首页 期刊 广东药科大学学报 肝癌遗传关联研究中LncRNA H19遗传变异的生物信息学分析 【正文】

肝癌遗传关联研究中LncRNA H19遗传变异的生物信息学分析

作者:张俊国; 林志丰; 邓煜盛; 王臻; 祁永芬; 刘丽; 郜艳晖 广东药学院公共卫生学院; 广东广州510310
肝癌   lncrna   h19   snp   功能预测  

摘要:目的研究lncRNA H19遗传变异与肝癌易感性的关联,利用生物信息学的方法在实验前期筛选出H19中有潜在功能的SNPs。方法运用1000 Genomes Project和Ensembl等数据库确定H19 SNPs名录,利用Allele frequency calculator选取MAF值大于0.05的SNPs;结合文献查阅,运用SNP Function Prediction和F-SNP等功能预测软件筛选有潜在功能的SNPs。结果 5个SNPs在转录调控、蛋白质编码以及剪切调控中可能存在相应生物活性,值得进一步研究。结论对lncRNA H19的SNPs进行了科学合理的选择,可以更全面深入地探寻H19影响肝癌发生发展的遗传机制。

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