首页 期刊 山西医科大学学报 肥胖大鼠经Roux-en-Y胃旁路术减重后脂肪组织差异基因表达的生物信息学分析 【正文】

肥胖大鼠经Roux-en-Y胃旁路术减重后脂肪组织差异基因表达的生物信息学分析

作者:申晶; 苗俊秋; 高丽娟; 王德平; 左琳; 曹济民 山西医科大学生理学系; 太原030001; 细胞生理学教育部重点实验室; 山西医科大学药学院药物化学教研室
geo数据库   生物信息学   肥胖   胃旁路术  

摘要:目的 通过对肥胖相关基因芯片进行生物信息学分析,探讨肥胖治疗的新靶点。方法 从基因表达数据库(GEO)下载Roux-en-Y减重手术(RYGB)前后肥胖Sprague-Dawley(SD)大鼠脂肪组织相关基因表达谱数据GSE8314,利用R语言筛选差异基因,利用DAVID数据库对差异基因进行GO和KEGGpathway富集分析,利用STRING在线工具进行PPI网络构建。结果 共筛选出890个RYGB术前后SD大鼠脂肪组织差异表达基因,其中上调基因386个,下调基因504个。GO分析发现,这些差异基因主要参与25个生物学过程,3个分子功能,12个细胞组分。KEGGpathway富集分析发现这些差异基因主要涉及蛋白质消化吸收(rno04974)、细胞色素P450对异生素的代谢(rno00980)、药物代谢-细胞色素P450(rno00982)、花生四烯酸代谢(rno00590)、脂肪细胞因子信号通路(rno04920)等。利用STRING在线工具分析发现,这些差异基因编码的蛋白存在相互作用。Bdkrb1,Ccl6,Pf4为蛋白-蛋白相互作用网络中的核心节点。结论 通过对GSE8314芯片数据进行挖掘发现,RYGB术后SD大鼠脂肪组织的基因表达有明显差异,并筛选出肥胖密切相关的基因Bdkrb1、PF4,后者有可能成为肥胖的药理学治疗靶点。

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