首页 期刊 西北农业学报 谷子类甜蛋白基因家族的鉴定与密码子偏性分析 【正文】

谷子类甜蛋白基因家族的鉴定与密码子偏性分析

作者:刘潮; 韩利红; 王海波; 唐利洲 曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心; 生物资源与食品工程学院; 云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室; 云南曲靖655011
谷子   类甜蛋白   聚类分析   密码子偏性  

摘要:类甜蛋白在植物的生长发育和抵御胁迫过程中发挥作用。利用生物信息学方法对谷子类甜蛋白家族基因组成、结构、启动子顺式作用元件、密码子使用偏性等进行分析。结果表明,谷子类甜蛋白家族包含43个成员,分布在9条染色体上,分为3种基因结构类型,其中16个成员仅包含1个外显子,14个包含3个外显子成员的内含子相位均为1-2型。根据系统发育分析归为12个聚类组,聚类组5中的基因主要来自Ⅲ号染色体,聚类组6中的基因主要来自Ⅰ号染色体,其内含子相位多为1-2型,这些基因可能来自同一祖先基因,与进化过程中的染色体重组事件有关。88.4%的基因参与应激反应,多个基因启动子区含有激素和胁迫响应元件,说明该家族基因在植物抵御胁迫过程中发挥作用。多数基因有效密码子数(ENC)较小,密码子的第3位的G+C含量(GC3s)值分布集中,包含10个最优密码子,均以G或C结尾,表明谷子类甜蛋白家族基因密码子使用偏性强,基因表达潜力高,进化过程中主要受自然选择压力影响。

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