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应用肿瘤基因解剖工程数据库检测大肠癌基因表达谱

作者:黄志刚; 冉志华; 陈锦先; 陆玮; 萧树东 200040; 上海; 复旦大学医学院附属华山医院消化内科; 上海市消化疾病研究所; 上海第二医科大学附属仁济医院消化内科; 上海市消化疾病研究所; 上海第二医科大学附属仁济医院消化内科; 上海市消化疾病研究所; 上海第二医科大学附属仁济医院外科; 200040; 上海; 复旦大学医学院附属华山医院消化内科
大肠癌   正常组织   肿瘤基因   癌基因表达   组织标本  

摘要:目的进一步了解大肠癌与正常组织间基因表达谱差异,寻找可能用于临床诊断和治疗的基因标志.方法应用肿瘤基因解剖工程(CGAP)数据库中基因表达短序列分析(SAGE)数据筛查大肠癌和正常组织差异表达基因,并用RT-PCR方法进一步在大肠癌细胞株(SW1116、Lovo、HCT-8、Hce-8693)和20例组织标本中验证.结果在SAGE数据库中共分析大肠癌和正常组织短序列195 160个,发现差异基因216个.对其中17个基因进行RT-PCR验证分析,在细胞株中基因检出阳性率为35.3%~76.5%,组织标本中阳性率为88.2%.对其中转化生长因子β1、蛋白酶体26S亚单位、热休克蛋白1进行半定量RT-PCR,基因差异表达率分别为60%、50%、35%.结论利用CGAP数据库中SAGE数据能快捷、可靠地筛查大肠癌差异基因表达谱,对这些差异基因进一步分析可能为临床诊治大肠癌提供基因标志.

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