作者:肖君涵; 靳翔 期刊:《分子植物育种》 2019年第24期
天然橡胶是关系国计民生的重要工业原料,橡胶草(Taraxacum kok-saghyz)是菊科蒲公英属多年生植物,与巴西橡胶树、银胶菊并称为三大产胶植物。我们前期研究发现橡胶树促分裂活化蛋白激酶(MPK)基因家族对天然橡胶合成具有调控作用,但是关于橡胶草MPK基因家族的功能分析还未见报道。在此,我们确定了21个橡胶草MPK基因家族成员,通过多序列比对、系统发生树和蛋白基序分析将这些成员分为4个已知的亚家族,分别含有不同的保守结构域。进一...
作者:刘梅; 刘炎; 林社裕; 丁斐; 顾晓松 期刊:《中国生物化学与分子生物学报》 2005年第06期
为探讨tropic1808基因作用的分子机制,采用高密度寡核苷酸芯片(Affymetrix芯片)对表达tropic1808基因和空载体的PC12细胞株进行转录水平分析.基于获得的基因表达信息,对UCSC、TRANSFAC、NCBI等公共数据库进行检索,观察表达tropic1808基因导致PC12细胞株的基因表达谱变化.在检测的15 866个目标基因中,855个基因表达上调,80个有显著比较意义,涉及包括粘附因子、离子通道、信号转导、细胞代谢等基因成员.其中包括多个细胞粘附因子及与...
焦二莉作者在本刊2019年40卷20期上刊登的《基于组学数据表达谱的下呼吸道铜绿假单胞菌毒力基因exS和exoU的共表达网络分析》一文,因照排失误,误将第二作者陈博的通讯作者""符号排掉。为作者带来的不便本刊深表歉意。特此证明陈博为该文的通信作者!
作者:苏雅静; 乔霞; 刘学雷; 杨宁爱; 贾伟; 赵志军 期刊:《中国人兽共患病学报》 2019年第10期
目的采用生物信息学对ROP16 Ⅰ基因转染的A549细胞株的表达谱芯片结果进行数据挖掘,寻找影响Ⅰ型弓形虫疾病的差异表达基因,为揭示Ⅰ型弓形虫疾病的发病机制提供依据。方法通过生物信息学方法对过表达ROP16 Ⅰ的A549细胞株的表达谱进行研究,从中筛选差异表达基因。将得到的数据导入在线分析工具ToppGene和STRING中对差异表达基因进行筛选,同时进行GO 分析及KEGG分析。结果本研究共获得了483个差异表达基因,其中上调的基因共有252个...
作者:王正荣; 张艳艳; 马勋; 刘乙; 徐梦飞; 孟季蒙; 薄新文 期刊:《畜牧兽医学报》 2019年第09期
本研究旨在解析lncRNA在细粒棘球绦虫原头蚴中的表达谱特性,为进一步揭示lncRNA在细粒棘球绦虫原头蚴发育中的作用及调控机制提供理论依据。从患病绵羊肝无菌采集细粒棘球绦虫原头蚴,提取总RNA,构建原头蚴lncRNA文库,利用RNA sequencing技术进行测序分析。结果表明,首次从细粒棘球绦虫原头蚴中鉴定出609个新的lncRNA分子。其中intergenic lncRNA有431个,intronic lncRNA有11个,anti-sense lncRNA有68个,sence lncRNA有99个。GO分析...
作者:李状; 李力 期刊:《中国肿瘤生物治疗》 2019年第11期
目的:基于芯片数据分析和生物信息学方法挖掘与子宫内膜癌淋巴结转移相关的潜在差异表达基因。方法:在GEO数据库中筛选子宫内膜癌淋巴结转移相关的mRNA表达谱芯片数据,分析mRNA表达谱,筛选差异表达基因;通过生物学过程注释、生物信号通路富集、文本挖掘及蛋白/基因相互作用等综合生物信息学方法再次分析,挖掘与子宫内膜癌淋巴结转移相关的信号通路和基因。结果:在GEO数据库获得GSE2109、GSE39099芯片数据,将共同差异表达基因及信号...
作者:王婷婷; 索倩; 孙晓燕; 马跃敏; 刘凯于; 彭建新; 彭蓉 期刊:《昆虫学报》 2019年第09期
【目的】激活增强子结合蛋白4(activating enhancer binding protein 4, AP-4)是近年来备受关注的一类功能广泛的转录因子,参与Wnt/β-catenin信号通路的调控。本研究旨在研究棉铃虫Helicoverpa armigera HaAP-4基因的原核表达并制备多克隆抗体,明确HaAP-4基因的时空表达谱,初步探究HaAP-4对棉铃虫胆固醇载体蛋白2(sterol carrier protein-2, SCP-2)基因(HaSCP-2)表达的调控作用。【方法】通过PCR扩增棉铃虫HaAP-4基因片段,将其克隆...
作者:杜丽娟; 王淑辉; 朱艳娇; 康孟阳; 李青旺; 孙秀柱 期刊:《家畜生态学报》 2016年第05期
目前,对于家畜的抗病育种工作正由传统育种转向分子育种领域,但对于家畜分子免疫领域,尤其是在免疫系统中起着重要决定性作用的免疫球蛋白基因的结构、类型和表达多样的分子机制相关研究报道较少,本文综述了常见家畜的免疫球蛋白表达谱研究进展。概括来说牛、羊和猪免疫球蛋白重链恒定区均含有编码五种免疫球蛋白的基因,但在猪和羊基因座上的排布情况还未确定。可变区的V、D和J片段数目相对于人和小鼠来说比较有限,其中羊的D片段未...
作者:郑以州; 张莉; 王慧君; 韩忠朝; 高桥恒夫 期刊:《中华血液学》 2004年第12期
目的比较不同来源的造血干/祖细胞表面归巢相关分子(HRM) 表达谱的差异性.方法采用高度灵敏的四色流式细胞术检测脐血(UCB)、动员后的外周血(mPB)及骨髓(BM)来源的造血干/祖细胞表面系列HRM表达水平.结果 UCB、mPB及BM来源的CD34bright细胞均高度表达黏附分子CD44、 CD11a、CD18、 CD62L、CD31及 CD49d; 但UCB来源的CD34bright细胞及CD34brightCD38-细胞黏附分子CD49e、CD49f、CD54及趋化因子受体CXCR-4的表达水平显著低于 mPB及BM...
作者:秦乐; 秦玉花; 孙玉文; 陈方超; 王米渠; 徐全壹 期刊:《时珍国医国药》 2014年第03期
目的结合表达谱芯片技术从2型糖尿病肾虚证入手进行研究探索肾虚因素在2型糖尿病发病作用。方法将中医肾虚证作为共性特征与糖尿病结合起来,设立肾虚证糖尿病组与非肾虚证糖尿病组,另设健康对照组为对照,以表达谱芯片研究手段,对其结果通过数据库进行分析,并选择差异明显的部分基因进行PCR检测验证。结果肾虚组与正常对照组相比,上调基因134条,下调1038条,肾虚组与非肾虚组比较,上调基因45条,下调61条。肾虚糖尿病与非肾...
作者:韩莉莉; 沈晓丽; 赖力; 林赛梅; 刘小晴; 翁国星; 陈同; 丁杭; 胡洁; 浦晓东 期刊:《中外医疗》 2017年第06期
目的研究风心病合并房颤患者心肌microRNAs的表达差异,预测其靶基因并分析其可能的生物学功能。方法经知情同意,整群采集2013年1—12月收治的14例住院风心病房颤患者和8例风心病无房颤患者右心耳组织;提取总RNA进行miRNAs芯片杂交检测,应用RMA和FC法筛选差异表达的miRNAs,并用RT-PCR进行验证;运用生物信息学软件预测靶基因并分析其生物学功能。结果与风心病无房颤组相比,风心病合并房颤组有22个miRNAs表达有差异,其中6个miRNAs表达...
作者:臧卫东; 王继刚; 李鹏 期刊:《安徽农学通报》 2010年第12期
为了研究拟南芥突变体基因表达的相关性,利用突变体基因表达谱,构建了包含263对芯片的一个数据集。通过分析任意2个突变体基因表达的相关性,发现Hsp90、Pgm、Vte1、Axr4、Sfr6和Sfr2这6个突变体的基因表达谱之间存在高的相关性,并通过文献发掘,发现突变体和不同的胁迫通过MAPK信号通路关联。
作者:李满棠; 罗成宏; 许鹏杰; 金雅 期刊:《临床医药文献》 2019年第19期
目的分析健康对照组和脑梗死患者循环circRNA表达谱的差异性,研究脑梗死的表观遗传学发病机制,为寻找治疗脑梗死的新靶点提供一定的理论依据。方法选取2016年12月~2017年12月入住我院神经内科的急性脑梗死患者40例作为脑梗死组,并选取体检中心健康人群40例作为健康组。脑梗死组于治疗前(脑梗死发生72小时内)于清晨空腹时抽取血标本5mL,健康组于清晨空腹时抽取血标本5mL。各血清样本通过高通量技术测定循环circRNA表达谱并分析其差...
作者:廖红海; 林亚秋; 朱江江; 李倩; 林森; 张小玉; 李想; 王永 期刊:《中国兽医学报》 2017年第11期
本研究旨在克隆山羊趋化因子(C—C基序)受体2(chemokine(C C motif)receptor—like 2,CCRL2)基因序列,并研究其组织和时序表达谱。以简州大耳羊为试验材料,应用RT—PCR方法克隆CCRL2基因并进行生物信息学分析,qPCR方法构建该基因在山羊不同组织表达谱和不同月龄背最长肌、股二头肌和臂三头肌中的表达水平,并将基因表达与IMF含量进行相关分析。结果显示:克隆得到山羊CCRL2基因(GenBank登录号:KTl65378)长度为1143bp...
作者:李莎莎; 杜堂志; 安克莉; 郭晓荣; 王喆之; 曹晓燕 期刊:《农业生物技术学报》 2018年第09期
胚胎发育晚期丰富蛋白(late embryogenesis abundant protein, LEA)普遍存在于植物,该家族基因在非生物胁迫下大量积累以保护植物正常生长发育,是逆境胁迫研究的热点。丹参(Salvia miltiorrhiza)作为我国传统大宗药材,产量和品质易受逆境影响。为进一步开展对丹参抗逆基因的发掘研究,本研究基于丹参基因组和转录组数据库,利用生物信息学方法对SmLEA家族基因进行鉴定和蛋白理化性质分析,利用MEGA 5.0、MEME、GSDS2.0、BDG...
作者:赵庆国; 周煜; 张进; 朱恒奇; 曹志国; 卢柏松; 黄培堂 期刊:《生物技术通讯》 2005年第02期
体外实验研究表明配子生成素结合蛋白1(GGNBP1)可能与GGN1相互作用形成睾丸特异性复合物,在精子生成过程中发挥作用.从小鼠睾丸总RNA中反转录扩增Ggnbpl全长cDNA,构建表达质粒,在大肠杆菌中表达GGNBP1,经聚丙烯酰胺凝胶纯化后免疫新西兰白兔,制备兔多抗血清.镍离子金属螯合柱纯化表达的GGNBP1蛋白,与NHS活化基团交联,制备GGNBP1抗体亲和层析柱,纯化GGNBP1多抗.在293FT细胞中瞬时表达Myc-GGNBP1融合蛋白,用于Mvc单抗验证GGNBP1抗体...
作者:周鸿鹰; 梅妍; 卢友光; 蒋吉英; 李爱冬; 羊惠君 期刊:《解剖学》 2005年第03期
目的:建立乳腺癌差异表达谱,以筛选乳腺癌相关候选基因;比较金属基质蛋白酶家族(matrix metalloproteinases, MMPs)在乳腺癌中的表达差异.方法:采集乳腺癌组织、转移淋巴结及正常乳腺组织,用限制片段差异显示PCR技术(Restriction fragments differential display PCR, RFDD-PCR)建立表达谱.以电泳和荧光扫描成像对表达谱片段进行分离、显示.筛选分析MMPs及其相关基因的表达差异.结果:共获得5407个基因片段,差异片段占30%以上;共显...
作者:唐欣; 陈茉弦; 孟繁媛; 刘垚; 赵洪波 期刊:《中国康复医学》 2018年第05期
目的:对儿童脑瘫肌肉痉挛相关基因进行生物信息学分析,探索脑瘫肌肉痉挛发生的分子机制。 方法:在GEO数据库下载脑瘫肌肉痉挛的基因表达谱芯片数据GSE31243,用R软件的limma包筛选差异表达基因,筛选标准为FDR〈0.05及|log FC|〉1;使用clusterProfiler软件包进行GO富集分析和KEGG通路分析;通过STRING数据库进行差异表达基因对应的蛋白互作网络分析。 结果:共筛选得到85个差异表达基因,包括41个上调基因和44个下调基因;GO...
作者:陈菊祥; 卢亦成; 楼美清; 胡国汉; 骆纯; 袁国良; 蔡茹钰; 应康; 谢毅 期刊:《中国临床神经外科》 2004年第02期
目的 探讨人脑星形细胞瘤发生发展中相关基因及分类特征基因的表达。方法 用含13939种人基因的BioStarH140S芯片,以正常脑及18例胶质瘤组织总RNA制备的探针杂交芯片,ScanArray4000扫描信号,提取脑及不同级别星形细胞瘤的差异基因并行生物信息分析,Hierarchical聚类提取差异基因的特征。结果 星形细胞瘤中筛选出438条(3.14%)差异表达基因;信息分析与细胞信号、细胞骨架和运动、癌基因及抑癌基因等多类基因密切相关;与分类相...
作者:陈菊祥; 卢亦成; 骆纯; 胡国汉; 楼美清; 徐坚; 应康; 谢毅 期刊:《中华神经外科》 2004年第03期
目的探讨人脑胶质瘤相关BTBD10新基因克隆、正常成人组织分布及在不同级别星形细胞瘤中的表达.方法构建胎脑cDNA文库和大规模测序获得全长BTBD10新基因;用Clontech人多组织文库(MTC)为模板研究BTBD10在8种正常组织中的分布;用含13 939种人类基因(8 347种已知基因,5 592种未知基因)的BioStarH140S型表达谱芯片检测BTBD10在星形细胞瘤中的表达,Hierarchical聚类分析与BTBD10表达谱相近的基因群;Northern杂交验证BTBD10在不同级别胶质...