摘要：抗病相关SNP标记的筛选是抗病选育的基础与前提。为获得与尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）链球菌（Streptococcus agalactiae）抗性性状相关的单核苷酸多态性（single nucleotide polymophisms, SNPs）标记，本研究通过克隆测序或PCR产物直接测序法，从20个亲本家系的39尾尼罗罗非鱼的β干扰素启动子刺激物1（interferon-b promoter stimulator 1, IPS-1）基因的测序序列中筛选得到36个SNPs位点。通过snapshot分型法对子代中的链球菌敏感群体（susceptible group, SG）（82尾）和抗性群体（resistance group, RG）（84尾）进行分型，并利用Popgen32软件统计分析IPS-1基因各SNPs 位点在两个群体的多态性和遗传参数，结果显示，多态信息含量（polymorphism information content, PIC）介于0.02-0.37，所检测SNPs位点呈现出低度或中度多态。通过SNP位点与链球菌抗性/敏感性状之间的关联分析，发现位点S8（T-3059C）与链球菌敏感性状显著相关（P＜0.05）。利用Haploview 4.2软件分析IPS-1基因中的36个SNPs位点所形成的单倍块和连锁不平衡情况，结果显示，36个位点可构成6个单倍块和22个单倍型；其中单倍块2中的单倍型H2-3（GTTG）和单倍块3中的H3-4（TTDGTTGAGCGCCA）、H3-2（CCDGTTGAGCGCCA）3个单倍型与尼罗罗非鱼链球菌敏感性状显著相关（P＜0.05），单倍块3中的单倍型H3-5（TCDGTTGAGCGCCA）则与尼罗罗非鱼链球菌抗性性状显著相关（P＜0.05）。上述结果表明，筛选到的尼罗罗非鱼IPS-1基因的1个SNPs位点和4个单倍型可作为抗链球菌病尼罗罗非鱼选育的候选分子标记。该研究可为抗链球菌病尼罗罗非鱼新品系的选育提供了资料基础。

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