首页 期刊 东北大学学报·自然科学版 采用BWT的多核并行的子串匹配算法 【正文】

采用BWT的多核并行的子串匹配算法

作者:王佳英; 王斌; 李晓华; 杨晓春 东北大学计算机科学与工程学院; 辽宁沈阳110819
bwt   全文索引   精确匹配   并行   多核  

摘要:针对P-BWT精确匹配算法存在只支持短串查询并且只能工作在单处理器上的问题,提出了一个多核并行的支持任意查询长度的精确查询算法.改进了P-BWT索引上的查询过程,当一个查询串跨越了多个数据分片时,首先在其匹配的最后一个分片上查询,然后依次在前面分片上进行验证.进一步提出了一个多核并行查询算法来减少搜索和验证过程的迭代次数.实验结果表明,所述算法可以高效并行地完成子串匹配任务.

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