首页 期刊 分子植物育种 丹参转录组的微卫星位点(SSR)特征及属内通用引物的开发 【正文】

丹参转录组的微卫星位点(SSR)特征及属内通用引物的开发

作者:刘欣雨; 魏宇昆; 李桂彬 上海交通大学生命科学技术学院; 上海200240; 中国科学院植物生理生态研究所; 上海200032; 上海辰山植物园; 上海201602
鼠尾草属   ssr引物   通用性   转录组  

摘要:唇形科(Lamiaceae)鼠尾草属(Salvia)是一个具有丰富物种和高度多样性的类群,具有很高的科学研究与经济价值。该属可利用的通用SSR引物有限,因而从其代表物种丹参(Salvia miltiorrhiza)中开发新的通用性好的SSR引物十分必要。本研究利用丹参的15.99 Mb转录组数据,分析了含有Unigene的33438条序列,共获得2095个SSR候选位点,其包括了570个等位基因,每个位点的等位基因数范围在2~18个,平均每个位点7.92个。多态信息含量(PIC)范围在0.049至0.936之间,平均为0.707。根据设定条件选取了150个产物大小介于100~200 bp的引物,对属内20个物种进行通用性与多态性的检测,成功开发出通用性好,多态性丰富的72对引物。这些验证物种代表了鼠尾草属的3个不同亚属,可用于属内物种的遗传关系及其生态遗传学研究,具有较广泛的利用前景。

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