摘要：生物蛋白质相互作用网络，简称PPI网络，是一种生物信息学中用来表示蛋白质之间相互作用关系的图模型。不同物种PPI网络之间的比对，有着重要的生物学意义，一个好的PPI网络比对算法，显得尤为重要。针对该问题，首次提出了LOBM（Local Optimization based on Bipartitegraph Matching）算法。LOBM是一种能够局部优化既有比对结果，并且利用二分图匹配这一经典图论模型，来提高既有比对算法的比对效果。实验表明，LOBM相比一些现有的比对算法，在比对结果上有较大的提升。

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