作者:梁静思; 王伟伟; 唐飞; 王洪洋; 刘晶; 李灿辉; 唐唯 期刊:《分子植物育种》 2019年第21期
马铃薯紫顶病(potato purple top, PPT)是近年来发生在马铃薯上的一种植原体新病害,对中国西南地区马铃薯主栽品种‘合作88’的影响逐年加重。本研究以‘合作88’自交F2代分离群体为材料,通过田间抗性调查,发现50个分离群体单株对PPT的抗性发生分离。取极端分离的两个群体各3个单株,利用Illumina二代测序技术进行全基因重测序、组装和注释,随后用比较基因组学和基于Perl语言的SSR搜寻软件MISA,高通量开发了298个和PPT抗性连锁的SSR...
作者:郭丹丹; 袁凤杰; 郁晓敏 期刊:《分子植物育种》 2019年第22期
为揭示籽粒型和鲜食型大豆基因组间的差异,本研究对2个籽粒大豆品种‘浙春3号’、‘浙春4号’和2个鲜食大豆品种‘浙鲜豆8号’、‘浙鲜9号’进行全基因组重测序,平均测序深度为6X,覆盖度大于94%。通过与参考基因组比对发现,籽粒大豆平均杂合率12.24%,鲜食大豆平均杂合率10.97%,籽粒型大豆杂合度高于鲜食型。2个籽粒型大豆插入和缺失变异占总变异21.89%,染色体间易位变异占总变异41.04%;而2个鲜食型大豆缺失变异占总变异22.38%,染色...
作者:王凤红; 包花尓; 敖敦格日勒; 乌云高娃; 额尔敦木图; 那仁巴图 期刊:《家畜生态学报》 2019年第08期
此试验旨在通过研究阿拉善双峰驼基因组遗传变异信息,找到与其生物学特性相关的候选基因,以期对阿拉善双峰驼分子特征做出评价,并为双峰驼重要经济性状的功能基因定位提供基础数据。提取12头双峰驼基因组总DNA,制备基因组文库,经Illumina HiSeq^TM平台测序,利用生物信息学手段对重测序数据进行分析,对识别的SNPs和InDels进行注释。结果:共计得到367.98Gb序列数据,平均测序深度15×,测序得到2453332756个reads,比对到参考基因组的rea...
作者:袁金红; 李俊华; 袁娇娇; 贾克利; 李书粉; 邓传良; 高武军 期刊:《遗传》 2017年第12期
在传统的正向遗传学分析过程中,基因定位需要构建复杂的后代群体,并借助大量分子标记进行遗传连锁分析和区间定位,使得这一过程成本高且耗时长。MutMap是近年来发展的基于高通量第二代测序技术的一种新的正向遗传学分析方法。该方法的优点是遗传定位的周期短且效率高。在此基础上扩展的新方法也不断出现,如基于自交的MutMap+、用于识别基因组缺失区间变异的MutMap-Gap、以及用于定位数量性状基因座的分析思路与MutMap类似的QTL-seq...
作者:王嘉; 曾召琼; 梁建秋; 于晓波; 吴海英; 张明荣 期刊:《中国农业科学》 2019年第16期
【目的】基于全基因组重测序结果,开发与高蛋白、耐荫、抗倒伏等性状紧密相关的分子标记,同时利用开发的分子标记构建遗传连锁图谱,并对籽粒蛋白质含量进行QTL定位,为后续高蛋白、耐荫、抗倒育种研究提供参考和分子标记资源。【方法】以大面积栽培品种南豆12和地方品种十月黄为亲本,构建F2分离群体。对亲本材料进行覆盖度约为40×的全基因组重测序,用BWA、GATK及Breakdancer等软件比对,检测亲本材料在全基因组范围内的突变类型,挖掘...
作者:毛衍伟; 张一敏; 朱立贤; 董鹏程; 梁荣蓉; 戴瑨; 罗欣 期刊:《食品与发酵工业》 2018年第11期
该研究选择脂肪含量不同的12头肉牛分成高脂肪含量组和低脂肪含量组,测定了2组肉牛背最长肌的品质,通过基因组重测序对高脂肪含量和低脂肪含量的肉牛背最长肌进行分析,在全基因组范围内对与肌内脂肪沉积相关的基因进行筛选,得到26个多态性存在差异的基因,并进行了生物信息学分析。结果表明,2组肉牛背最长肌除脂肪含量及伴随的水分含量显著差异外,其余各品质差异不显著;能量代谢基因、消化吸收基因、脂肪形成基因、肉牛嗅觉基因的多...
作者:尹明华; 吴平华; 刘邦旺; 胡光明; 王钦; 张红蕾 期刊:《分子植物育种》 2019年第11期
本研究对上饶早梨两种品种‘花厅六月雪’(BR)和‘花厅黄皮消’(HR)的全基因组重测序和转录组进行关联分析。结果表明:在进行差异InDel分析后,共有3 682个候选基因与转录组数据进行了关联分析;在CV分析后,共有2 067个候选基因与转录组数据进行了关联分析;在进行CNV分析后,与转录组差异基因数据进行了关联分析,其中分类为amplification的CNV中,属于显著差异的,并且倍性变化≥2倍的CNV,BR相对于HR有79个上调,42个下调;分类为deletion...
作者:李国治; 邓卫东 期刊:《安徽农业科学》 2018年第22期
基因组测序技术从第1代Sanger测序经第2代高通量测序已发展到第3代单分子测序,第2代高通量测序技术是当前基因组测序中最主要的分析技术。对高通量测序技术在全基因组de novo测序、全基因组重测序、简化基因组测序、宏基因组测序分析和表观基因组学研究等领域的应用原理、步骤及现状进行综述,以为基因组测序技术的应用提参考。
作者:陈璇; 郭蓉; 王璐; 柳延虎; 郭孟璧; 许艳萍; 郭鸿彦; 杨明; 张庆滢 期刊:《分子植物育种》 2018年第03期
为揭示中国野生型大麻和栽培型大麻基因组之间的差异,本研究通过全基因组重测序技术对一种野生型大麻(ym606)和一种栽培型大麻(ym224-B)进行全基因组重测序,测序深度10×,通过与参考基因组(Cansat3_genome)进行比对,共检测到2 264 150个单核苷酸多态性位点(SNPs)。ym606和ym224-B的杂合度分别为0.12%和0.11%,两个个体之间的二等位多态性SNP可分为aa×bb、lm×ll、nn×np和hk×hk等4类,其中aa×bb型标记有988 575个,占多态性SNP总...
作者:刘梦雯; 曾斌; 王建友; 夏江宏; 关鹏 期刊:《中国农学通报》 2017年第27期
该试验自主设计新疆野扁桃TP-M13-SSR引物,从中筛选多态性最佳的引物以供后续研究使用。从该植物的5个居群中分别挑选2份叶片提取基因组DNA,扩增后的产物使用毛细管电泳荧光检测并分析。经分析可得出12对新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的期望杂合值(He)、观测杂合值(Ho)、等位基因数目(Na)、香农指数(I)、固定指数(F)、多态性信息含量指数(PIC)的范围分别为0.656~0.859、0~0.281、3.796~9.580、4~8、1.213~2.014、-0.164~1、0.605~0.843...
作者:焦雪; 张培军; 冷东泽; 王建超; 巴翠玉; 李月红 期刊:《中国兽医学报》 2017年第03期
通过I11uminaHiSeq2500测序仪对2株温和气单胞菌A1、B2进行全基因组重测序,并与参考基因组(Aero-1110rlasveroniiB565,completegenome)序列进行比较,A1、B2与参考基因组之间共获得约100018个SNP位点,与参考基因组平均比对率为74.46%。根据编码区SNPs分布与参考基因组间进行检测;通过COG和GO的功能注释,寻找A1、B2 Diff基因的SNPs位点对2株温和气单胞菌进行注释分析,了解温和气单胞菌致病机制与基因组成,为今后温和气单...
作者:邓阳; 李宝华; 侯海峰; 焦凤萍; 龚弘强; 李群伟 期刊:《中国地方病防治》 2016年第09期
目的寻找肱骨短小症的特异致病基因及其变异。方法利用全基因组重测序技术,采用Illumina Hi Seq X ten测序系统检测3例肱骨短小症患者和3例正常对照者全基因组,测序数据经过1000 Genomes Project和db SNP数据库过滤,将测序所得的特异性单核苷酸多态性位点(SNP)在全部患者和对照者中验证,并通过GO和KEGG Pathway分析,筛选致病相关的重要候选基因及变异。结果肱骨短小症患者没有特异致病基因,但具有31个特异性SNP,其中PLCB4rs6077510...
作者:李完波; 朱亚玲; 艾华水; 郭添福 期刊:《畜牧兽医学报》 2016年第10期
旨在通过对比大、小体型两组中国地方猪种在基因组上的遗传分化,检测出全基因组选择信号,以期能鉴别出影响猪体型大小的相关基因及可能的突变位点,解析小体型猪种形成的分子机制。本研究选用小体型的五指山猪和巴马香猪,以大体型的金华猪、二花脸、河套大耳猪为对照,基于全基因组重测序数据,使用两组猪群间的遗传分化系数(Fst)和小体型猪组内的杂合度(Heterozygosity)检测体型选择信号。Fst值较大而杂合度小的染色体区段作为体型相...
作者:张彦威 李伟 张礼凤 王彩洁 戴海英 徐冉 期刊:《中国油料作物学报》 2016年第02期
为全面揭示大豆优良品种和重要亲本的全基因组突变类型,采用高通量重测序技术,对大豆品种齐黄34进行全基因组重测序,测序深度13×,共检测到1 519 494个单核苷酸多态位点,357 549个小片段插入缺失位点,4 506个结构变异;这些变异共导致了17 748基因变异;大量光周期相关的重要基因发生突变,其中包括CRYPTOCHROME 2、GIGANTEA、Timing of CAB expression 1、E1、PHYTOCHROME A、Flowering Locus T、CONSTANS、Terminal Flower like等,齐...
作者:张武汉 孙平勇 何强 舒服 邓华风 期刊:《杂交水稻》 2013年第02期
结合全基因组重测序结果和已克隆基因信息分析了水稻特大穗恢复系R1126穗部性状相关基因(Gnla、LP、Ghd7、Ghd8)的编码区序列,同日本晴相比,R1126的Gnla基因有1个InDel和3个SNP变异,导致了编码的蛋白产物差异,可增加每穗总粒数,LP基因编码区发生了1个同义突变;R1126的Ghd7、矾嬲基因与明恢63一致。利用穗部性状差异明显的黄华占和R1126为亲本构建F2群体,对R1126穗部性状QTL进行初步定位,定位到4个控制每穗总粒数、3个控...