摘要：本研究旨在了解发酵床养猪垫料微生物菌群区系结构,探索菌种及垫料对发酵床垫料微生物区系的影响。将商业菌、土著菌分别接种于含稻壳与锯末成分比为1∶1和2∶1垫料中,制作成四个处理组的发酵床,经154d猪饲养试验后,收集发酵床垫料,采用16Sr-DNA高通量测序技术对发酵床中微生物区系进行测定分析。结果表明：（1）丰富度方面,土著菌（Chao指数：10175-10754）丰富度高于商业菌（Chao指数：6720-7554）;（2）相似性方面,商业菌种处理的菌群结构受垫料因素的影响较小,土著菌处理的菌群结构受垫料因素的影响较大;（3）多样性方面,垫料对菌群多样性的影响较菌种对其的影响大,且稻壳与锯末比值为2∶1的垫料微生物多样性（shannon指数：6.64-6.91）高于稻壳与锯末比值1∶1的垫料微生物多样性（shannon指数：5.90-5.94）;（4）菌群组成方面,发酵床垫料菌群主要由4个门组成：拟杆菌门（27.66%-60.93%）、厚壁菌门（13.41%-34.21%）、变形菌门（10.28%-14.71%）和放线菌门（4.63%-26.24%）,并从属水平上确定了Galbibacter为发酵床垫料微生物的优势菌属。试验发现菌种和垫料对发酵床垫料微生物区系的丰富度、相似性、多样性均有不同程度的影响。

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