作者:刘东让; 侯喜林; 肖栋 期刊:《江苏农业科学》 2019年第20期
作者:马小定; 唐江红; 张佳妮; 崔迪; 李慧; 黎毛毛; 韩龙植 期刊:《作物学报》 2019年第02期
东乡野生稻是分布于全球最北端的一种普通野生稻,与亚洲栽培稻基因组差异较大,目前缺少覆盖其全基因组的分子标记。本文以东乡野生稻和日本晴为材料,通过筛选已有的1017个标记,并利用东乡野生稻基因组重测序信息设计的217个InDel标记,共检测出203个标记在东乡野生稻与日本晴间呈现多态性。这些标记均匀分布于12条染色体,平均间隔1.9Mb,基本覆盖东乡野生稻全基因组区域。通过对籼粳亚种的检验分析,发现该套多态性分子标记在东乡野生...
作者:刘阳杰; 何美敬; 崔顺立; 杨鑫雷; 穆国俊; Charles; Y; CHEN; 刘立峰 期刊:《农业生物技术学报》 2019年第04期
花生(Arachis hypogaea)果腐病(pod rot)是一种由真菌引起的严重病害,直接影响花生的产量及品质。抗病育种是该病害防治最经济、有效的途径,而抗性相关分子标记的筛选和利用又是提高选择效率和加快育种进程的重要手段。本研究以引进的77份美国花生种质资源为材料,利用12对SSR标记和48对插入缺失(insertion-deletion, InDel)标记,通过Pearson相关分析和多元线性逐步回归筛选与花生果腐病抗性相关的标记,并利用构建的分离群体对相关...
作者:张红梅; 翟文; 金海军; 丁小涛; 余纪柱 期刊:《上海农业学报》 2019年第04期
为了研究不同来源黄瓜的亲缘关系,筛选适宜作杂交亲本的种质资源,基于黄瓜重测序开发的InDel标记,应用UPGMA进化树聚类、主成分分析和群体遗传结构分析3种方法分析了23份黄瓜种质的遗传多样性.结果表明:23份黄瓜种质的遗传相似性系数为0.23-0.95,平均值为0.56,相似性系数低于0.6的有137对组合,占全部组合的54%,说明这些材料的遗传多样性较好.3种分析方法均将23份黄瓜种质分为三大类群:P1来源于亚洲,都属于华南类型黄瓜;P2来源于欧...
作者:张国儒; 唐亚萍; 杨涛; 帕提古丽; 王柏柯; 李宁; 王娟; 李晓琴; 余庆辉; 杨生保 期刊:《分子植物育种》 2019年第14期
番茄基因组测序的完成为InDel标记的开发提供了很多的研究基础。为了鉴别渐渗系‘IL71’和栽培种‘M82’之间的差异,本研究经过前期对栽培种‘M82’和野生型潘那利渐渗系‘IL71’进行重测序结果比较,结果表明,这两份番茄材料在12号染色体上存在较大差异。因此从存在较大差异的12号染色体上设计了1980对InDel标记引物,以便用分子标记的方法区别两份材料。本研究从中筛选出400对引物进行InDel标记检测,最终检测出40对特异性引物,检出...
作者:付翔; 王辉; 王莉月; 姜童; 杨延杰; 林多 期刊:《北方园艺》 2018年第13期
以青岛农业大学自有的10份簇生朝天椒100%雄性不育保持系为试材,利用农艺性状结合InDel分子标记方法进行保持系材料评价,进而对不育系的利用进行探讨。结果表明:簇生朝天椒保持系16010-2的综合性状最好,16002次之,在杂种一代选育中其同型不育系是优良的簇生朝天椒母本材料。保持系16006和16010-6果实色价显著高于其它材料,可作为选育高色价杂交种的优良母本材料。农艺性状和分子标记聚类分析结果表明,保持系16012-1和16012-2、160...
作者:姜童; 王辉; 陈宁; 付翔; 杨延杰; 林多 期刊:《华北农学报》 2018年第02期
通过研究鲁西南地区簇生朝天椒生产用种的农艺性状,构建分子指纹图谱,为在分子水平结合农艺性状评价簇生朝天椒品种间的相似度提供支撑,同时也为簇生朝天椒的品种评价、品种保护及种子市场规范化管理奠定基础。以商品名不同的8个鲁西南地区簇生朝天椒品种为试验材料,进行单株簇数、每簇果数、鲜单果重、干单果重、色价等指标的调查,采用UPGMA聚类分析进行品种间的农艺性状相似度评价。采用试剂盒法提取基因组DNA,利用其他生物学性...
作者:刘栓桃; 张志刚; 王荣花; 王立华; 李巧云; 赵智中 期刊:《中国蔬菜》 2019年第02期
以105份大白菜育种材料为试材,精选20对均匀分布于大白菜基因组、且只能检测出2个等位基因的共显性InDel标记引物进行分子标记检测,构建分子身份证。结果表明:20对引物中有16对引物在所有材料中均扩增出单一条带,另外各有2对引物在部分材料中存在缺失和加倍现象。将所有标记引物按其所处染色体编号由小(A01)到大(A10)排列,同一染色体上的标记则按照物理位置从小到大排列,按顺序对标记赋值,构建了105份大白菜材料的分子身份证。所筛...
作者:李群三; 陈景斌; 顾和平; 袁星星; 陈新; 崔瑾 期刊:《植物遗传资源学报》 2019年第01期
作者:田红丽; 晏朋涛; 王蕊; 杨扬; 许理文; 易红梅; 王元东; 宋伟; 席章营; 赵久然; 王凤格 期刊:《玉米科学》 2019年第02期
以精选表型和基因型丰富的29份代表性玉米自交系以及三联体验证材料,基于叶绿体基因组中11个InDel位点进行引物设计、筛选评估,确定2对玉米S型不育鉴定特异引物。两对引物CPMIDP01CE和CPMIDP02CE的多态分别为83个和5个碱基的插入缺失变异,属于trnS-trnG和ndhJ-ndhK基因间区。CPMIDP01CE和CP?MIDP02CE引物的扩增产物如果含有83 bp插入序列(片段长度为339 bp),不含有5 bp的插入序列(片段长度为239 bp),所分析样品即为S型胞质不育材料...
作者:冯芳君; 罗利军; 李荧; 周立国; 徐小艳; 吴金红; 陈宏伟; 陈亮; 梅捍卫 期刊:《分子植物育种》 2005年第05期
为评价插入缺失(InDel)标记在水稻分子育种中的应用价值,本研究用日本晴和9311序列筛选得到遍布每条染色体的20对InDel标记和53对SSR标记,分析46份粳稻和47份籼稻的遗传多样性.研究表明这些InDel标记在籼粳亚种间具有很高的多态性,亚种内多态性较低,平均多态性水平显著小于SSR标记,InDel标记具有数量多,扩增产物稳定和易于检测等优点,将InDel标记应用到遗传图谱构建、基因定位分析和标记辅助选择中可以加速研究进程.
作者:邵元健; 潘存红; 陈宗祥; 左示敏; 张亚芳; 潘学彪 期刊:《科学通报》 2005年第19期
利用奇妙香(QMX)为轮回亲本,与卷叶珍汕97B(JZB)杂交并回交的BC4F2和BC4F3两群体为研究材料,对卷叶性状进行了遗传分析,并对卷叶基因进行精细定位.遗传分析表明,卷叶性状主要受1对不完全隐性主基因的控制,命名为rl(t),并同时受到数量性状基因和或环境的影响.利用500个SSR标记和新开发的15个InDel标记,通过BSA法在卷叶DNA池和平展叶DNA池间筛选到8个多态性标记,并用MAPMAKER/EXP3.0构建遗传连锁图.基因定位方法...
作者:姜童; 王辉; 杨延杰; 林多 期刊:《北方园艺》 2017年第15期
以3对干制辣椒雄性不育系以及相应保持系(15005A,15006B;16011A,16012B;16063A,16064B)为试材,采用InDel标记的方法对干制辣椒雄性不育系与保持系间进行检测,以期筛选出干制辣椒雄性不育与保持系间存在多态性的标记。结果表明:在44个InDel标记中,仅有一个标记CIDH776在3对不育系和保持系间存在一致的多态性,该标记在不育系中分别扩增出约为600bp和650bp左右的DN段,而在相应保持系中均未扩增出相应条带。初步认为,分子标记CIDH77...
作者:毛清云; 轩淑欣; 顾爱侠; 赵建军; 申书兴; 王彦华 期刊:《园艺学报》 2017年第05期
为创建大白菜—结球甘蓝易位系,以大白菜—结球甘蓝9号单体异附加系(AC9)为试材,对其与大白菜亲本‘85-1’回交后代植株进行游离小孢子培养。利用结球甘蓝9号染色体相对应的C06连锁群特异的20个InDel标记对小孢子植株进行筛选,结合细胞学鉴定从中获得两个添加甘蓝9号染色体不同片段的易位系植株‘AT9-1’和‘AT9-2’。通过对InDel标记的加密设计,明确了易位系‘AT9-2’中甘蓝片段大小为1.03 Mb;利用大白菜A基因组10个连锁群上均...
作者:刘源霞; 兰进好; 柏素花; 孙晓红; 刘春晓; 张玉刚; 戴洪义 期刊:《园艺学报》 2017年第02期
以207株‘金冠’与‘富士’苹果的F1杂交分离群体实生树为试材,挑选抗炭疽菌叶枯病基因Rgls位点区域内的,第15条染色体上,位于SSR标记S0304673和S0405127之间500 kb物理距离内,由全基因组重测序技术所获得的与抗该病相关的10个SNP及10个InDel标记,通过高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)技术筛选出与基因Rgls位点紧密连锁的2个SNP及4个InDel标记。通过对重组个体的基因型及表型分析,发现标记InDel4227和InDel4254表...
作者:李军; 李白 期刊:《分子植物育种》 2016年第12期
水稻NRT1.1B基因是已经克隆并进行功能验证的氮高效利用基因,具有很高的应用价值。根据籼粳稻NRT1.1B基因的基因组序列比对发现,籼型NRT1.1B基因及粳型NRT1.1B基因内含子序列中存在插入/缺失位点。对30个常规籼粳稻的NRT1.1B基因内含子序列进行PCR扩增、测序及序列比对,发现NRT1.1B基因内含子存在6个In Del位点,籼型NRT1.1B基因比粳型NRT1.1B基因缺失55 bp。根据插入/缺失位点设计出In Del分子标记,对15个籼稻常规稻品种、15个粳稻...
作者:郭广君; 孙茜; 刘金兵; 潘宝贵; 刁卫平; 戈伟; 高长洲; 王述彬 期刊:《江苏农业学报》 2015年第06期
基于全基因组重测序进行分子标记开发是一种新的方法和趋势。本研究基于辣椒全基因组重测序数据鉴定出的InDel位点,在2号染色体上随机选择并设计了40个InDel标记,以24份辣椒种质验证其有效性。结果显示:40个标记可获得扩增产物,其中具有多态性的标记35个,多态率为87.5%,同时35个标记可以有效地区分24份辣椒种质的多样性和特异性。以上结果表明,基于重测序数据开发辣椒InDel标记切实可行。
作者:南海洋; 李英慧; 常汝镇; 邱丽娟 期刊:《作物学报》 2009年第07期
大豆胞囊线虫病是严重危害大豆生产的重要病害之一,根据抗病候选基因开发标记可为分子标记辅助选择抗病材料提供标记资源。本研究通过对大豆胞囊线虫抗性候选基因rhg1的序列比对分析,发现4个插入/删除位点,针对其中3个多碱基插入/缺失位点开发了InDel标记。应用开发的3个InDel标记对33份栽培大豆进行基因型鉴定,共检测到等位变异11个,平均每个位点3.67个。其中rhg1-I1位点有等位变异5个,rhg1-I2位点有等位变异2个;rhg1-I4位点有等...
作者:张圣平; 苗晗; 程周超; 张忠华; 武剑; 孙日飞; 顾兴芳 期刊:《农业生物技术学报》 2011年第04期
为了筛选与黄瓜果实苦味(Bt)基因紧密连锁的插入缺失(Indel)标记,本研究以黄瓜(Cucumis sativus L.)果实苦味和果实不苦的高代纯合自交系46GBt和931为亲本构建的F2分离群体为试材,明确了黄瓜果实苦味性状遗传是符合单显性基因控制的质量性状。同时在完成Bt基因初步定位和双亲重测序的基础上,利用生物信息学分析双亲在初步定位区域的序列差异,设计了7对InDel标记。通过对含有184个单株的F2群体分析,获得了与Bt基因连锁距离为0...
作者:张向前 邹金松 朱海涛 李晓燕 曾瑞珍 期刊:《遗传》 2008年第10期
在水稻中花11的后代中筛选到1例花器官数目突变体,突变体主要表现为多雄蕊、多子房和早开花。遗传分析表明,该突变表型受1对隐性核基因控制。因为对花器官数目突变体曾有报道,如fon1、fon2、fon3和fon4,所以该突变体暂定名为fort5。利用fort5与籼稻品种华粳籼74构建的F2群体对fort5进行基因定位,发现其与第6染色体上的标记RM400和RM412连锁,遗传距离分别为10.5cM和1.6cM。通过在两标记间发展6个新的Indel标记,将该基因定...