塘猪种猪可以分成5个家系,分别为家系A、B、C、D和E,其中家系A、B、C和D均有种公猪。蓝塘猪的Y染色体共有两种单倍型,其中家系A和B属于单倍型A,家系C和D属于单倍型B。在蓝塘猪中共检测到1 680个ROH片段,10~20 Mb长度的ROH数量最多、占44.52%,平均每个蓝塘猪的ROH数量为12.09（±5.90）个,平均总长度为246.90（±170.93）Mb。通过SNP芯片,从遗传水平反映了一个蓝塘猪种群的群体结构,为地方猪种的保种、开发与利用提供了有力工具。

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