作者:颜宏利; 贺艳; 刘凡; 杨湘越; 孙树汉 期刊:《中国生物化学与分子生物学报》 2004年第02期
为获得低分子量、低免疫原性的膜联蛋白AnxB1的序列缺失突变体,以AnxB1 C端的4个内部同源结构域为基础,模拟构建了4个突变体群.利用同源模建的方法对各突变体进行结构模建和分子优化,最后选择4个结构最为合理的突变体在大肠杆菌GST融合表达系统中表达.结果显示:GST-M3和GST-M4均表达出较强的抗凝血活性,且免疫原性也降低为原来的1/2,为进一步构建兼具抗凝、溶栓双重功能的靶向性溶栓药物奠定了基础.
作者:黄佳俊; 林淑玲; 欧阳萍兰; 魏韬; 郑倩望; 叶志伟; 郭丽琼; 林俊芳 期刊:《化学研究与应用》 2018年第08期
10-去乙酰巴卡亭Ⅲ乙酰基转移酶(DBAT)是紫杉醇生物合成途径中催化10-去乙酰巴卡亭Ⅲ生成巴卡亭Ⅲ的一个关键酶,由于其催化效率低,使得天然巴卡亭Ⅲ和紫杉醇含量都很低,紫杉醇细胞工厂的构建也受到严重制约。本研究利用MODELLER同源建模软件,构建了未报道晶体结构的DBAT三维结构模型,结合分子动力学模拟DBAT在稳定状态前后氨基酸的位置变化,分析关键氨基酸改变对酶催化活性的影响,获得位点His162和Arg365。利用虚拟定点突变和分子...
作者:张雪; 谭强; 赵文博; 段旭阳; 冯振月; 马金柱; 崔玉东; 于永忠 期刊:《中国兽医学报》 2018年第05期
为了解羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)单克隆抗体2E4的抗体可变区的分子特征,选择其轻链和重链可变区基因分别进行体外扩增和测序,并通过IgBLAST程序分析(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/),确定了2E4抗体可变区的互补决定区(complementarity determining regions,CDRs)和骨架区(framework regions,FRs)氨基酸结构。继而,采用SWISS-MODEL同源建模方法,展示抗体分子轻、重链可变区的三维空间构型,并推测...
作者:乔晶; 崔晟榕; 石宏武; 罗祖良; 马小军 期刊:《生物技术通报》 2019年第02期
环阿屯醇为植物甾醇类化合物,也是诸多甾醇类化合物生物合成的关键前体物质之一,具有抗炎、抗氧化、抗肿瘤、调节胆固醇等多种药理活性。课题组前期克隆了罗汉果环阿屯醇合酶基因(Cycloartenol Synthase,CAS)并对其进行了功能验证(GenBank登录号:HQ128566)。但该酶的催化活性位点及催化机制尚不明确,阻碍了进一步的改造及应用。本研究利用同源建模预测CAS的三维结构,结合分子对接模拟技术分析该酶与底物的相互作用,结果表明,Asp491...
作者:庞倩; 陈晶; 王小红; 王佳 期刊:《中国生物工程》 2018年第12期
黄曲霉毒素B1(aflatoxinB1,AFB1)是一种毒性强、污染广的真菌毒素,建立高效、准确、快速的AFB1检测方法具有重要意义。利用噬菌粒-辅助噬菌体展示系统构建单链抗体(singlechainvariablefragment,scFv)文库,应用“淘选-洗脱”的策略,是筛选高亲和配体的常用方法之一。同时结合同源建模和分子对接等计算机辅助手段,分析得到抗体与抗原的结合位点与关键氨基酸,为在基因水平改造抗体提供基础。从AFB1-BSA免疫小鼠的脾细胞内扩增重链可...
作者:刘燕茹; 于敬达; 李丽娜; 罗利霞 期刊:《科技通报》 2017年第12期
针对当前甲状腺亢进症药物治疗存在的治愈时间长、且毒副作用大等问题,文章提出并实现了一种基于现有过氧化酶抑制剂甲亢平、甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶以及甲硫氧嘧啶的新型TPO抑制剂的计算机辅助设计和虚拟筛选方法。首先,利用MOE软件同源模建的方法构建过氧化酶的三维结构;其次,利用MOE软件包中的分子对接获得现有抑制剂与TPO同源模版的两种结合模式,即五元硫脲嘧啶和六元咪唑环。最后,根据现有抑制剂与TPO同源模版的两种结合模式确...
作者:张贝; 郝文文; 耿立英; 彭永东; 张传生; 李祥龙 期刊:《河北科技师范学院学报》 2019年第01期
为了筛选鸡IFIT5基因潜在的、具有生物学功能的nsSNPs(nonsense Single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点和UTR-SNPs(untranslated regions-SNPs)位点。利用5种SNPs在线工具对nsSNPs进行分析预测有害位点;使用SWISS-MODEL,Pymol,Consurf server等软件对有害nsSNPs位点进行蛋白质的空间结构,氨基酸的氢键变化,及保守型等进行相关分析。此外,对UTR-SNPs位点使用UTRScan分析预测其结合模式元件是否改变。结果表明:从IFIT5基因的nsS...
作者:黄庆; 唐乐丽; 王晓萌; 范新炯; 李荷 期刊:《基因组学与应用生物学》 2018年第04期
利用生物信息学方法对β-葡萄糖苷酶Bgl2238的氨基酸序列进行分析。采用Prot Param、DNAMAN、Multicoil、SOPMA、PROSAN等软件对其理化性质、亲/疏水性、不稳定指数、PEST序列、蛋白质二级结构及蛋白质修饰位点等重要参数进行预测,并对其三级结构进行同源建模及模建结果质量的评估。结果发现:Bgl2238由745个氨基酸组成,蛋白质序列中α-螺旋占36.64%,β-延伸链占19.06%,β-转角占9.40%,无规则卷曲占34.90%,存在14段非PEST序列,具有41个...
作者:李轩豪; 苏锦松; 刘秀华; 龙伟; 邹忠梅; 孟宪丽; 张艺; 唐策 期刊:《中国中药》 2019年第15期
为研究藏族药翼首草中主要化学成分与药性'苦味'受体的相互作用,揭示翼首草中'苦味'药性成分,通过同源模建的方法构建'苦味'受体TAS2R16,TAS2R14,TAS2R13的三维结构模型,利用Maestro软件将翼首草化学成分与'苦味'受体进行对接。结果发现,翼首草25个化学成分可调控'苦味'受体相关的3个亚型,且主要为环烯醚萜苷和酚酸类成分。该研究着重于同源模建和分子对接技术的综合应用,探讨'苦味'化学成分与'苦味'受体的相互作用及其分子机制,为...
作者:吴清晨; 许勤龙; 莫佳佳; 赵炎; 朱启华; 何广卫; 储昭兴; 李家明 期刊:《化学试剂》 2019年第04期
作者:刘璋敏; 巢佳佳; 冯雁; 李谦; 崔莉 期刊:《中国药科大学学报》 2018年第03期
谷氨酸脱氢酶可在NAD(P)H辅因子协助下催化α-酮戊二酸和谷氨酸之间的转化,是氮代谢途径的关键酶。基于基因组BLAST分析预测,吸水链霉菌5008(S5008)中SHJG7666是谷氨酸脱氢酶的编码基因。本研究在大肠杆菌中对SHJG7666蛋白进行了异源表达,并对其酶学性质进行了表征。系统发育树及同源建模结构分析显示SHJG7666具有保守的谷氨酸、α-酮戊二酸结合域以及经典的GXGXXG二核苷酸结合基序,其活性中心由Lys^60,Lys^78,Asp^120催化功能位...
作者:陶佳妮; 李赟; 姚娣; 沈; 陈轩; 周坚 期刊:《食品工业科技》 2016年第01期
为进一步了解咖啡豆α-半乳糖苷酶的结构,对咖啡豆α-半乳糖苷酶的理化性质、二级结构及三级结构等进行了理论分析和预测,并在三级结构的基础上进行同源建模研究。分析表明,该酶呈酸性,亲水,稳定。二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,其空间结构与大米α-半乳糖苷酶相似度较高,以此为模版构建了可靠的三维结构模型。模型的一侧是由8个α-螺旋和8个β-转角形成的球状结构,另一侧是8个β-转角。实验结果为咖啡豆α-半乳糖苷酶的空间结构和催...
作者:赵恒毅; 胡梦薇; 史玉欢; 王宇; 祁红; 荣征星; 徐见容; 王昊 期刊:《现代生物医学进展》 2017年第32期
目的:探讨不同同源模板所获得M1毒蕈碱乙酰胆碱受体模型的合理性及可靠性。方法:以牛视紫红素受体、人源β2-肾上腺素受体、M2胆碱受体和M3胆碱受体为模板,分别对M1胆碱受体进行同源建模;采用分子对接获得各M1胆碱受体同源模板与配体的互作模式,并与已报道的M胆碱受体晶体结构进行静态比对,得到最佳M1胆碱受体同源模板;采用分子动力学模拟分析配体与关键残基距离的变化,对M1胆碱受体同源模板进行动态验证。结果:M2胆碱受体...
作者:杨雄振; 郭玉杰; 涂涛; 姚斌; 罗会颖; 缪礼鸿 期刊:《微生物学报》 2018年第12期
【目的】挖掘新颖的低温α-淀粉酶基因资源,并对其适冷机制进行分析,可以加深我们对低温酶的认识并为酶分子改良提供科学依据。【方法】根据嗜热子囊菌(Thermoascus crustaceus)JCM12803全基因组序列信息,利用PCR的方法获得一个α-淀粉酶基因Tcamy,将其插入至表达载体pPIC9后,在巴斯德毕赤酵母(Pichiapastoris)GS115中异源表达,测定其酶学性质。同时采用氨基酸序列分析和同源建模的方法获得其三维结构,分别从蛋白序列-结构-功能层面...
作者:薛晓怡; 冯铁男; 王群群; 王翼飞 期刊:《上海大学学报·自然科学版》 2011年第06期
P311蛋白广泛表达于多种组织,并参与体内细胞分化、调节其他蛋白/基因转录、创伤修复、肿瘤发生等多种正常或异常的生物学活动.研究发现,金属硫蛋白ⅡA(metallothioneinⅡA,MT2A)参与P311基因的表达,并起着关键性的调节作用,这说明二者存在着相互作用的关系.采用同源建模的方法构建P311蛋白的3D结构,使用Autodock4.0软件将结构模型与MT2A进行分子对接,模拟蛋白质间的相互作用,预测二者的作用区域,找出可能的关键残...
作者:吴玲; 何佩勋; 孙磊; 吴晚杰; 刘京; 曹洪玉 期刊:《化学研究与应用》 2017年第06期
G蛋白偶联受体81(GPR81)激动剂不仅可以发挥出GPR109A激动剂治疗血脂障碍的功效,还可降低副作用,但GPR81属于膜蛋白且三维结构未知,其与药物作用情况仍难以解析。本文基于已知的GPR81一级序列,采用同源模建的方法构建GPR81蛋白三维结构,运用拉氏图和Profile-3D对模型进行评估,通过分子动力学,加膜,loop环区等方法对模型进行优化,得到蛋白最优模型,模型Verify Score为130.27(预期Verify Score值区间为60.8112~135.136),并计算分...
作者:张丽娟; 白兰; 师健友; 何俊 期刊:《中国药房》 2017年第25期
目的:研究戊乙奎醚光学异构体对毒蕈碱型(M)受体亚型的亲和性,为揭示戊乙奎醚的作用靶点及药效选择性提供参考。方法:利用同源建模和分子对接等分子模拟技术,通过比较戊乙奎醚不同光学异构体R1(3R,2′R)、R2(3R,2′S)、S1(3S,2′R)和S2(3S,2′S)与M受体亚型M1-M5的结合能,判断其与M受体亚型的亲和性。结果:戊乙奎醚4个光学异构体均能够对接到M受体各亚型的活性位点,不同异构体与不同M受体亚型的分子对接显示出较大差...
作者:吴喆瑜; 于越; 巩建业; 李利君; 倪辉 期刊:《现代食品科技》 2017年第06期
本文研究了酶的结构,有利于进一步了解酶的功能,通过对α-L-鼠李糖苷酶Rha1二级结构分析及三级结构模拟,为该酶进行理性设计提供基础。采用GORⅢ、PHD等九个二级结构预测方法对Rha1的二级结构进行分析和预测。结果显示,Rha1二级结构为23.51%α-螺旋,29.77%β-折叠,46.71%无规则卷曲,具有一个与GH78家族相似的(α/α)6桶状结构域及两个β三明治折叠片结构域。利用Swiss-Model以单模板建模的方法构建了Rha1的三维结构模型。根据二级结构...
作者:韦旭钦; 李晓明; 廖东庆; 黄日波 期刊:《生物信息学》 2017年第01期
普鲁兰酶(Pullulanase)是脱支酶,因其能水解葡聚糖的α-1,6-糖苷键而有不同的工业应用潜力。本研究通过同源建模和分子对接的方法对长野芽孢杆菌(Bacillus naganoensis)普鲁兰酶进行建模及其三维结构分析,表明该普鲁兰酶由CBM41-X45a-X25-X45b-CBM48-GH13_14多结构域组成,并在酶蛋白中心形成其催化区,催化区的Asp619、Glu648和Asp733三个残基构成酶的催化三联体。同时,通过柔性对接研究了酶与底物分子相互作用的关系,并预测构成...
作者:成磊; 吴海珍; 费静; 张鲁嘉; 叶江; 张惠展 期刊:《细胞与分子免疫学》 2017年第03期
目的制备4-戊基苯酚(4-AP)单克隆抗体(mAb),通过分子生物学方法对其可变区cDNA克隆和同源建模,为4-AP单链抗体制备及抗体分子层面改造奠定基础,同时为4-AP的免疫学检测提供一种新方法。方法将免疫小鼠脾脏细胞与Sp2/0细胞融合,筛选出F10阳性单抗细胞株。通过其mRNA的抽提,克隆出可变区cDNA序列,利用生物软件进行同源建模和分子对接。结果在最适条件下,其间接竞争ELISA(ic-ELISA)公式为y=A2+(A1-A2)/(1+(x/x0)-p)(A1...