摘要：[目的]对严重危害斑石鲷鱼苗的卵鞭虫病痛原——渤海分离株（Bohai-1407 isolate）进行分子生物学鉴定和系统发育分析。[方法]设计4对特异性引物，应用PCR方法克隆并测定渤海分离株的核糖体DNA（rDNA）序列；应用Blast比对分析渤海分离株rDNA的结构；依据rDNA序列，分别构建10种胚沟科鞭毛虫和19株眼点淀粉卵涡鞭虫分离株／克隆的系统发育树，分析渤海分离株的系统分类地位。[结果]扩增出了渤海分离株的4个DN段，拼接出长度为6530bp的rDNA操纵子序列；该操纵子由74bp的部分外转录间隔区（ETS）、1813bp的小亚基（SSU）、352bp的内转录间隔区1（ITS1）、159bp的5．8S、698bp的内转录间隔区2（ITS2）和3388bp的大亚基（KSU）串联而成，3＇端还有46bp的部分非转录间隔区（NTS）；渤海分离株与眼点淀粉卵涡鞭虫宁德株（Ningde 1412）的rDNA序列相似性高达99．5％；依据SSU序列建立了包含10种胚沟科鞭毛虫的系统发育树，渤海分离株与世界各地分离到的眼点淀粉卵涡鞭虫聚类在一起，将其鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫；依据ITS1和ITS2序列建立了包含19株眼点淀粉卵涡鞭虫的2个系统发育树，渤海分离株与从美国弗罗里达盐水池塘中分离到的墨西哥湾分离株FL_21（DQ490260．1）总是聚类在一起。[结论]斑石鲷卵鞭虫痛的病原——渤海分离株可以鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫，该分离株与墨西哥湾分离株FL_21的亲缘关系最近。

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