首页 期刊 现代食品科技 黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶Rha1的二级结构预测及三级结构模拟 【正文】

黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶Rha1的二级结构预测及三级结构模拟

作者:吴喆瑜; 于越; 巩建业; 李利君; 倪辉 集美大学食品与生物工程学院; 福建厦门361021
生物信息学   二级结构   同源建模  

摘要:本文研究了酶的结构,有利于进一步了解酶的功能,通过对α-L-鼠李糖苷酶Rha1二级结构分析及三级结构模拟,为该酶进行理性设计提供基础。采用GORⅢ、PHD等九个二级结构预测方法对Rha1的二级结构进行分析和预测。结果显示,Rha1二级结构为23.51%α-螺旋,29.77%β-折叠,46.71%无规则卷曲,具有一个与GH78家族相似的(α/α)6桶状结构域及两个β三明治折叠片结构域。利用Swiss-Model以单模板建模的方法构建了Rha1的三维结构模型。根据二级结构的结果,将Rha1分为三个结构域,利用Modeller 9.15以多模板分段建模、结构域拼接的方法构建了该酶的三维结构模型,并对其进行能量最小化优化。利用Ramachandran图以及Verify_3D评估对两种方法构建得到的Rha1的三维结构模型进行评价,其中Swiss-Model构建得到的模型未通过评价,Modeller9.15构建得到的Rha1的三维模型结构合理,通过评价。α-L-鼠李糖苷酶Rha1模型的构建为今后深入研究该酶的结构与功能奠定了基础。

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