作者:武志娟; 钟金城 期刊:《生物学通报》 2012年第04期
密码子偏性(codonbias)是指生物体中同义密码子非均衡使用、均现象。研究密码子偏性可以使人们更好地理解分子进化、翻译调控等生命过程。在介绍密码子偏性的基础上,概述了影响其形成的各生物学基础,并指出其应用和发展前景。
作者:张加强; 朱开元; 刘慧春; 谭晨; 周江华 期刊:《分子植物育种》 2019年第16期
二氢黄酮醇4-还原酶(dihydroflavonol 4-reductase, DFR)是植物类黄酮代谢途径的关键酶之一,在植物花色修饰起重要作用。本研究以观赏植物的21个DFR基因为研究对象,利用CodonW和MEGA 5.05等软件分析其密码子使用模式,探讨影响密码子使用偏性的主要因素。结果表明:观赏植物DFR基因密码子使用偏性较弱;DFR基因在单/双子叶观赏植物之间的密码子使用偏好性存在差异;单子叶观赏植物偏好以G/C结尾,而双子叶观赏植物偏好使用A/T结尾。有效...
作者:雷梦林; 冯瑞云; 郝雅萍; 刘霞; 王慧杰; 杨生权 期刊:《麦类作物学报》 2019年第01期
DREB(dehydration responsive element binding)转录因子在植物抵抗干旱、高盐、低温等非生物逆境中发挥着重要作用。为探究普通小麦抗逆相关转录因子DREB密码子的偏好性特征,本研究运用CodonW、CHIPS和CUSP软件程序分析了小麦DREB基因的密码子使用特性,并与13种植物的DREB密码子偏性进行比较。结果表明,小麦DREB基因主要偏好以GC结尾的密码子;根据RSCU值,确定小麦DREB基因的高频密码子有14个;不同作物间DREB基因的密码子选用偏好...
作者:李晨辉; 赵子捷; 陈文烨; 焦义然; 杨帆; 刘永伟; 董福双; 杜进民; 周硕 期刊:《江苏农业科学》 2019年第05期
为深入了解不同类植物CaM1基因(calmodulin 1,简称CaM1)在抵抗逆境进化过程所形成的密码子的使用特征和遗传差异。运用CodonW、BioEdit和MEGA软件对43种植物序列进行分析,并构建系统发育树。结果表明,CaM1基因对密码子的使用具有极强的偏好性,CUC、AUC、UCU、CCA、ACU、UGA为其最优密码子,禾本目植物更偏好使用G/C碱基。G、C碱基含量和位置是引起CaM1基因密码子偏性的主要原因。遗传距离分析表明,山柑目与白花菜目之间的亲缘关系最...
作者:刘潮; 韩利红; 王海波; 唐利洲 期刊:《西北农业学报》 2018年第01期
类甜蛋白在植物的生长发育和抵御胁迫过程中发挥作用。利用生物信息学方法对谷子类甜蛋白家族基因组成、结构、启动子顺式作用元件、密码子使用偏性等进行分析。结果表明,谷子类甜蛋白家族包含43个成员,分布在9条染色体上,分为3种基因结构类型,其中16个成员仅包含1个外显子,14个包含3个外显子成员的内含子相位均为1-2型。根据系统发育分析归为12个聚类组,聚类组5中的基因主要来自Ⅲ号染色体,聚类组6中的基因主要来自Ⅰ号染色体,其...
作者:吴松锋; 朱云平; 贺福初 期刊:《生物化学与生物物理进展》 2005年第02期
转录组和蛋白质组比较研究发现,总体而言其间的相关性不高.根据数据的类型不同可以将现有的研究分为4类:单点比较、两点差异比较、多点时序比较和多点非时序比较.对其差异原因的研究和分析表明:除了由实验系统及数据类型不同导致的差异外,转录后蛋白质合成各步骤所受到的限制,以及在此过程中的分子调控也对其有重要的影响;而且不同基因,不同组织和细胞在不同状态下可能也会有差异.因此,结合转录组和蛋白质组的表达谱研究倾向于利用...
作者:赖志宸; 林玉玲 期刊:《福建农业学报》 2017年第05期
为了解FAD7的密码子使用特性,试验采用CodonW、SPSS19.0、MEGA5.0等软件和EMBOSS在线程序对野生蕉FAD7密码子偏性进行分析,同时与其他单/双子叶植物FAD7和模式生物基因组进行比较。结果显示,野生蕉FAD7密码子偏性水平较弱,密码子组成和结尾偏好使用G或C,而CUC、CAG和AGG等在该基因中具有较高的使用频率;物种间FAD7比较结果发现,单子叶植物FAD7密码子组成明显偏好G或C,而双子叶植物则完全相反;基于密码子使用频率FAD7聚类结果与CDS...
作者:吴宪明; 吴松锋; 任大明; 朱云平; 贺福初 期刊:《遗传》 2007年第04期
密码子偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用现象,由于这一现象与遗传信息的载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联,所以具有重要的生物学意义;文章概述了密码子偏性研究方面的基本理论和常用分析方法,归纳了密码子使用分析的常用软件和提供在线分析网站,介绍了与密码子偏性相关的生物学领域及最新的研究进展,并对深入研究进行展望。
作者:张相民; 王世峰; 辛伟; 邓瑶; 李仁清; 闫克夏; 齐香荣; 高瑛瑛; 谭文杰; 鲁宁; 孟昕; 阮力 期刊:《病毒学报》 2006年第05期
为了研究密码子偏性对痘苗病毒载体表达效率的影响,分别采用痘苗病毒及其宿主细胞的优势密码子对绿色荧光蛋白基因进行改造,利用荧光、Western blot和FCM等方法分析其在痘苗病毒载体系统的表达水平。结果显示,全部采用痘苗病毒优势密码子(富含A+T)和全部采用宿主细胞优势密码子(富含G+C),以及部分使用宿主细胞优势密码子的三种绿色荧光蛋白基因都能够有效表达,表达水平相近,表明痘苗病毒载体对目的基因密码子的使用具...
作者:徐伟荣; 张宁波; 王振平 期刊:《农业生物技术学报》 2014年第04期
碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix, bHLH)转录因子作为植物转录因子最大家族之一,在植物生长发育、胁迫应答和植物次生代谢中具有重要的调控作用。本研究利用CodonW及SPSS等软件,计算和统计分析了欧洲葡萄(Vitis vinifera) bHLH基因家族106条序列密码子的使用模式,并对影响该基因家族密码子组成及编码特点的主要因素进行了探讨。结果表明,bHLH基因家族密码子GC1与GC2之间的相关系数达到极显著水平(P<0.01),GC3...
作者:周祎 陈洪俊 李明福 易丽萍 刘选明 谭钟扬 期刊:《生物信息学》 2010年第02期
现有92株芜菁花叶病毒(TuMV)的全基因组序列已在GenBank报道,据分析报道其中58株不含重组序列.利用系统聚类法对92株TuMV的全基因组序列和58株TuMV全基因组序列的相对密码子频率RSCU值进行聚类分析.同时利用系统发育分析方法分析了这92株和58株TuMV全基因组序列.结果发现,92株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度很低;而不含重组序列的58株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度却非常高,...
作者:何闪 张淑杰 修乐山 邢朝斌 期刊:《基因组学与应用生物学》 2013年第02期
为了分析鲨烯合酶(squalenesynthase,ss)基因密码子的使用方式及其影响因素,利用codonW和SPSS16.0软件对47条来自不同物种的嬲基因进行多元统计分析、对应性分析。髂基因密码子1~3位碱基的GC含量(GC1,GC2和GC3)依次为51.33%、34.65%和54.37%,3个位点的GC含量均呈极显著相关关系(p〈0.01),对应性分析的结果表明,第1轴显示30.71%的差异,有效密码子数和GC3、GC1和GC2的均值与GC3之间的相关性均达极显著水平(...
作者:梁菲菲 期刊: 2010年第01期
密码子偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用现象,由于这一现象和遗传信息载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联,所以具有很重要的意义。综述了密码子偏性的影响因素,并简要介绍了研究密码子偏性的重要意义。
作者:时慧 王玉 杨路成 丁兆堂 期刊:《园艺学报》 2012年第07期
运用CHIPS、CUSP和CodonW软件程序分析自主克隆的茶树(Camellia sinensis)ICE1(GenBank登录号JX029153)的密码子的偏性,并与茶树基因组及萝卜等7种植物的ICE1密码子偏性进行比较。结果表明,茶树ICE1偏好于以A/T结尾的密码子;与茶树基因组密码子偏性相比,发现只有6种氨基酸密码子偏性完全一致。进一步研究发现ICE1的碱基组成在单子叶植株大麦与7种双子叶植物分化后发生了较大的变化。在聚类分析中,基于基因CDS序列的聚类不能正...
作者:张占军 邢永强 王成爱 期刊:《湖北农业科学》 2014年第11期
通过计算人类组成型外显子和可变外显子的RSCU值,对两种外显子的RSCU值进行了比较。结果表明,除了UAG、UGA、UAA 3个终止密码子外,两种外显子的密码子偏性都是相同的。对30条可变外显子和30条组成型外显子序列的RSCU值进行聚类分析,聚类结果不能把两种外显子区别开,证明两种外显子之间的密码子偏性是相同的。对这60条序列的HI进行了聚类分析,聚类结果没有把两种外显子分开。所以外显子序列中没有组成型剪接和可变剪接的信息。
作者:孙留克 林跃智 汤艳东 那雷 王雪峰 杜承 王晓钧 周建华 期刊:《中国预防兽医学报》 2014年第10期
SLFN是一类干扰素诱导蛋白,还可以通过干扰素调节因子(IRF3)途径被病原体直接诱导表达.最新研究表明,SLFN11可通过抑制病毒蛋白合成,对慢病毒属的HIV-1具有明显抗病毒作用.为阐明SLFN11对马传染性贫血病毒(EIAV)的作用,本研究采用RT-PCR技术从健康马淋巴细胞中首次扩增获得SLFN11基因,构建了真核表达重组质粒pHA-eSLFN11.将其与EIAV的感染性克隆共转染HEK293T细胞,westem blot检测结构蛋白的表达情况,并采用激光共聚焦试验分析...
作者:卢国民 张灿 邹玲 刘文华 温建新 任慧英 期刊:《中国畜牧兽医》 2015年第09期
通过生物信息学软件对噬菌体vB_EcoM-Bp7裂解酶基因的密码子用法及偏性分析。利用Mobyle中的CodonW 1.4.4及cusp程序计算密码子偏性的各种指标,并对7个噬菌体裂解酶基因序列中的总GC含量、密码子第1、2位GC含量平均值和第3位的GC含量进行分析,利用MegAlign软件对7株噬菌体裂解酶进行氨基酸序列分析,构建系统发育树。结果表明,除噬菌体phi68外,Bp7裂解酶基因与其他5株噬菌体的裂解酶基因密码子使用模式基本一致。偏爱使用以A或U为结...