作者:肖君涵; 靳翔 期刊:《分子植物育种》 2019年第24期
天然橡胶是关系国计民生的重要工业原料,橡胶草(Taraxacum kok-saghyz)是菊科蒲公英属多年生植物,与巴西橡胶树、银胶菊并称为三大产胶植物。我们前期研究发现橡胶树促分裂活化蛋白激酶(MPK)基因家族对天然橡胶合成具有调控作用,但是关于橡胶草MPK基因家族的功能分析还未见报道。在此,我们确定了21个橡胶草MPK基因家族成员,通过多序列比对、系统发生树和蛋白基序分析将这些成员分为4个已知的亚家族,分别含有不同的保守结构域。进一...
作者:沈秉正; 宋金春; 马福旺; 刘环香; 喻研 期刊:《生物资源》 2013年第01期
研究不同耐药细菌AcrAB-Tolc型外排泵中关键蛋白AcrA的序列,针对其保守及非保守氨基酸残基进行该类蛋白的进化分析,构建蛋白进化树。收集来源于不同细菌的已知序列的AcrA蛋白,去除冗余并进行序列比对之后,根据其序列比对结果的相似性、氨基酸残基的保守性研究其进化特征。结果表明,不同细菌的AcrA蛋白部分氨基酸残基具有高度的保守性,这与其实现生物学功能有关,非保守区域是主要的进化区域。可为不同菌株的进化提供参考,同...
作者:王晓光; 杨瑞军; 黄世腾; 曹国平; 雷永良; 叶灵 期刊:《中国媒介生物学及控制》 2019年第06期
目的对衢州市2017年1例曾有孟加拉国旅行史的发热患者血清标本进行基孔肯雅病毒(CHIKV)全基因组序列测定及遗传进化分析。方法无菌采集患者血液,分离血清后采用实时荧光定量PCR检测CHIKV和登革热病毒核酸,反转录PCR扩增CHIKV全基因组靶向基因片段并测序,采用生物信息学软件(Contig Express、SeqMan、Clustalx V2.0、BioEdit V7.0、GENEDOC和MEGA X)分析全基因序列。结果患者血清为CHIKV核酸阳性。测序数据拼接处理后获得CHIKV全基...
作者:安志芳; 魏琳娜; 王志洁; 李苏华; 徐波; 李永晓; 魏莲; 魏登邦 期刊:《四川动物》 2020年第01期
作者:朱奕霏; 于龙政; 吴保义; 刘士煌; 金春梅 期刊:《延边大学农学学报》 2019年第04期
为调查吉林省洮南地区羊泰勒虫病的流行情况,在吉林省洮南地区某养殖场随机采集了羊血液样本76份,用PCR和nPCR方法对其进行检测,并将测得序列与GenBank中泰勒虫属和巴贝斯虫属18S rRNA序列进行对比分析。结果表明:洮南地区羊泰勒虫病的PCR阳性率为37%(28/76),nPCR阳性率为33%(25/76),nPCR方法的特异性更高。该试验测得泰勒虫18S rRNA序列与Theileria sp.和Theileria luwenshuni(吕氏泰勒虫)同源性高达99.6%以上,遗传距离为0~0.003,...
作者:于娜; 陈文鑫; 强峰; 陈志芳; 高塬贵; 曾国豪 期刊:《包装工程》 2020年第02期
目的结合TRIZ创新理论,围绕目前电饭煲产品中防虫这一难题进行课题攻关,探索家电领域中,工程师在有限时间内突破惯性思维得到解决方案。方法运用TRIZ中的功能分析和因果链分析对设计过程中的问题进行规范化描述;运用矛盾求解和物场分析等工具得到创新方案。结论通过将上述方法作为技术突破手段,一方面,在课题攻关过程中产生可行方案,另一方面将方案纳入点子库作为创新指引为其他产品研发提供参考。
作者:杨杞; 牛肖翠; 王瑞刚; 李国婧; 张国盛 期刊:《分子植物育种》 2019年第16期
DUF221蛋白是一类可能与植物响应逆境胁迫相关的功能未知结构域蛋白。为了研究蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)中DUF221基因家族的分布特征和盐胁迫下的表达,本研究对蒺藜苜蓿中具有DUF221结构域的基因进行了全基因组的鉴定和分析。结果表明,蒺藜苜蓿中共鉴定得到13个MtDUF221基因,不均匀的分布在8条染色体上。利用蒺藜苜蓿、拟南芥(Arabidopsis thaliana)和水稻(Oryza sativa)中的DUF221蛋白进行系统进化分析,将该家族基因分成Clad...
作者:陈玲霞; 孙卫明; 喻金玉; 毛玉梅; 姬莉莉 期刊:《国际病毒学》 2019年第04期
目的分析北京市怀柔区2013—2018年间甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因的变异情况,了解其遗传进化特征.方法选取北京市怀柔区2013—2018年间不同监测年度、明确鉴定为甲型H1N1流感病毒亚型的细胞培养阳性毒株42株,通过RT-PCR扩增、测序并获得HA基因序列.运用MEGA 6.0软件分析HA的分子特征,构建系统进化树.结果 2013—2018年间各监测年度流感病毒株与疫苗株A/California/07/2009的HA基因核苷酸的平均遗传距离分别为0.017、0.020、0.0...
作者:张焕欣; 李国权; 杨惠栋; 曹娜; 朱方红 期刊:《园艺学报》 2019年第11期
基于甜瓜全基因组数据信息,利用生物信息学方法对甜瓜Dof家族基因进行了全面鉴定和系统发育分析,并通过Real-time PCR方法检测了CmDof家族成员对模拟干旱(PEG6000)、盐和低温胁迫的应答。结果表明:在甜瓜中存在34个Dof基因,除1、5和7号染色体外其余染色体均有分布,发生11次染色体片段重复事件和2次串联重复事件,外显子数在1~3之间,其蛋白质等电点在4.95~9.59之间;蛋白序列系统发育分析显示CmDof蛋白可分为9个进化亚群;组织表达模式...
作者:詹妮; 谢耀坚; 陈鸿鹏; 刘果 期刊:《热带亚热带植物学报》 2018年第06期
为了解EgrSuSy 基因家族的生物学功能,从巨桉(Eucalyptus grandis)基因组数据库中筛选出 18个 SuSy 基因家族成员(EgrSuSy1-EgrSuSy18),采用生物信息学方法对其基因特征与表达模式进行分析.结果表明,EgrSuSy 基因分布在 7 条染色体上,EgrSuSy 蛋白均定位在细胞质膜上,EgrSuSy 家族成员均不具备信号肽.EgrSuSy 蛋白质由 α-螺旋、延伸链、无规则卷曲、β-转角组成.EgrSuSy蛋白与毛果杨(Populus trichocarpa)的 SuSy蛋白亲缘关系...
作者:胡玲玲; 王跃荣; 郑海音 期刊:《智慧健康》 2018年第19期
目的探讨人类戊型肝炎病毒(HEV)开放阅读框(ORF)1编码的四种非结构蛋白的基因序列能否用于其基因组的分型。方法从Gen Bank中查找并下载能感染人类测序完整的全基因组的HEV基因组及蛋白序列共35株,用Clustal W程序对35株HEV的ORF1编码区序列进行多序列比对,并用treev32绘制基因进化树,研究其进化关系。结果 HEV的基因组全长为7.5kb;而RNA依赖的RNA聚合酶只有1460bp,其他的基因序列则更短,木瓜样半胱氨酸蛋白酶为479bp、解旋酶...
作者:崔宇超; 骆宏伟; 黄宇翔; 王丽坤; 张莹; 侯美如; 高俊峰 期刊:《畜牧与兽医》 2019年第01期
对黑龙江省齐齐哈尔地区疑似羊痘病毒(CaPV)感染的病例通过临床症状进行初诊后,采集病羊皮肤丘疹、脓疱等病料,接种于牛肾细胞(MBDK),盲传5代,观察细胞病变情况;同时将病料接种于9日龄鸡胚的绒毛尿囊膜,观察鸡胚病变情况;利用PCR方法扩增病毒的P32基因;扩增产物经测序后构建系统进化树。结果:细胞出现规律而明显的细胞病变;鸡胚绒毛尿囊膜观察到特征性痘斑;扩增的P32基因片段长度为972 bp;系统进化树结果显示本研究分离的CaPV与其...
作者:陈怡香; 岳虎; 张超文; 刘杰 期刊:《华中师范大学学报·自然科学版》 2018年第02期
miR-1/133基因簇在心肌和骨骼肌中特异性表达,对心脏以及骨骼肌的发育及生理病理具有重要作用.该研究采用生物信息学方法,研究了miR-1/133基因簇的进化特征,预测了其靶基因及其调控的生物学过程.利用miRBase数据库对23种不同物种间miR-1/133基因簇的序列、组织方式进行了比较.采用最大似然法构建miR-1/133基因簇的系统进化树,显示该基因簇的进化与物种进化关系有一定差异.利用在线数据库对miR-1/133基因簇上游转录因子及下游靶基因...
作者:周世力; 艾晓武; 董长垣 期刊:《公共卫生与预防医学》 2007年第01期
目的 对SHZH03株、SHZH98株、亚洲流行株(台湾98年、日本99年、及新加坡2000和2001年流行株等)以及一部分欧洲流行株等的结构蛋白基因进行遗传进化分析。方法 在对肠道病毒71型中国(深圳)分离株SHZH03进行全基因组序列测定的基础上,利用DNA—STAR软件对结构蛋白基因进行遗传进化分析。结果 SHZH03和SHZH98与亚洲流行株中的台湾98流行株、日本99流行株的遗传距离较近,而与新加坡2000和2001年流行株的遗传距离较远;SHZH03株与...
作者:吉彦莉; 王永全; 崔海洋; 靳博 期刊:《公共卫生与预防医学》 2019年第02期
目的对2018年北京市一起聚集性发热疫情的病原进行鉴定,并对其进行分子流行病学分析。方法采集此次疫情4例患儿咽拭子标本,提取标本核酸,用实时荧光PCR对其进行初步病原学鉴定。用分型引物通过RT-nPCR对肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行扩增,通过测序和GenBank Blast比对确定肠道病毒型别,并对其进行序列和进化分析。结果 4例患儿标本均为CVA4阳性,在VP1区,其核苷酸序列同源性为100%;序列分析发现,其与2016年澳大利亚CVA4分离株MH1...
作者:吉彦莉; 杨青俊; 王永全; 崔海洋; 靳博; 胡三梅; 孔庆征 期刊:《公共卫生与预防医学》 2016年第02期
目的了解北京市西城区2015年手足口病(HFMD)患儿肠道病毒71型(EV 71)分离株VP1区基因特征,分析其变异情况。方法收集北京市西城区2015年HFMD病原学检测分型鉴定为EV 71的阳性标本,对部分标本进行病毒分离、培养,并通过实时荧光PCR鉴定阳性培养物。EV 71阳性培养物提取病毒核酸,对其VP1区全长序列进行PCR扩增和测序。从Genbank中选取EV 71不同基因型别参考序列,利用生物信息学软件进行同源性和系统进化分析。结果共分离到6株EV ...
作者:李月颖; 李菁; 刘长宁 期刊:《湖南师范大学自然科学学报》 2017年第06期
从全基因组水平研究蒺藜苜蓿SBP-box转录因子基因家族,系统地鉴定出22个SBP-box家族基因,根据基因结构分析、结构域的差异和系统发育分析将这些SBP-box基因分成5个亚家族.基因比较分析表明SBPbox基因家族扩张主要是通过部分复制及串联重复事件来实现的.基因表达模式分析表明蒺藜苜蓿SBP-box基因具有器官特异性并且参与干旱胁迫反应.这些结果为进一步研究蒺藜苜蓿SBP-box家族基因的功能与进化提供理论参考.
本研究对青藏高原地区猪圆环病毒青海分离株(PCV2-QH1)进行了Cap基因的克隆鉴定及测序分析,并与我国及其他国家或地区的毒株进行了同源性比较和遗传进化分析。结果显示:PCV2-Cap基因核苷酸序列全长705 bp,编码蛋白为234个氨基酸,分子量大小约28.06 kDa,为不稳定蛋白,总体亲水性非常高,可溶于水;PCV2-Cap蛋白二级结构以无规则卷曲为主,有多个有效的抗原表位;PCV2-QH1分离株与其他参考序列的核苷酸和氨基酸序列同源性均在99%以上;...