首页 期刊 水生生物学报 33种鱼类微型反向重复转座元件鉴定 【正文】

33种鱼类微型反向重复转座元件鉴定

作者:胡竞文; 邵峰; 赵连鹏; 韩民锦; 彭作刚 西南大学生命科学学院; 淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室; 重庆400715; 西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室; 重庆400715
鱼类   插入时间   分布位置  

摘要:微型反向重复转座元件(MITEs)是一类短的非自主DNA转座子,其分布的位置会对宿主产生影响。文章使用生物信息学的方法对无颌类、软骨鱼纲、肉鳍鱼纲和辐鳍鱼纲鱼类基因组进行了MITEs预测,最终在33种鱼类基因组中鉴定出2433个M I T E s家族。文章发现鱼类基因组中M I T E s含量存在较大差异(0.11%—21.18%),并且MITEs含量与鱼类基因组大小呈正相关关系。根据末端重复序列(TIRs)和靶位点重复序列(TSDs)的特征将MITEs分为10个超家族,其中TC1-Mariner超家族的含量最高。MITEs在鱼类基因组中的插入事件主要发生在4百万年前至今,大多数物种的MITEs在2百万—0.5百万年前发生了爆发式扩增。鱼类基因组中的MITEs多数插入到基因内部或附近,这些转座子可能在基因的表达调控方面存在重要作用。

注:因版权方要求,不能公开全文,如需全文,请咨询杂志社

学术咨询 免费咨询 杂志订阅