《生物信息学》杂志2017年第04期期刊目录-发表之家

斑马鱼转座子时空表达特性

作者：高波; 王伟; 钱跃; 陈才; 钟继汉; 沈丹; 陈伟; 宋成义刊期：2017年第04期

转座子是基因组中可移动和扩展的元件,能够插入新的位点,影响基因组和基因的结构和功能,是基因组进化的内在驱动。为探讨转座子的时空表达特性,首先通过生物信息学方法鉴定出斑马鱼9个疑似活性转座子,包括DNA转座子Tc1家族（Tc-a、Tc-b、Tc-c、Tc-d、Tc-e）、反转录转座子ERV家族（ERV-1、ERV-2）和LINE家族（L1-323、L1-21）,然后采用实时荧光...
泛素羧基末端水解酶-1（UCHL1）的分子进化分析

作者：张瑜; 孙兆贵刊期：2017年第04期

泛素羧基末端水解酶-1（ubiquitin C-terminal hydrolase L1,UCHL1）是一种去泛素化酶,特异性表达于脑与生殖腺,具有去泛素化活性、稳定细胞内泛素单体的功能。为确定UCHL1在脊椎动物中是否普遍存在,从而选择身体构造更简单的模式动物研究其生物学功能,通过生物信息学手段分析脊椎动物门的11种生物中基因UCHL1的分子进化情况,分析显示UCHL1基因...
一种基于基因拓扑重要性的通路识别方法

作者：方宏源; 昝乡镇; 沈良忠; 刘文斌刊期：2017年第04期

癌症相关通路的识别是认识癌症发生发展过程机制的生物学基础。已有的通路识别方法很少考虑基因在通路中的拓扑重要性。重叠基因降权（PADOG）方法在基因集分析（GSA）方法的基础上融入了基因特异性的影响,提高了癌症相关通路的识别性能。为进一步提高癌症相关通路的识别性能,首先统计了KEGG通路数据集中基因出度的分布情况,根据基因出度的大小...
数据挖掘技术分析hMTERF1在胃癌中的表达及预后作用

作者：孙美涛; 自加吉; 杨勇琴; 严长宝; 戴莉萍; 余敏; 熊伟刊期：2017年第04期

为了探讨人线粒体转录终止因子1（human mitochondrial transcription termination factor 1,h MTERF1）在胃癌中的表达及预后意义,利用Bio GPS数据库分析h MTERF1在正常组织中的表达;利用Oncomine数据库检索关于h MTERF1基因的信息,并对h MTERF1基因在胃癌中的表达进行荟萃分析;利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析h MTERF1表达对不同Lauren分...
两种药物协同效应对酵母细胞转录组的影响

作者：沈成; 童侨; 金一然; 袁辰阳; 罗静帆; 黄新河刊期：2017年第04期

寻找抗衰老活性分子并研究其作用机制是衰老药物学的研究重点和热点。前期研究发现活性分子多球壳菌素和雷帕霉素可通过分子间协同效应延缓芽殖酵母细胞衰老。为了考察这两种小分子协同效应对细胞转录组的影响,利用DNA Microarray技术及生物信息学手段系统分析了这两种小分子药物协同处理对基因表达谱、基因本体聚类及相关信号通路的影响。研究...
虚拟场景的下肢康复训练系统的设计与实现

作者：王子梅; 徐秀林; 安美君刊期：2017年第04期

大多数的脑卒中患者在下肢运动方面有障碍,给其生活带来了极大的不便,进行及时有效的康复训练是恢复下肢运动功能的关键。传统的下肢康复训练过程中重复性高,患者的参与度低和互动性差。为了解决该问题,本研究设计了一种基于虚拟场景的下肢康复训练系统。该系统实现了结合虚拟现实技术进行下肢康复训练和评估,采集和处理足底压力数据,控制虚拟场...
肠道病毒71型感染相关调控枢纽基因筛选

作者：朱祥; 尧晨光; 胡康洪刊期：2017年第04期

肠道病毒71型（enterovirus 71）是引起婴幼儿手足口病的重要病原体,目前尚无特效抗病毒药物,并且宿主对病毒感染的应答研究有限。为深入研究病毒感染后宿主调控机制,分析了EV71感染RD细胞的基因表达芯片数据,筛选到与感染时间相关的6 642个差异基因;同时使用加权基因共表达网络分析方法（WGCNA）构建基因调控网络,得到和病毒感染时间呈强正负关...
Mg^2＋依赖性蛋白磷酸酶1δ的生物信息学分析

作者：刘畅; 刘安刊期：2017年第04期

Mg2＋依赖性蛋白磷酸酶1δ（protein phosphatase magnesium-dependent 1δ,PPM1D）作为肝癌潜在的预后标志物和治疗靶点,其致癌机制和预后价值仍未完全阐明。为了全面认识PPM1D,使用生物信息学方法,对PPM1D蛋白的序列同源性、组织表达、亚细胞定位、理化性质、空间结构及蛋白质相互作用网络进行分析。结果表明：人PPM1D基因编码605个氨基酸组成的...
公共卫生大数据研究进展——生物信息的新领域

作者：马天有; 胡曦; 王丽娜; 杜建强; 吴晓明刊期：2017年第04期

大数据时代的公共卫生面临新的机遇和挑战。为了推动公共卫生大数据的应用,准确把握其内涵,开发针对性的解决方案,达到改善人们健康状况的目的,基于此对公共卫生大数据的现状进行了分析和论证。研究表明：通过对多个不同来源公共卫生数据进行收集和整理,能够形成公共卫生大数据,通过深入挖掘和分析,能够获取重大疾病影响因素、流行病的传播规律...

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斑马鱼转座子时空表达特性

泛素羧基末端水解酶-1（UCHL1）的分子进化分析

一种基于基因拓扑重要性的通路识别方法

数据挖掘技术分析hMTERF1在胃癌中的表达及预后作用

两种药物协同效应对酵母细胞转录组的影响

虚拟场景的下肢康复训练系统的设计与实现

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