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基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析

作者:孟玮; 蒋艳琳; 张林; 杨天燕; 周剑光 浙江省海洋水产研究所; 浙江省海洋渔业资源可持续利用技术研究重点实验室; 农业农村部重点渔场渔业资源科学观测实验站; 浙江舟山316021; 浙江海洋大学水产学院; 浙江舟山316022; 中国水产科学研究院长江水产研究所; 农业农村部水产品质量安全风险评估实验室(武汉); 武汉430223
转录组   ssr   位点信息  

摘要:为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106084条。所有的Unigene中,共识别17619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10~66 bp均有分布,大部分集中在10~24 bp,占SSR总数的87.24%。

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