作者:刘占悝; 刘泽余; 李智杰; 孙飞雁; 郭利 期刊:《中国兽医科学》 2020年第01期
牛病毒性腹泻病毒(BVDV)是牛的主要病原之一,对全球养牛业造成了巨大的经济损失。本文根据GenBank中BVDV基因组中5′-UTR序列合成引物,建立了同时检测BVDV两个基因型的RT-PCR方法。结果显示,所建方法具有较强特异性和敏感性,可扩增出长约300 bp的特异性片段,最低检测限量为6.8×10~3copies/μL。用该方法对30份临床样品进行病原检测,结果显示,BVDV阳性样品4份,阳性率为13.33%。对阳性PCR产物测序及序列分析的结果表明,该牛病毒性腹泻...
作者:李勇; 李生虎; 贺林芝 期刊: 2020年第01期
为研究宁夏地区猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的流行规律,应用RT-PCR的方法从PRRSV分离株GP3蛋白中扩增出ORF3基因cDN段。结果显示,ORF3基因全长765 bp,编码254个氨基酸,与北美型毒株VR-2332的同源性达到85%以上,与欧洲型毒株LV的同源性低于60%,与国内近3年主要流行毒株JXA1、HEB1、HUB2亲缘性较近。对PRRSV分离株的亲水性分析表明,GP3蛋白的前57位氨基酸为疏水性信号肽序列;对PRRSV分离株GP3蛋白抗原表位分析表明,与国内外其他毒株抗...
作者:黄建华; 孙强; 杨迎青; 兰波; 李湘民 期刊:《植物保护》 2020年第01期
少毛钝绥螨Proprioseiopsis asetus是在国内有分布的一种捕食螨,其研究尚不深入。为明确其生物学特性,在25℃室内条件下研究了少毛钝绥螨对芦笋蓟马1龄若虫、柑橘全爪螨低龄若螨、椭圆食粉螨1龄若螨和丝瓜花粉的食性。结果表明:少毛钝绥螨可以取食以上4种食物,其中对粉螨和芦笋蓟马的捕食量较大,对柑橘全爪螨捕食量较小。少毛钝绥螨及其近缘种的rDNA ITS序列在61~85、116~159、177~198、224~254、277~317、531~549、438~445 bp和58...
随着生物信息学与生物技术的不断发展,生物信息数据库中数据呈指数增长,理解其中所包含的生物学知识,揭示生物内在规律将成为今后自然科学研究中的重要课题。对近几年来国外常用生物信息数据库的使用作了简介,同时也较为详细地描述了如何进行序列分析。
多序列比对能够揭示出一系列DNA或蛋白质序列之间的关系,发现序列间的保守区域.主要介绍了几种较为常用的多序列比对程序及其使用技巧.
热激蛋白90是一类广泛分布与各类生物体中、高度保守的分子伴侣。HSP90s具有帮助受损蛋白的转运、折叠,防止聚集并恢复其正常构象等功能。昆虫HSP90s与生长发育、滞育和杀虫剂抗性等均相关。本研究在全基因组水平对家蚕HSP90s进行了鉴定,共分析获得3个基因(BGIBMGA004612、BGIBMGA012753和BGIBMGA001241)。根据系统发生分析,对家蚕HSP90s分别命名为Bm HSP90A1、Bm HSP90B1和Bm Trap1,它们分属于3个亚家族。家蚕与黑腹果蝇HSP90s...
以按蚊胰蛋白酶基因的氨基酸序列为信息探针,对家蚕EST数据库进行同源检索筛选,克隆了家蚕一种新的胰蛋白酶基因.该基因编码271个氨基酸,与按蚊胰蛋白酶的一致性为32%,含有典型的胰蛋白酶功能结构域Tryp-SPc,但在催化三联体中His不保守,被Tyr替代.
作者:房守敏; 伍春莲 期刊:《蚕学通讯》 2011年第01期
热休克蛋白70(HSP70)广泛分布于生物体中,在蛋白转运、耐热性、细胞保护等方面起着重要作用。本研究以黑腹果蝇的一个HSP70氨基酸序列与家蚕基因组预测的基因库进行tBlastn检索,共获得了多个可能的家蚕HSP70基因,我们对编号为BGIBMGA002381进行了电子克隆。BGIBMGA002381基因的编码区序列与家蚕ESTs数据库进行Blastn比对检索,共获得了20条ESTs证据,经SeqMan拼接获得家蚕HSP70的cDNA序列长2057 bp,其编码区长1950 bp,共编码649个...
作者:黄阜峰 期刊:《湖北师范大学学报·哲学社会科学版》 2018年第04期
应用同源克隆方法,从三芒山羊草中克隆到了一个新的重复DNA序列,测序证明:是与转座因子有关的基序为372bp的重复DNA序列。Souther杂交结果证明分离到的新的重复DNA序列来源于三芒山羊草基因组。荧光原位杂交(FISH)结果显示,该重复序列分布在山羊草的UM1M2等三个基因组的多条染色体上,主要位于染色体的着丝粒以及端粒附近。并就特异重复序列在山羊草研究中的应用进行了讨论。
作者:马云; 盛熙雯; 曹宝红; 朱克华 期刊:《中国牛业科学》 2008年第03期
本研究以牛的乙酰辅酶A合成酶2(ACAS2)基因为研究对象,利用生物信息学方法和同源序列克隆技术,对牛的ACAS2基因进行了电子克隆和序列分析,并对推导出的ACAS2蛋白结构与性质进行了初步分析。实验结果:牛ACAS2基因的eDNA序列长2726 bp,包括了2106 bp的开放阅读框序列(ORF),54 bp的5非翻译区序列(5 UTR)和566 bp的3非翻译区序列(3′UTR),由702个氨基酸组成。该基因cDNA核苷酸编码区序列与人,猕猴,小鼠,黑猩猩,家犬...
作者:叶玉妍; 梁海峰; 杨礼香 期刊:《生物资源》 2018年第05期
本实验为研究番杏(Tetragonia tetragonioides)功能基因表达模式提供内参基因,根据登录在NCBI上植物的Actin基因的保守区域设计简并性引物,通过RT-PCR克隆获得番杏的Actin基因片段,将该片段连接于载体pGEM-T后进行测序,并将该基因序列通过生物信息学软件进行分析。结果显示,克隆所得基因片段大小为598 bp,编码198个氨基酸;该序列与登录在NCBI上的其他植物的Actin基因的核苷酸序列的同源性最大可达86%以上,编码蛋白的氨基酸序列同...
作者:陶双燕; 邱雨莹; 杨黎江; 杨叶秀; 刘子超 期刊:《生物资源》 2017年第04期
新型抗菌肽研究有助于解决细菌对抗生素的耐药性问题。本研究用SMART技术构建了景东湍蛙Amolopsjing—dongensis皮肤的全长cDNA文库。通过单克隆和测序获得一个抗菌肽cDNA序列,序列比对结果表明其属于jindongenin-1家族,命名为jindongenin-1d。其cDNA序列全长321bp,编码含66个氨基酸残基的多肽。该多肽包括1个信号肽和1个前肽序列。成熟jindongenin-1d多肽包含24个氨基酸残基,理论分子量为2709.38,等电点为9.24。对人工合成...
作者:胡忆文; 唐连飞; 谭建锡; 禹思宇 期刊:《中国动物检疫》 2020年第02期
为了解湖南省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,对湖南省2016-2019年分离的4株PRRSV(Hunan/2016/075、Hunan/2017/085、Hunan/2018/123、Hunan/2019/055)进行全基因组测序,对其ORF5、NSP2基因以及全基因组核苷酸序列进行分析。结果显示,分离的4株病毒株均为美洲型,全基因组同源性为83.1%~98.7%,其中3株属于高致病型,1株为属于类NADC30型。Hunan/2016/075、Hunan/2017/085毒株全长序列与谱系5中亚系5.1的代表性毒株BJ-4...
作者:刘彩红; 曹玉姣; 丁航天; 崔宁宁; 王凌霄; 贺雯熹; 霍宁宁; 黄柏成; 刘玉秀; 田克恭 期刊:《动物医学进展》 2020年第01期
为了解山东地区水貂犬瘟热病毒(CDV)遗传变异特征,采集水貂养殖场的发病水貂病料,通过RT-PCR鉴定为CDV阳性,将阳性病料接种Vero/Dog SLAM细胞进行病毒分离,通过间接免疫荧光、电镜负染、测序等方法鉴定,得到4株犬瘟热病毒,分别命名为WD1株、WD2株、WX1株和WX2株。分离株H基因测序结果显示,WD1株、WD2株、WX1株均为Asia-Ⅰ型,其中WD1和WD2与近几年仅在水貂和狐狸养殖场流行的新犬瘟热毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.5%~99.2%...
作者:张榕蓉; 王雅慧; 李彤; 丁旭; 徐志胜; 熊爱生 期刊:《植物资源与环境学报》 2019年第04期
以胡萝卜品种‘黑田五寸’(Daucus carota var.sativa‘Heitian Wucun’)为研究对象,采用RT-PCR技术从叶片cDNA中克隆获得DcWRKY69基因片段,并对该基因及其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析;同时,采用RT-qPCR技术比较了0.1 mmol·L^-1茉莉酸甲酯(MeJA)、1.0 mmol·L^-1水杨酸(SA)、0.1 mmol·L^-1赤霉素(GA3)和0.1 mmol·L^-1脱落酸(ABA)处理12 h内叶中DcWRKY69基因相对表达量的差异。结果表明:DcWRKY69基因包含1个长度为783 bp的开...
作者:陈慧萍; 姜孝玉; 涂洪斌; 杜晶春; 卫剑文; 杨文利; 徐安龙 期刊:《中国生物化学与分子生物学报》 2004年第02期
以金钱鱼(Scatophagus argus)毒腺为出发材料,构建以真核表达载体pcDNA3.0为基础的金钱鱼毒腺cDNA表达文库.应用SMART^TM cDNA Libra,Construction技术和生物信息学分析等方法,通过对文库克隆的序列测定和初步生物信息学分析,获得了201个金钱鱼新表达序列标签(ESTS),其中已确定全长cDNA的克隆有27个,包括多个核糖体大小亚基蛋白(ribosomal protein)、细胞凋亡相关蛋白(programmed cell death 10),G蛋白信号调控子(G protei...
作者:彭巧玲; 蒲友光; 王志方; 聂刘旺 期刊:《中国生物化学与分子生物学报》 2005年第05期
参照近源物种线粒体基因组序列,设计17对特异引物,采用PCR产物直接测序法测得中华鳖线粒体基因组全序列.初步分析其基因组特点和各基因的定位,用pDRAW32软件预测12种限制性酶对其的酶切图谱.结果表明,中华鳖线粒体基因组全长17 364bp,核苷酸组成为35.23%A、27.26%T、25.73%C、11.78%G,包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区.基于线粒体基因组编码的13个蛋白质的氨基酸序列,用NJ法和MP法构建系统进化...
作者:陈润强; 金扬; 周兴丁; 吕秋敏; 王婉瑜; 熊郁良 期刊:《中国生物化学与分子生物学报》 2004年第01期
从菜花烙铁头蛇的毒腺中,利用RT-PCR进行体外扩增,克隆到2个金属蛋白酶-去整合素基因,命名为TJM-1、TJM-2.TJM-1 cDNA全长为1528bp,编码481个氨基酸;TJM-2 cDNA全长为1578bp,编码484个氨基酸.TJM-1和TJM-2都属于Ⅱ型蛇毒金属蛋白酶,由信号肽、前肽、金属蛋白酶、间隔肽和去整合素5部分组成,Ⅱ型蛇毒金属蛋白酶氨基酸序列的比较及进化分析显示,它可进一步分为两类,一类包括大多数Ⅱ型蛇毒金属蛋白酶(其中含有TJM-1),而...
作者:刘海燕; 胡东; 冉宇靓; 遇珑; 孙立新; 刘军; 张新宇; 杨治华 期刊:《中国生物化学与分子生物学报》 2005年第01期
为获得肿瘤血管生成相关基因,以便为抗血管形成治疗肿瘤的新策略提供有价值的靶位,采用人新鲜的肝癌、肺癌组织匀浆活化人脐静脉内皮细胞(HUVEC),并构建了cDNA表达文库.利用抑制消减杂交(SSH)获得活化HUVEC高表达的基因片段,放射标记后筛选文库.获得的阳性克隆进一步进行差异杂交筛选,去除假阳性.共获得了177个阳性克隆,对其中74个克隆进行序列分析,发现它们代表32个基因,其中多个与肿瘤血管生成相关,1个为与细胞色素c氧化酶亚单位...