首页 期刊 北方园艺 马缨杜鹃ARF转录因子家族的全基因组鉴定与生物信息学分析 【正文】

马缨杜鹃ARF转录因子家族的全基因组鉴定与生物信息学分析

作者:张文香; 陈天兰; 张荣祥; 钱长江; 刘树文; 王自布 贵州师范学院生物科学学院; 贵州贵阳550018; 贵州师范学院药用植物生物技术研究所; 贵州贵阳550018
马缨杜鹃   arf   生物信息学分析  

摘要:以马缨杜鹃(Rhododendron delavayi)基因组数据为基础,以拟南芥ARF(AtARF)序列为参考,利用Blast比对程序,在马缨杜鹃基因组数据库中鉴定了15个ARF基因,命名为RdARF。使用生物信息学的方法对基因的结构、理化性质、系统进化关系以及表达模式进行了分析,以期为马缨杜鹃ARF基因的克隆及深入研究提供参考。结果表明:15个RdARF蛋白均含有保守的B3结构域和Auxin-resp结构域,部分蛋白含有Aux/IAA结构域,共有10个保守基序,均含有丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)磷酸化位点,均含有内含子和外显子结构,与23个AtARF蛋白一起可以分为Ⅰa、Ⅰb、Ⅱa、Ⅱb和Ⅲ5个亚家族,15个RdARF基因在干旱胁迫前后具有4种不同的表达模式。

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