作者:孟金涛; 魏彦杰 期刊:《科研信息化技术与应用》 2014年第03期
基因与疾病的关联分析对人类健康和医疗的意义重大。准确的基因与疾病关联分析是个性化医疗发展必不可少的条件。宏基因组组装和分析对于了解各种环境中的微生物群落以及细菌分布至关重要,比如人类肠道宏基因组组装和分析可以帮助了解肥胖、肠炎等疾病机理。在基因与疾病关联分析以及宏基因组组装方面,本文深入讨论了相关技术难点,并介绍了我们的宏基因组组装工具SWAP-Meta。
作者:王开梅; 张志刚; 刘晓艳; 闵勇; 万中义 期刊:《生物资源》 2018年第04期
微生物农药因其环境相容性受到了广泛重视。作为微生物农药研究开发的最早的环节,微生物农药资源的挖掘显得尤为重要。本文从基于生物活性、农药活性化合物及功能基因三个方面对微生物农药资源的快速挖掘技术进行了综述。针对不同的微生物农药产品开发目标,将以上技术进行整合,可实现微生物农药资源的快速挖掘,为微生物农药产业的发展提供丰富的资源,为微生物农药产业的发展提供支撑。
作者:宋杰; 陈惟杉 期刊:《中国经济周刊》 2019年第23期
人体内有两套基因组:一套是人自身的基因组,编码大约2万多个基因;另一套是人体内的共生微生物的基因组,它们所编码的基因有上千万个。两套基因组相互协调、共同发挥作用,共同维护人体健康。在过去十几年中,国际上对人体微生物组研究非常重视,各类研究计划层出不穷,科学界在人体微生物组研究上投入了超过10亿美元,大部分相关的课题研究都来自美国、欧洲、中国等国家和地区。
作者: 期刊: 2019年第08期
《自然·医学》杂志上在线发表两篇研究报告,研究者从近千份人类粪便样品中找出可用于预测结直肠癌的肠道菌群特征,尽管两项研究样本来自欧洲、亚洲和美洲多个国家,粪便样本来自生活在不同环境有不同饮食习惯的人群,但肠道菌群微生物组在结直肠癌发生时有一致的特异性改变。近年来,越来越多的研究证据显示,肠道微生物对人类健康有重要影响,包括肿瘤发生和对治疗的反应等。欧洲分子生物学实验室研究者基于5项研究386例结直肠癌患者和...
作者:葛云飞; 赵舒婷; 刘德志; 王维浩; 曹龙奎 期刊:《食品研究与开发》 2019年第24期
由于高粱自然发酵过程中微生物菌群结构较复杂,代谢途径较难确定,使高粱自然发酵工艺较难控制,难以实现工厂化生产,通过高通量测序的宏基因学对高粱不同发酵时期的菌群结构、代谢通路的多样性进行分析,结果表明:自然发酵过程中的优势菌种为胚芽乳杆菌、乳酸乳球菌、费比恩毕赤酵母、醋酸杆菌、固氮葡糖醋杆菌等,高粱自然发酵的过程是酵母菌慢慢富集的过程,而乳酸菌的大量存在增加酵母菌的代谢潜能,在发酵后期醋杆菌属的大量富集使...
作者:郑广勇; 杨桢; 曹瑞芳; 刘婉; 李亦学; 张国庆 期刊:《大数据》 2018年第03期
宏基因组数据具有数据量大、复杂度高的特点,从数据类型来看,其涵盖了元数据和测序数据。为了保证宏基因组数据后续功能分析的有效性和正确性,需要对这些元数据和测序数据进行严格的质量控制检测。详细描述了宏基因组数据的质量控制流程,包括元数据和测序数据的信息检查、低质量片段的过滤等过程,从而为宏基因组数据分析提供了预处理的规范,这将为微生物组大数据分析提供坚实的基础。
作者:徐萍; 王小玥; 王慧媛; 于建荣 期刊:《生物产业技术》 2011年第01期
元基因组(亦称宏基因组,英文Metagenomics、Environmental Genornics、Metagenome、Ecogenomics、community genomics、megagenomics等)是传统微生物基因组学的一个分支,由Handelsman等于1998年提出。目前,人们对微生物的认识主要来源于能够进行培养的种类(不到自然界中微生物的1%),还有大量未培养微生物不能被人们所认识和利用。元基因组则避开了测序前需要培养的问题,开启了研究未培养微生物的大门。
作者:刘一凡; 周蕾; 寿利斌; Mbadinga; S.M.; 刘金峰; 杨世忠; 牟伯中 期刊:《地球科学》 2018年第A01期
油藏环境石油烃厌氧生物降解产甲烷过程是生物地球化学的基础问题之一;同时,由于油藏环境微生物在微生物采油、生物腐蚀及生物治理等方面具有重要的应用价值,已经受到国际同行高度关注.近10多年来,随着分子生物学技术、特别是新一代测序技术的发展,为深入认识这一特殊地质环境中烃厌氧生物降解过程提供了新的研究手段.本文以油藏环境石油烃厌氧生物降解途径和生物标志物为重点,综述了石油烃厌氧降解产甲烷机理方面的最新成果,以及...
作者:乌日汉; 郭小娟 期刊:《世界最新医学信息文摘》 2018年第43期
牙菌斑生物膜是导致口腔疾病如龋病或牙周炎的主要因素。近年来,由于高通量测序技术的迅速发展,对于牙菌斑微生物的认知不断更新,同时取得了突破性进展。通过高通量测序技术可以获得生境中微生物的宏基因组,得到基因遗传信息,可以从整体上掌握牙菌斑微生物信息,进一步对口腔疾病进行研究。
作者:张慧敏; 夏海磊; 黄强; 绪欣; 毛永江; 岑宁; 杨章平 期刊:《动物营养学报》 2017年第11期
为系统探讨海子水牛瘤胃内的微生物组成及木质纤维素降解酶系,本试验利用基于高通量测序的宏基因组学技术对海子水牛(2.5岁左右,平均体重为493 kg)瘤胃液样本进行组学分析。结果表明,共获得了77 283 638条reads,并拼接出744 712个scaffold。经prodigal分析后,共预测出827 044个基因。通过基因注释发现海子水牛瘤胃中含有多种木质纤维素降解微生物,如生黄瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、白色瘤胃球菌(Ruminococcus albu...
作者:金泽宇; 李威; 孙宝林 期刊:《生物学》 2019年第04期
通过对32名男性运动员的肠道菌群进行宏基因组测序,采取同地区28名同龄男性大学生样本作为对照,对男性运动员的肠道菌群物种组成及代谢通路组成进行了深入研究。最终发现运动员肠道内厚壁菌门含量相较学生组有所降低,而拟杆菌属和Bilophila属含量较高,且拟杆菌属、双歧杆菌属以及丙酸杆菌属等益生菌的含量有所上升。同时发现运动员肠道菌群B族维生素合成能力(主要为吡哆醇相关通路)和代谢碳水化合物生成3-磷酸甘油醛的通路均有所上...
作者:宋伟凤; 李明聪; 高峥 期刊:《生物技术通报》 2017年第10期
微生物是生态系统物质循环和能量流动的主要参与者,在生态系统中起着重要的作用。但在现有技术条件下可培养微生物所占比例极小,限制了微生物资源的开发利用。目前有许多方法,可以避开微生物不可培养的问题,直接对微生物进行原位检测。对此,将前人关于微生物生态的原位检测研究方法进行了综述,方便以后对这些方法的合理应用。分别从DNA水平、RNA水平和蛋白质水平,介绍了对应的原位微生物检测方法(如Brd U标记、DNA-SIP、FISH和环...
作者:侯佳林; 聂唱; Venki; Perumal; 肖湘; 王风平 期刊:《微生物学通报》 2018年第09期
【背景】非致病性Epsilonproteobacteria广泛存在于全球各种不同的自然环境中,特别是一些极端生境如深海热液喷口,并且经常在微生物群落中作为优势物种被发现。然而,由于现阶段培养技术的限制,仅有为数不多的深海热液Epsilonproteobacteria被分离培养,极大限制了对其生理特征、代谢方式以及生态功能的深入认识。【目的】研究深海热液未培养Epsilonproteobacteria的进化地位、代谢潜能及其在原位生态系统中可能发挥的作用。【方法】...
作者:董冰雪; 夏敏; 蔡心清; 李鹏; 押玉柯; 毛润乾 期刊:《微生物学通报》 2018年第06期
【背景】漆酶和锰过氧化物酶(Manganese peroxidase,Mnp)是木质素降解的主要酶,二者有协同效应。Mnp活性依赖于Mn^2+,而Mn^2+是大多数漆酶的抑制剂。【目的】获得耐Mn^2+的细菌漆酶用于木质素降解。【方法】构建许昌市某污水河污泥宏基因组文库,通过活性筛选获得细菌漆酶基因lac1542。使用大肠杆菌异源表达Lac1542,研究纯化后的重组蛋白酶学性质并进一步检测了含Lac1542复合酶系降解木质素能力。【结果】测序结果显示lac1542...
作者:阎冰; 洪葵; 许云; 马超 期刊:《微生物学通报》 2005年第01期
在现有技术条件下自然界存在的微生物95%以上未能培养,采用传统的分离培养筛选的途径寻找新的微生物生物活性物质受到局限;宏基因组是特定小生境中全部微小生物遗传物质的总和,直接抽提环境样品中的总DNA,利用适宜的载体克隆到替代宿主细胞中构建宏基因组文库,通过外源基因赋予宿主细胞的新性状或基于某些已知DNA序列筛选,寻找新的生物活性物质或基因,极大地扩展了微生物资源的利用空间,增加了获得新的生物活性物质的机会.
作者:于雪; 孙洪伟; 李维维; 祁国平; 马娟; 陈永志; 吕心涛 期刊:《环境科学》 2019年第03期
为探究温度对亚硝酸盐氧化细菌中硝化杆菌属(Nitrobacter)活性动力学影响,本试验采用序批式活性污泥(SBR)反应器,在通过改变系统进水亚硝态氮(NO2--N)浓度达到富集Nitrobacter基础上,以富含Nitrobacter污泥为对象(宏基因组物种注释和丰度分析显示Nitrobacter占细菌总数40. 3%),考察不同NO2--N浓度梯度下亚硝酸盐氧化过程比亚硝态氮氧化速率(SNi OR)变化规律,基于Monod模型考察系统温度对Nitrobacter活性动力学影响,并进行统计学分...
作者:吴丹阳; 孙琳 期刊:《江西化工》 2019年第04期
在土壤学的研究中,长期以来,土壤都是作为一个黑箱系统来对待,对其中的生物组成及其参与的生化过程知之甚少。农业土壤中的绝大多数微生物难以分离培养,这极大地限制了对微生物的研究以及微生物资源的开发利用。宏基因组学直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,或通过测序探究环境中微生物的群落结构和功能,或构建宏基因组文组,筛选新的基因或生物活性物质,克服了传统培养方法的缺陷,极大地丰富了对土壤微生物多样性及其功能的认识...
作者:陈晓晴; 王南; 荆志成; 光雪峰; 戴海龙 期刊:《中国实用内科》 2018年第08期
肠道微生物影响人类健康,有导致疾病的风险,已经成为多个学科的焦点。近年来,许多研究显示肠道菌群与心血管疾病相关。本文对近期肠道菌群与心血管疾病的研究进展进行综述。
作者:张光亚; 方柏山 期刊:《生命的化学》 2005年第04期
生物催化剂是工业生物催化的重要组成部分,宏基因组是生物催化剂的新来源.该文介绍了从宏基因组中寻找生物催化剂的主要步骤,着重描述了DNA的分离和目标克隆的筛选这两个关键技术,并列举了利用宏基因组技术所获得的生物催化剂.
作者:赵玉娟; 段翠翠; 高磊; 牛春华; 于雪; 李盛钰 期刊:《中国乳品工业》 2018年第06期
本研究利用昆明小鼠构建动物模型,通过灌胃重组菌株和野生菌株,来探讨利用基因组重组技术所选育的重组菌株对小鼠肠道茵群的影响。研究结果表明重组菌株和野生菌株均能在小鼠的小肠内定植,盲肠的数量最高,其次是结肠和回肠;激光共聚焦结果显示在小鼠空肠中粘附的重组茵株较野生菌株多;野生菌株与重组菌株均具有调节肠道茵群的作用,能降低小鼠粪便中致病菌及其他细菌的含量,且重组菌株对肠道菌群的调节能力更强。以上结果说...