摘要：用L16（45）正交实验设计研究模板DNA、dNTPs、Mg2＋、Taq酶和引物5个因素的浓度对SCoT扩增迁移率重现率的影响。结果表明，在20“L反应体系中，2．5ng／μL DNA、1．00mmol／LMg2＋、1．20UTaq酶、0．40mmol／LdNTPs和0．30μmol／L浓度的引物最为稳定，重现率达到100％。利用最优反应体系从50条引物中筛选出13条扩增效果好的引物，将它们分别扩增34个苜蓿品种，共检测到103个SCoT标记，其中92个位点具有多态性。聚类分析表明，从安徽和江苏两地收集的野生南苜蓿和栽培苜蓿的遗传距离最远，单独聚为一类；其余32个品种苜蓿在相似系数0．757附近分为3个亚群，秋眠型苜蓿品种主要分布在第Ⅱ亚群中，半秋眠型在3个亚群中都有分布，而非秋眠型苜蓿分布在第一和第二亚群中，表明SCoT标记的聚类结果在一定程度上能够反映苜蓿的秋眠型，但并不完全一致。

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